More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5376 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5376  conjugal transfer protein TrbB  100 
 
 		 325 aa  647    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.873553  normal  0.169831 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9269  conjugal transfer protein TrbB  79.38 
 
 		 323 aa  504  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8334  conjugal transfer protein TrbB  78.46 
 
 		 323 aa  501  1e-141  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.222514  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4569  conjugal transfer protein TrbB  75.38 
 
 		 329 aa  483  1e-135  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5482  conjugal transfer protein TrbB  69.51 
 
 		 321 aa  443  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9661  conjugal transfer protein TrbB  67.21 
 
 		 320 aa  401  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0047  conjugal transfer ATPase TrbB  50 
 
 		 366 aa  295  6e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.435739  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2497  type II secretion system protein E  50.67 
 
 		 321 aa  293  3e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6502  conjugal transfer ATPase TrbB  49.34 
 
 		 320 aa  293  4e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000848029  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6635  conjugal transfer ATPase TrbB  49.34 
 
 		 320 aa  293  4e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000001277  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3691  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  49.02 
 
 		 328 aa  283  2.0000000000000002e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3004  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  49.51 
 
 		 342 aa  283  4.0000000000000003e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.803505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5330  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  48.09 
 
 		 320 aa  282  5.000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.548363 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5159  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  48.84 
 
 		 318 aa  280  2e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3541  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  48.76 
 
 		 327 aa  280  3e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1194  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  48.76 
 
 		 327 aa  280  3e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.442732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3086  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  51.53 
 
 		 343 aa  280  3e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3212  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  50.16 
 
 		 332 aa  280  3e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0166332  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2265  conjugal transfer ATPase TrbB  49.34 
 
 		 320 aa  277  2e-73  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000182151  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0509  type II secretion system protein E  48.17 
 
 		 329 aa  276  3e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.77324  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3194  type II secretion system protein E  49.19 
 
 		 334 aa  276  4e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.653362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0699  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  49.51 
 
 		 326 aa  275  1.0000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7741  conjugal transfer protein trbB  49.84 
 
 		 327 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.685768 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0595  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  48.52 
 
 		 328 aa  274  2.0000000000000002e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3827  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  49.83 
 
 		 321 aa  273  3e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1334  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.89 
 
 		 322 aa  271  1e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0908976 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1634  P-type conjugative transfer protein TrbB  46.89 
 
 		 322 aa  271  1e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0899884  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0749  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  49.18 
 
 		 327 aa  270  2.9999999999999997e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.641602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3851  type II secretion system protein E  47.76 
 
 		 327 aa  270  2.9999999999999997e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.296178  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4274  conjugal transfer ATPase TrbB  46.58 
 
 		 321 aa  269  4e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  1.39641e-17  normal  0.780952 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0244  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.56 
 
 		 322 aa  269  5e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4000  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  48.01 
 
 		 328 aa  269  5.9999999999999995e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2878  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  48.85 
 
 		 327 aa  269  5.9999999999999995e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0715794 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0808  type II secretion system protein E  46.5 
 
 		 326 aa  268  8e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1835  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  51.27 
 
 		 325 aa  268  1e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0156  type II secretion system protein E  47.54 
 
 		 334 aa  265  5e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3901  type II secretion system protein E  48.21 
 
 		 322 aa  265  5.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.23127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2324  type II secretion system protein E  48.52 
 
 		 327 aa  265  5.999999999999999e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0318  type II secretion system protein E  48.52 
 
 		 327 aa  265  7e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504933  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4690  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  45.86 
 
 		 310 aa  265  8.999999999999999e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3541  type II secretion system protein E  46.43 
 
 		 322 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0478777  normal  0.532138 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1500  conjugal transfer protein trbB  47.32 
 
 		 327 aa  265  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2027  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  49.37 
 
 		 333 aa  264  2e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1484  type II secretion system protein E  50.16 
 
 		 332 aa  263  2e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.307277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4195  type II secretion system protein E  50.16 
 
 		 343 aa  263  2e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3364  conjugal transfer protein trbB  46.98 
 
 		 326 aa  263  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.538744 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7440  conjugal transfer protein trbB  48.32 
 
 		 305 aa  261  8e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1622  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  42.14 
 
 		 346 aa  260  2e-68  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1013  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  48.03 
 
 		 322 aa  258  7e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2351  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  50.85 
 
