More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5901 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4129  UvrD/REP helicase  59.2 
 
 		 716 aa  847    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.248722  normal  0.188822 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0258  UvrD/REP helicase  76.06 
 
 		 685 aa  1081    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05321  ATP-dependent DNA helicase II protein  60.32 
 
 		 710 aa  865    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2939  UvrD/REP helicase  63.99 
 
 		 720 aa  911    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.632064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0283  UvrD/REP helicase  62.06 
 
 		 725 aa  858    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638383  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5901  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 689 aa  1411    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361362  normal  0.5857 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1306  ATP-dependent DNA helicase  61.43 
 
 		 702 aa  885    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0100895  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0402  UvrD/REP helicase  60.26 
 
 		 712 aa  820    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3335  UvrD/REP helicase  71.72 
 
 		 694 aa  1025    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.667259 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2701  UvrD/REP helicase  71.18 
 
 		 686 aa  981    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.311884  normal  0.28531 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0230  UvrD/REP helicase  75.22 
 
 		 686 aa  1073    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2745  UvrD/REP helicase  70.97 
 
 		 687 aa  1003    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223218  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1045  putative DNA helicase  64.42 
 
 		 708 aa  904    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2743  UvrD/REP helicase  71.28 
 
 		 688 aa  1004    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3768  UvrD/REP helicase  72.77 
 
 		 689 aa  1034    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.528765  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0232  UvrD/REP helicase  62.55 
 
 		 702 aa  866    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0801  UvrD/REP helicase  62.32 
 
 		 750 aa  907    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.205146 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4241  UvrD/REP helicase  59.2 
 
 		 716 aa  847    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7513  ATP-dependent DNA helicase Rep  69.05 
 
 		 686 aa  978    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.556127  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0548  UvrD/REP helicase  59.69 
 
 		 745 aa  840    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.254513  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3295  UvrD/REP helicase  69.71 
 
 		 717 aa  1006    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.763792  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3142  UvrD/REP helicase  70.28 
 
 		 687 aa  993    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.345803  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3457  UvrD/REP helicase  47.92 
 
 		 700 aa  603  1.0000000000000001e-171  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  40.44 
 
 		 681 aa  442  1e-123  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0594  UvrD/REP helicase  41.91 
 
 		 676 aa  431  1e-119  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  37.3 
 
 		 754 aa  402  1e-111  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2122  UvrD/REP helicase  38.53 
 
 		 726 aa  386  1e-106  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370294  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1808  UvrD/REP helicase  38.69 
 
 		 725 aa  387  1e-106  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2052  UvrD/REP helicase  38.38 
 
 		 726 aa  384  1e-105  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.322566  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  37.58 
 
 		 655 aa  385  1e-105  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2021  UvrD/REP helicase  38.4 
 
 		 745 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.581041 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  35.55 
 
 		 714 aa  377  1e-103  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0683  UvrD/REP helicase  38.15 
 
 		 669 aa  374  1e-102  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2469  UvrD/REP helicase  37.22 
 
 		 724 aa  358  1.9999999999999998e-97  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.5744  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  34.73 
 
 		 648 aa  344  4e-93  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  34.73 
 
 		 648 aa  344  4e-93  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0721  UvrD/REP helicase  34.59 
 
 		 656 aa  340  5e-92  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  35.13 
 
 		 719 aa  336  7.999999999999999e-91  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0071  UvrD/REP helicase  35.91 
 
 		 768 aa  335  2e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3571  ATP-dependent DNA helicase UvrD  33.65 
 
 		 719 aa  333  6e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  32.36 
 
 		 706 aa  324  3e-87  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1967  UvrD/REP helicase  34.55 
 
 		 789 aa  322  9.999999999999999e-87  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0254  UvrD/REP helicase  34.58 
 
 		 742 aa  318  2e-85  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.016007  decreased coverage  0.00234339 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0779  UvrD/REP helicase  33.65 
 
 		 630 aa  318  2e-85  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  35.03 
 
 		 668 aa  315  1.9999999999999998e-84  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1017  UvrD/REP helicase  34.48 
 
 		 733 aa  313  6.999999999999999e-84  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  33.03 
 
 		 749 aa  303  6.000000000000001e-81  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.33 
 
 		 785 aa  298  2e-79  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  31.79 
 
 		 724 aa  298  3e-79  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  32.11 
 
 		 625 aa  295  2e-78  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.74 
 
 		 773 aa  292  1e-77  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  34.74 
 
 		 707 aa  289  1e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.03 
 
 		 765 aa  288  2.9999999999999996e-76  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  32.11 
 
 		 789 aa  287  5e-76  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28230  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.06 
 
 		 857 aa  286  7e-76  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  33.13 
 
 		 764 aa  286  1.0000000000000001e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.13 
 
 		 768 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.73 
 
 		 755 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  30.96 
 
 		 773 aa  284  3.0000000000000004e-75  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.88 
 
 		 741 aa  285  3.0000000000000004e-75  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  31.43 
 
 		 706 aa  284  4.0000000000000003e-75  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3483  ATP-dependent DNA helicase Rep  33.58 
 
 		 673 aa  282  1e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  32.59 
 
 		 728 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1021  UvrD/REP helicase  33.43 
 
 		 783 aa  282  2e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.751613  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.91 
 
 		 729 aa  281  2e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  32.59 
 
 		 728 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  31.22 
 
 		 769 aa  282  2e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.71 
 
 		 829 aa  281  3e-74  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.63 
 
 		 754 aa  281  4e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  32.35 
 
 		 755 aa  280  6e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2793  ATP-dependent DNA helicase  34.42 
 
 		 737 aa  280  6e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000978375  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  33.02 
 
 		 787 aa  280  8e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.2 
 
 		 858 aa  280  8e-74  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  29.98 
 
 		 735 aa  279  1e-73  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5235  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.63 
 
 		 781 aa  278  2e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141788 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  34.06 
 
 		 678 aa  279  2e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  33.44 
 
 		 762 aa  278  2e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.79 
 
 		 762 aa  278  2e-73  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.73 
 
 		 831 aa  278  3e-73  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5987  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.68 
 
 		 851 aa  278  3e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0573497  normal  0.0186357 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  32.37 
 
 		 736 aa  278  3e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.05 
 
 		 718 aa  276  6e-73  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0356  UvrD/Rep family helicase  31.49 
 
 		 630 aa  276  7e-73  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.190335  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.04 
 
 		 795 aa  276  1.0000000000000001e-72  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0647  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.53 
 
 		 838 aa  276  1.0000000000000001e-72  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0160292  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.47 
 
 		 732 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  32.56 
 
 		 757 aa  276  1.0000000000000001e-72  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.9 
 
 		 715 aa  275  2.0000000000000002e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  32.33 
 
 		 739 aa  273  6e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.79 
 
 		 781 aa  273  6e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  32.01 
 
 		 727 aa  273  1e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  32.81 
 
 		 714 aa  272  1e-71  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1038  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA/Rep family  31.85 
 
 		 765 aa  272  2e-71  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000499777 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  32.63 
 
 		 727 aa  272  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2924  UvrD/REP helicase  31.44 
 
 		 778 aa  272  2e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.64 
 
 		 763 aa  271  2.9999999999999997e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.26 
 
 		 742 aa  271  4e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3458  UvrD/REP helicase  32.55 
 
 		 762 aa  271  4e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  32.54 
 
 		 727 aa  270  5e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  31.99 
 
 		 728 aa  270  8.999999999999999e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>