More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5421 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5421  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 68 aa  141  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.14942  normal  0.64967 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0217  cold-shock DNA-binding domain protein  83.82 
 
 		 69 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0246  cold-shock DNA-binding domain protein  83.82 
 
 		 69 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2005  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80.88 
 
 		 69 aa  121  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.745199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80.88 
 
 		 70 aa  118  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.59949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7022  cold-shock DNA-binding protein family protein  79.41 
 
 		 70 aa  117  4.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0599246  normal  0.604228 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4194  cold-shock DNA-binding domain protein  79.41 
 
 		 70 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.69443  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.41 
 
 		 70 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.29852 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3513  cold-shock DNA-binding domain protein  79.41 
 
 		 70 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0311  cold-shock protein, DNA-binding  81.54 
 
 		 68 aa  114  3e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.656988  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4283  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.41 
 
 		 68 aa  114  5e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0398  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80 
 
 		 68 aa  114  5e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0922  cold-shock DNA-binding domain protein  76.47 
 
 		 69 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11423  normal  0.220498 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0977  cold-shock DNA-binding family protein  75 
 
 		 69 aa  113  1.0000000000000001e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.717834  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0809  cold-shock DNA-binding domain protein  76.47 
 
 		 69 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.13645 
 
 
-
 
NC_004310  BR1492  cold-shock family protein  75 
 
 		 69 aa  112  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.136425  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1676  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 69 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00586625  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2980  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 73 aa  111  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.0073832  normal  0.0936276 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1056  cold-shock DNA-binding domain protein  76.12 
 
 		 70 aa  111  3e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.102694 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6591  cold-shock DNA-binding domain protein  75 
 
 		 69 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00426867 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5655  cold-shock DNA-binding domain protein  75 
 
 		 69 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0142  cold shock protein  72.06 
 
 		 74 aa  110  5e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5162  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 69 aa  110  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1949  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.06 
 
 		 69 aa  110  7.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.589262  normal  0.169365 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1185  cold-shock protein DNA-binding  76.12 
 
 		 69 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0202677 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1345  cold-shock DNA-binding domain protein  76.12 
 
 		 69 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.708004 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6274  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 69 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.517051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4458  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.59 
 
 		 69 aa  109  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0841  cold-shock DNA-binding domain protein  73.53 
 
 		 69 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1556  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 		 70 aa  108  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.53 
 
 		 69 aa  108  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5928  cold-shock DNA-binding domain protein  72.06 
 
 		 69 aa  108  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 		 69 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.499823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1892  cold-shock protein DNA-binding  73.13 
 
 		 69 aa  107  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4677  cold-shock DNA-binding domain protein  73.13 
 
 		 69 aa  107  6e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.403947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1185  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.65 
 
 		 69 aa  107  6e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1893  cold-shock protein DNA-binding  70.59 
 
 		 69 aa  107  8.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.208302  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0093  cold-shock DNA-binding domain protein  73.13 
 
 		 69 aa  106  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.941798  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0846  cold-shock DNA-binding domain protein  70.59 
 
 		 69 aa  105  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.012505 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6033  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.59 
 
 		 69 aa  106  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.263263  normal  0.0669471 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1810  cold-shock DNA-binding domain protein  73.53 
 
 		 69 aa  106  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.275955  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0886  cold-shock protein DNA-binding  70.59 
 
 		 69 aa  105  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0757124 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1798  cold-shock DNA-binding domain protein  69.12 
 
 		 69 aa  105  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0430  cold-shock family protein  72.06 
 
 		 69 aa  105  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  70.59 
 
 		 69 aa  105  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.674883  normal  0.12074 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0810  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 		 69 aa  105  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0078  cold-shock DNA-binding domain protein  71.64 
 
 		 69 aa  105  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.19657  normal  0.176991 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5491  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.59 
 
 		 69 aa  105  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599855  normal  0.0633447 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1446  cold-shock family protein  74.6 
 
 		 105 aa  105  3e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.215876  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5378  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.12 
 
 		 69 aa  105  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.260469 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.12 
 
 		 69 aa  105  3e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.392301 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4533  cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 		 69 aa  104  5e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4164  cold-shock protein DNA-binding  70.15 
 
 		 69 aa  104  5e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.593748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2842  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.06 
 
 		 68 aa  103  6e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2846  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 		 73 aa  103  6e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.495681  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2533  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 69 aa  103  8e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3306  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.18 
 
 		 69 aa  103  8e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3161  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 69 aa  103  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161902  normal  0.108125 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2034  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 		 67 aa  103  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.465881  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3035  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.12 
 
 		 69 aa  103  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.084577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0367  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 73 aa  101  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 179 aa  101  4e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2750  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 		 69 aa  100  5e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.33157  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  72.06 
 
 		 68 aa  100  7e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.741556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2375  cold-shock protein, DNA-binding  68.18 
 
 		 69 aa  99.8  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.583398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1521  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.16 
 
 		 68 aa  99.8  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.490356  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3209  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 67 aa  97.4  6e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.522557 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2176  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 69 aa  97.1  7e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.141033  normal  0.0176419 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3257  cold-shock protein, DNA-binding  67.16 
 
 		 69 aa  97.1  7e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261895 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2199  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 		 67 aa  96.7  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.735899 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3436  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 69 aa  96.7  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0954  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 68 aa  96.3  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.631034  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0932  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 68 aa  95.9  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4272  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 66 aa  95.9  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.217345  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3878  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 		 69 aa  95.9  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1752  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 		 68 aa  95.9  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 68 aa  94.7  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0850  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 68 aa  94.7  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7552  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 		 69 aa  94.7  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.229595  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0386  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.64 
 
 		 68 aa  94.7  4e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.654168  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1914  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.69 
 
 		 68 aa  94.7  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4329  hypothetical protein  68.18 
 
 		 68 aa  94.4  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.208733 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0009  cold-shock DNA-binding domain protein  71.21 
 
 		 68 aa  94.4  5e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 		 68 aa  94.4  5e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142025 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2024  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.18 
 
 		 68 aa  93.6  7e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 		 68 aa  93.6  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.976411  normal  0.373537 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4422  cold-shock DNA-binding domain protein  63.24 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.369024 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3620  cold-shock DNA-binding protein  65.15 
 
 		 68 aa  92.8  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4258  hypothetical protein  65.15 
 
 		 68 aa  93.2  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.321323  normal  0.982609 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4290  hypothetical protein  65.15 
 
 		 68 aa  93.2  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0003  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.24 
 
 		 67 aa  92.8  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3947  cold-shock protein DNA-binding  61.76 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.246482 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0270  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4315  cold-shock DNA-binding domain protein  61.76 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0374104  normal  0.166197 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3140  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 		 68 aa  92.4  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.577228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2219  putative cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 		 68 aa  91.7  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3054  cold-shock protein, DNA-binding  65.67 
 
 		 66 aa  91.7  3e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0480379 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3621  cold-shock DNA-binding protein  63.64 
 
 		 77 aa  91.7  3e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2320  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 		 67 aa  92  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.680465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.71 
 
 		 68 aa  91.3  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.265865  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>