More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5594 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011368  Rleg2_5304  extracellular solute-binding protein family 5  87.59 
 
 		 536 aa  996    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.85757 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1922  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  77.15 
 
 		 535 aa  885    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.92103  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5006  extracellular solute-binding protein family 5  89.55 
 
 		 536 aa  1017    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.264167 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5666  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  80.45 
 
 		 537 aa  913    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2914  extracellular solute-binding protein family 5  75.61 
 
 		 537 aa  844    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5594  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 535 aa  1108    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459863  normal  0.392289 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4961  extracellular solute-binding protein  72.12 
 
 		 537 aa  815    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  normal  0.0265573 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3074  extracellular solute-binding protein  52.99 
 
 		 536 aa  556  1e-157  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0483936 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0157  twin-arginine translocation pathway signal  50.28 
 
 		 545 aa  552  1e-156  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.695568  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0249  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  49.91 
 
 		 545 aa  546  1e-154  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0058  extracellular solute-binding protein  50.38 
 
 		 539 aa  534  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6591  extracellular solute-binding protein  49.33 
 
 		 540 aa  512  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.476219 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6090  extracellular solute-binding protein family 5  49.33 
 
 		 538 aa  508  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.194048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1495  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  48.85 
 
 		 538 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.045715  hitchhiker  0.00127227 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0786  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.45 
 
 		 526 aa  498  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2187  extracellular solute-binding protein  49.33 
 
 		 519 aa  499  1e-140  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.843737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1543  extracellular solute-binding protein family 5  46.89 
 
 		 513 aa  496  1e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.397228  normal  0.410252 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5634  extracellular solute-binding protein family 5  49.23 
 
 		 540 aa  496  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6057  extracellular solute-binding protein  49.34 
 
 		 527 aa  489  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.195883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6277  extracellular solute-binding protein  48.77 
 
 		 527 aa  487  1e-136  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0281814  normal  0.114415 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6444  twin-arginine translocation pathway signal  48.77 
 
 		 527 aa  487  1e-136  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6354  extracellular solute-binding protein  49.15 
 
 		 527 aa  488  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6679  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component  48.77 
 
 		 527 aa  487  1e-136  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3699  extracellular solute-binding protein  49.69 
 
 		 527 aa  484  1e-135  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2945  extracellular solute-binding protein  44.71 
 
 		 509 aa  450  1e-125  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2781  extracellular solute-binding protein  41.41 
 
 		 525 aa  357  2.9999999999999997e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3746  extracellular solute-binding protein family 5  38.89 
 
 		 513 aa  338  9.999999999999999e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0409  extracellular solute-binding protein  38.7 
 
 		 520 aa  331  3e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5072  extracellular solute-binding protein  35.83 
 
 		 519 aa  303  6.000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.236333  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2178  extracellular solute-binding protein  35.85 
 
 		 529 aa  296  6e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.246301  normal  0.618007 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6426  extracellular solute-binding protein family 5  34.44 
 
 		 529 aa  295  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0312111 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4497  extracellular solute-binding protein family 5  34.93 
 
 		 529 aa  293  5e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3816  twin-arginine translocation pathway signal  35.89 
 
 		 522 aa  293  5e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.961587  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2183  extracellular solute-binding protein  35.67 
 
 		 529 aa  290  5.0000000000000004e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.226598 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4502  extracellular solute-binding protein family 5  35.95 
 
 		 526 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.146925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1820  twin-arginine translocation pathway signal  36.19 
 
 		 527 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.575663  normal  0.77509 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6105  extracellular solute-binding protein family 5  33.4 
 
 		 518 aa  281  3e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000312198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3525  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  36.56 
 
 		 535 aa  275  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3169  extracellular solute-binding protein  36.36 
 
 		 535 aa  274  3e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.116403 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2843  extracellular solute-binding protein  35.25 
 
 		 535 aa  268  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6279  extracellular solute-binding protein family 5  33.27 
 
 		 512 aa  264  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2844  extracellular solute-binding protein  32.93 
 
 		 534 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.922612  normal  0.415189 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6274  extracellular solute-binding protein family 5  31.56 
 
 		 511 aa  234  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0245039 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3524  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  32.09 
 
 		 534 aa  233  5e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.413747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3168  extracellular solute-binding protein  31.88 
 
