129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5464 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5464  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 279 aa  581  1.0000000000000001e-165  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448037  normal  0.953141 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.1 
 
 		 286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  29.2 
 
 		 285 aa  131  9e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03223  predicted isomerase  26.05 
 
 		 276 aa  105  9e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.05 
 
 		 276 aa  105  9e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3842  fructoselysine 3-epimerase  26.05 
 
 		 276 aa  105  9e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03175  hypothetical protein  26.05 
 
 		 276 aa  105  9e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3568  fructoselysine 3-epimerase  26.05 
 
 		 276 aa  104  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4684  fructoselysine 3-epimerase  26.05 
 
 		 275 aa  105  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0340  fructoselysine 3-epimerase  26.05 
 
 		 276 aa  104  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.452792 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3750  fructoselysine 3-epimerase  25.67 
 
 		 276 aa  100  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238004  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.9 
 
 		 276 aa  74.7  0.000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1496  xylose isomerase domain-containing protein  26.17 
 
 		 279 aa  71.6  0.00000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00334669  normal  0.969169 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 287 aa  71.2  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1892  xylose isomerase domain-containing protein  23.81 
 
 		 275 aa  70.5  0.00000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.230832 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 274 aa  68.9  0.00000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.74 
 
 		 258 aa  64.3  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0530  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.44 
 
 		 273 aa  64.3  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.297775  normal  0.967129 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1909  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.8 
 
 		 280 aa  63.9  0.000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5223  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.03 
 
 		 281 aa  62.4  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539656  normal  0.643563 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.68 
 
 		 258 aa  62  0.000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2326  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.47 
 
 		 284 aa  62  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00147679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0409  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.97 
 
 		 274 aa  62  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.26 
 
 		 282 aa  60.8  0.00000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.59 
 
 		 292 aa  60.5  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  26 
 
 		 257 aa  60.5  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  23.51 
 
 		 256 aa  60.5  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3955  xylose isomerase domain-containing protein  27.84 
 
 		 276 aa  59.7  0.00000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00177251  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4185  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.74 
 
 		 273 aa  58.9  0.00000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  23.63 
 
 		 283 aa  58.2  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.57 
 
 		 283 aa  57.4  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  25 
 
 		 250 aa  57.4  0.0000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0234  AMP-dependent synthetase and ligase  24.04 
 
 		 843 aa  56.2  0.0000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000591284  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  24.88 
 
 		 268 aa  56.2  0.0000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1978  xylose isomerase domain-containing protein  24.61 
 
 		 274 aa  55.1  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2200  xylose isomerase domain-containing protein  32.7 
 
 		 288 aa  55.1  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2524  xylose isomerase domain-containing protein  25.47 
 
 		 287 aa  54.7  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0621  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.86 
 
 		 281 aa  54.3  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0303  myo-inositol catabolism protein  24.08 
 
 		 298 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0433  xylose isomerase domain-containing protein  27.59 
 
 		 279 aa  53.5  0.000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.8 
 
 		 256 aa  53.9  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.787534  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.44 
 
 		 264 aa  53.9  0.000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.875943  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2531  putative IolE protein  23.04 
 
 		 298 aa  53.5  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32551e-17 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2336  hypothetical protein  25 
 
 		 237 aa  53.5  0.000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2299  myo-inositol catabolism protein  25 
 
 		 298 aa  53.5  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  26.4 
 
 		 295 aa  52.8  0.000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3700  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.21 
 
 		 299 aa  52.8  0.000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2255  myo-inositol catabolism protein  23.96 
 
 		 298 aa  52  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3128  hypothetical protein  22.32 
 
 		 257 aa  52  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1121  xylose isomerase domain-containing protein  22.22 
 
 		 268 aa  51.6  0.00001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  23.87 
 
 		 272 aa  51.2  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0027  xylose isomerase domain-containing protein  22.22 
 
 		 268 aa  51.6  0.00002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  decreased coverage  0.0054119  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.88 
 
 		 288 aa  50.8  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2598  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.54 
 
 		 316 aa  51.2  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0453  apurinic endonuclease Apn1  27.65 
 
 		 283 aa  50.4  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00920847  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3693  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.94 
 
 		 270 aa  50.4  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17150  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  29.41 
 
 		 828 aa  50.1  0.00004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.488876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0529  xylose isomerase-like TIM barrel  27.66 
 
 		 281 aa  49.7  0.00005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0189964  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0797  xylose isomerase domain-containing protein  22.22 
 
 		 268 aa  50.1  0.00005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0606735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4669  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.87 
 
 		 284 aa  49.3  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.104946  hitchhiker  0.000000014237 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  22.64 
 
 		 283 aa  49.3  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1257  xylose isomerase domain-containing protein  22.56 
 
 		 264 aa  49.3  0.00007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.666664  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3402  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.78 
 
 		 324 aa  49.3  0.00008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2848  xylose isomerase-like TIM barrel  26.56 
 
 		 282 aa  48.9  0.00009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.561386  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1811  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  20.49 
 
 		 287 aa  48.5  0.0001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00140377  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3029  xylose isomerase-like TIM barrel  25.69 
 
 		 265 aa  48.5  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.599496  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.85 
 
 		 310 aa  48.5  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.246653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.47 
 
 		 277 aa  48.5  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0516  hypothetical protein  25.93 
 
 		 263 aa  48.1  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0218037  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0975  xylose isomerase domain-containing protein  24.85 
 
 		 269 aa  48.1  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000320481  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0435  xylose isomerase domain-containing protein  24.67 
 
 		 266 aa  47.4  0.0002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5486  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.9 
 
 		 281 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.248686 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3140  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.78 
 
 		 310 aa  47.4  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2972  xylose isomerase domain-containing protein  26.9 
 
 		 255 aa  47.4  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1279  hypothetical protein  20.88 
 
 		 280 aa  47.4  0.0003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.393575 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0122  xylose isomerase domain-containing protein  21.79 
 
 		 254 aa  47.4  0.0003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.668761  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.51 
 
 		 289 aa  47  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3316  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.86 
 
 		 313 aa  47  0.0004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1263  hypothetical protein  23.91 
 
 		 269 aa  47  0.0004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  25.1 
 
 		 257 aa  47  0.0004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0323  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.68 
 
 		 536 aa  46.6  0.0005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  24.34 
 
 		 687 aa  46.2  0.0006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  22.75 
 
 		 297 aa  46.2  0.0006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3894  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.35 
 
 		 286 aa  46.2  0.0006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.67 
 
 		 260 aa  45.8  0.0007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.86 
 
 		 282 aa  45.8  0.0008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2249  Sugar phosphate isomerase/epimerase-like protein  24.81 
 
 		 263 aa  45.8  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.622554 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3697  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.35 
 
 		 286 aa  45.8  0.0009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.22 
 
 		 630 aa  45.4  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0568  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.74 
 
 		 272 aa  45.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  24.26 
 
 		 256 aa  45.4  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3195  hydroxypyruvate isomerase  29.69 
 
 		 263 aa  45.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.568718  normal  0.0120723 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.22 
 
 		 630 aa  45.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.34 
 
 		 274 aa  45.4  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.33 
 
 		 303 aa  45.4  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1136  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.31 
 
 		 312 aa  45.1  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3062  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.85 
 
 		 630 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.85 
 
 		 630 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.114512 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4050  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.21 
 
 		 284 aa  44.3  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00790933  normal  0.0910238 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0146  hexulose-6-phosphate isomerase  22.03 
 
 		 291 aa  44.3  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>