 		 325 aa  256  3e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2645  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  48.36 
 
 		 345 aa  256  3e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3506  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  49.01 
 
 		 344 aa  255  9e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.19636  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0161  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  48.08 
 
 		 323 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1895  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  49.34 
 
 		 356 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2699  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  49.01 
 
 		 344 aa  253  2.0000000000000002e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.183128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1341  type II secretion system protein E  48.68 
 
 		 354 aa  253  4.0000000000000004e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.120888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1550  type II secretion system protein E  48.4 
 
 		 358 aa  252  7e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00260971  normal  0.700306 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1282  type II secretion system protein E  48.36 
 
 		 356 aa  251  9.000000000000001e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3706  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  48.36 
 
 		 350 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.557258  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0966  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  44.76 
 
 		 334 aa  251  1e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0726  type II secretion system protein E  47.88 
 
 		 349 aa  251  1e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.687032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2485  type II secretion system protein E  47.85 
 
 		 327 aa  250  2e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.3274 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2004  type II secretion system protein E  47.56 
 
 		 348 aa  251  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2350  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  47.88 
 
 		 351 aa  249  3e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.526616 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30940  putative conjugal transfer protein  48.68 
 
 		 356 aa  250  3e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000128533  unclonable  3.72388e-22 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2584  conjugal transfer protein TrbB  48.36 
 
 		 355 aa  249  4e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0438  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  47.12 
 
 		 353 aa  249  5e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35720  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  47.7 
 
 		 350 aa  249  6e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.469898  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2824  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  48.86 
 
 		 329 aa  249  6e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2911  type II secretion system protein E  48.36 
 
 		 344 aa  248  9e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2614  type II secretion system protein E  47.6 
 
 		 327 aa  248  1e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2268  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  44.06 
 
 		 325 aa  246  3e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0892  type II secretion system protein E  42.35 
 
 		 319 aa  228  7e-59  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0688  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.24 
 
 		 309 aa  218  2e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1183  type II secretion system protein E  38.85 
 
 		 319 aa  211  9e-54  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2346  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  44.29 
 
 		 325 aa  202  8e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1720  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  42.32 
 
 		 329 aa  196  3e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00147948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5226  type II secretion system protein E  34.9 
 
 		 332 aa  176  4e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.445343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1339  type II secretion system protein E  33.44 
 
 		 412 aa  159  7e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0309  type II secretion system protein E  36.3 
 
 		 455 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1876  type II secretion system protein E  33.45 
 
 		 477 aa  156  6e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2982  type II secretion system protein E  33.66 
 
 		 487 aa  154  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.330952  hitchhiker  0.00479532 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2507  type II secretion system protein E  33.77 
 
 		 513 aa  154  2e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000823712  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3241  type II secretion system protein E  32.65 
 
 		 478 aa  154  2e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1041  type II secretion system protein E  34.39 
 
 		 444 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.437209  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0670  type II secretion system protein E  34.11 
 
 		 466 aa  153  4e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.811515  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0898  type II secretion system protein E  33.78 
 
 		 467 aa  152  8e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2045  type II secretion system protein E  34.77 
 
 		 458 aa  152  8.999999999999999e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0948744  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1815  type II secretion system protein E  33.55 
 
 		 449 aa  150  2e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.15146  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1918  type II secretion system protein E  34.32 
 
 		 442 aa  151  2e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.250738  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2555  type II secretion system protein E  33.44 
 
 		 464 aa  149  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174933  normal  0.12963 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2694  type II secretion system protein E  33.76 
 
 		 474 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00162868  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2019  type II secretion system protein E  33.1 
 
 		 442 aa  147  3e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.547771  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3931  type II secretion system protein E  35.05 
 
 		 472 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0856952  normal  0.304546 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0545  type II secretion system protein E  33.33 
 
 		 454 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.732692 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2921  type II/IV secretion system protein E  35.97 
 
 		 638 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0032  type II secretion system protein E  32.46 
 
 		 404 aa  146  4.0000000000000006e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2738  type II secretion system protein E  33.81 
 
 		 624 aa  146  5e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2366  putative pilus assembly protein  32.21 
 
 		 441 aa  146  6e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.108206  normal  0.102588 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2054  type II secretion system protein E  34.73 
 
 		 474 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00068555  normal  0.102531 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>