 		 534 aa  232  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6276  extracellular solute-binding protein family 5  30.02 
 
 		 496 aa  229  9e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0695772 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2105  extracellular solute-binding protein family 5  31.7 
 
 		 538 aa  220  5e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0251373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  31.3 
 
 		 516 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5589  extracellular solute-binding protein  30.08 
 
 		 513 aa  199  7.999999999999999e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.333853 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16230  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.86 
 
 		 516 aa  195  2e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.884302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1749  extracellular solute-binding protein family 5  29.36 
 
 		 538 aa  189  1e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.483604  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0953  extracellular solute-binding protein family 5  29.06 
 
 		 532 aa  188  3e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0576  extracellular solute-binding protein family 5  27.7 
 
 		 533 aa  184  3e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2653  extracellular solute-binding protein  28.54 
 
 		 517 aa  173  6.999999999999999e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.0051152  normal  0.33796 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2375  twin-arginine translocation pathway signal  28.14 
 
 		 514 aa  172  9e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2073  extracellular solute-binding protein  27.86 
 
 		 517 aa  170  7e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.610417  normal  0.462432 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5692  extracellular solute-binding protein family 5  27.11 
 
 		 555 aa  168  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1039  extracellular solute-binding protein family 5  27.66 
 
 		 503 aa  162  1e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.78614  normal  0.0480029 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3332  extracellular solute-binding protein  26.95 
 
 		 517 aa  160  5e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0558  extracellular solute-binding protein  25.78 
 
 		 561 aa  160  5e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.760139  hitchhiker  0.00152331 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3635  extracellular solute-binding protein  27.11 
 
 		 515 aa  157  6e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.014259  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1360  extracellular solute-binding protein  28.23 
 
 		 543 aa  151  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0151381 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2078  extracellular solute-binding protein  26.8 
 
 		 550 aa  152  2e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0155484  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2156  extracellular solute-binding protein  28.44 
 
 		 543 aa  150  8e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.470572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3559  extracellular solute-binding protein  27.75 
 
 		 526 aa  149  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.43971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.38 
 
 		 516 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  25.87 
 
 		 512 aa  147  6e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  26.22 
 
 		 528 aa  144  3e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3338  extracellular solute-binding protein  25.9 
 
 		 524 aa  144  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165624  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1961  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  27.94 
 
 		 513 aa  143  8e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.386989 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.43 
 
 		 520 aa  140  4.999999999999999e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 		 528 aa  140  4.999999999999999e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0391  extracellular solute-binding protein  28.04 
 
 		 522 aa  140  7.999999999999999e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  26.63 
 
 		 520 aa  138  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.58 
 
 		 510 aa  138  3.0000000000000003e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3508  extracellular solute-binding protein family 5  28.44 
 
 		 508 aa  138  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0424359 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3175  extracellular solute-binding protein family 5  23.45 
 
 		 554 aa  137  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000918408 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3756  putative peptide ABC transporter, substrate- binding protein  25.93 
 
 		 514 aa  137  6.0000000000000005e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0279615  normal  0.332846 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  24.81 
 
 		 527 aa  136  7.000000000000001e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  25.57 
 
 		 509 aa  137  7.000000000000001e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2703  ABC dipeptide transporter, periplasmic binding protein  27.47 
 
 		 501 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.22446  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  26.61 
 
 		 505 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3973  extracellular solute-binding protein family 5  27.75 
 
 		 505 aa  135  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617507  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1086  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 523 aa  135  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0074  twin-arginine translocation pathway signal  29.75 
 
 		 514 aa  134  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0403886  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  27.76 
 
 		 534 aa  133  6.999999999999999e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0112  extracellular solute-binding protein family 5  25.21 
 
 		 524 aa  132  1.0000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.214652  normal  0.175509 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0790  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  22.48 
 
 		 554 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  27.05 
 
 		 540 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  25.42 
 
 		 502 aa  132  2.0000000000000002e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  26.34 
 
 		 503 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  25.19 
 
 		 541 aa  131  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 		 521 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  25.24 
 
 		 521 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.24 
 
 		 521 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  25.24 
 
 		 521 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  25.37 
 
 		 546 aa  130  6e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2510  extracellular solute-binding protein  31.49 
 
 		 519 aa  130  8.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  26.53 
 
 		 515 aa  129  9.000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  24.62 
 
 		 512 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>