More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5362 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5362  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 230 aa  455  1e-127  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0748621 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6070  two component response regulator  67.7 
 
 		 228 aa  303  1.0000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1100  two component transcriptional regulator  63.8 
 
 		 230 aa  286  2e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4649  two component transcriptional regulator  61.14 
 
 		 230 aa  281  8.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.424735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2694  two component transcriptional regulator  57.78 
 
 		 235 aa  268  4e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2990  two component transcriptional regulator  57.14 
 
 		 230 aa  261  8.999999999999999e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.839569  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4238  two component transcriptional regulator  57.33 
 
 		 226 aa  256  2e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.633474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2053  two component transcriptional regulator  56 
 
 		 232 aa  250  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.745879 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2322  two component transcriptional regulator  55.16 
 
 		 232 aa  244  6e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.521655  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2200  two component transcriptional regulator  55.16 
 
 		 232 aa  244  8e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3248  two component transcriptional regulator  53.36 
 
 		 232 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1312  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.81 
 
 		 232 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.1865 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2274  two component transcriptional regulator  53.6 
 
 		 231 aa  241  6e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1159  two component transcriptional regulator  54.46 
 
 		 230 aa  239  2e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1196  two component transcriptional regulator  52.94 
 
 		 240 aa  239  2.9999999999999997e-62  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0994  two component transcriptional regulator  54.26 
 
 		 232 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5611  two component transcriptional regulator  53.36 
 
 		 232 aa  237  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0731674  normal  0.970504 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2051  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  50.45 
 
 		 230 aa  236  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191031  normal  0.53595 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1222  two component transcriptional regulator  55.8 
 
 		 235 aa  236  2e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3122  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.02 
 
 		 235 aa  235  5.0000000000000005e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1172  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.57 
 
 		 235 aa  234  6e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3482  two component transcriptional regulator  52.04 
 
 		 231 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5840  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.78 
 
 		 230 aa  233  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.99298  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4157  winged helix family two component transcriptional regulator  52.04 
 
 		 231 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1025  DNA-binding response regulator KdpE  53.36 
 
 		 234 aa  231  5e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1672  two component transcriptional regulator  52.47 
 
 		 232 aa  231  5e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.193412  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2307  two component transcriptional regulator  52.47 
 
 		 232 aa  231  5e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2284  two component transcriptional regulator  52.47 
 
 		 232 aa  231  5e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.21195  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1875  response regulator receiver  51.8 
 
 		 230 aa  231  5e-60  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.72432  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2246  KDP operon transcriptional regulatory protein kdpE  49.55 
 
 		 230 aa  231  6e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.683582  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1872  DNA-binding response regulator KdpE  53.36 
 
 		 234 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0800306  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4029  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 		 241 aa  231  7.000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.871415 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1088  DNA-binding response regulator KdpE  53.36 
 
 		 234 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0779  DNA-binding response regulator KdpE  53.36 
 
 		 234 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.97246  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1254  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  53.36 
 
 		 234 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00667548  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0371  DNA-binding response regulator KdpE  53.36 
 
 		 234 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1397  DNA-binding response regulator KdpE  53.36 
 
 		 232 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.089264  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1246  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  53.36 
 
 		 232 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0386  two component transcriptional regulator  54.75 
 
 		 229 aa  231  9e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3729  two component transcriptional regulator  52.04 
 
 		 231 aa  230  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2289  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  52.02 
 
 		 231 aa  230  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000420296  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43340  two-component response regulator KdpE  51.82 
 
 		 230 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1711  two component transcriptional regulator  51.58 
 
 		 231 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3087  response regulator transcription regulator protein  52.04 
 
 		 234 aa  228  6e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.160744  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0249  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.54 
 
 		 232 aa  228  6e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3636  two-component response regulator KdpE  50.91 
 
 		 230 aa  228  8e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.9171  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3104  two component transcriptional regulator  52.73 
 
 		 233 aa  227  1e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.317177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1017  two component transcriptional regulator  52.7 
 
 		 229 aa  226  2e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.957911  normal  0.735899 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24530  Response regulator KdpE  51.8 
 
 		 232 aa  225  5.0000000000000005e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0689152  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2213  DNA binding response regulator KdpE  50.88 
 
 		 231 aa  224  6e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1708  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.22 
 
 		 228 aa  223  1e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.476364 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2437  two component transcriptional regulator  56.19 
 
 		 233 aa  223  2e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6752  two component transcriptional regulator, winged helix family  52 
 
 		 230 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3780  two component transcriptional regulator  49.33 
 
 		 233 aa  222  4e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1244  DNA-binding transcriptional activator KdpE  49.78 
 
 		 229 aa  222  4.9999999999999996e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00224308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3370  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.9 
 
 		 234 aa  221  6e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3023  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.9 
 
 		 234 aa  221  6e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11045  transcriptional regulatory protein kdpE  50.23 
 
 		 226 aa  221  6e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0942  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.45 
 
 		 231 aa  221  7e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0532517  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0287  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.89 
 
 		 237 aa  221  8e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0371836  normal  0.118342 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3600  two component transcriptional regulator  50.21 
 
 		 235 aa  221  8e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.45 
 
 		 231 aa  221  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102691  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5960  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.9 
 
 		 226 aa  220  1.9999999999999999e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.891848  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1865  response regulator receiver  50.67 
 
 		 224 aa  219  3e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.59899  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3077  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 227 aa  219  3e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0535977  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3248  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.87 
 
 		 224 aa  218  3.9999999999999997e-56  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0860  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.23 
 
 		 225 aa  218  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0042  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 		 231 aa  218  6e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.189828  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0750  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.23 
 
 		 225 aa  218  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.358042  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0299  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.23 
 
 		 231 aa  218  8.999999999999998e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.867846 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0810  DNA-binding transcriptional activator KdpE  49.77 
 
 		 225 aa  217  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1269  two component transcriptional regulator  52.02 
 
 		 228 aa  217  1e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1214  DNA-binding transcriptional activator KdpE  49.32 
 
 		 226 aa  217  1e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1791  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.1 
 
 		 240 aa  217  1e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000442123 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00651  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with KdpD  49.77 
 
 		 225 aa  216  2e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2942  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.77 
 
 		 225 aa  216  2e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0716  DNA-binding transcriptional activator KdpE  49.77 
 
 		 225 aa  216  2e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0593355  normal  0.505732 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1079  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 		 230 aa  216  2e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00642  hypothetical protein  49.77 
 
 		 225 aa  216  2e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0824  DNA-binding transcriptional activator KdpE  49.77 
 
 		 225 aa  216  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0770111 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0608  two component transcriptional regulator  53.57 
 
 		 393 aa  216  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4763  two component transcriptional regulator  48.65 
 
 		 230 aa  217  2e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.96205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0509  two component transcriptional regulator  51.79 
 
 		 232 aa  216  2.9999999999999998e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.163629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0741  DNA-binding transcriptional activator KdpE  49.77 
 
 		 225 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000675118  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0720  DNA-binding transcriptional activator KdpE  49.77 
 
 		 225 aa  215  4e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0669037  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0891  two component transcriptional regulator  50.68 
 
 		 231 aa  215  4e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.391375  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0787  DNA-binding transcriptional activator KdpE  49.77 
 
 		 225 aa  215  5e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2962  DNA-binding transcriptional activator KdpE  49.32 
 
 		 225 aa  215  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1666  two component transcriptional regulator  48.87 
 
 		 230 aa  214  5.9999999999999996e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0555  DNA-binding transcriptional activator KdpE  49.32 
 
 		 225 aa  214  8e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0763  DNA-binding transcriptional activator KdpE  49.32 
 
 		 225 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0359  two component transcriptional regulator  49.12 
 
 		 236 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.274157  normal  0.104876 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2927  two component transcriptional regulator  51.58 
 
 		 228 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4546  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 229 aa  212  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.926448 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2502  two-component response regulator of kdp operon  52.04 
 
 		 234 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3717  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  48.23 
 
 		 244 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5029  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.66 
 
 		 225 aa  212  3.9999999999999995e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1206  two component transcriptional regulator  48.42 
 
 		 225 aa  212  4.9999999999999996e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00352252 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3050  two component transcriptional regulator  46.82 
 
 		 224 aa  211  5.999999999999999e-54  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.519152  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4088  response regulator receiver  48.23 
 
 		 231 aa  211  7.999999999999999e-54  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>