More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5353 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  100 
 
 		 378 aa  769    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  77.97 
 
 		 365 aa  567  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  75.35 
 
 		 363 aa  546  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  69.35 
 
 		 385 aa  524  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  69.12 
 
 		 359 aa  495  1e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  66.95 
 
 		 354 aa  475  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2097  DNA-directed DNA polymerase  68.66 
 
 		 373 aa  467  9.999999999999999e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  59.79 
 
 		 396 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  63.71 
 
 		 363 aa  451  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  61.6 
 
 		 381 aa  450  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  63.1 
 
 		 375 aa  449  1e-125  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  62.61 
 
 		 373 aa  439  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  64.12 
 
 		 378 aa  432  1e-120  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  62.32 
 
 		 359 aa  430  1e-119  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  61.28 
 
 		 360 aa  429  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  59.31 
 
 		 380 aa  430  1e-119  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0756  DNA polymerase IV  59 
 
 		 376 aa  383  1e-105  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  55.88 
 
 		 360 aa  370  1e-101  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1330  DNA-directed DNA polymerase  56.25 
 
 		 359 aa  370  1e-101  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64899  normal  0.124466 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  55 
 
 		 356 aa  357  9.999999999999999e-98  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  55.43 
 
 		 371 aa  357  9.999999999999999e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  55.33 
 
 		 372 aa  356  3.9999999999999996e-97  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  57.67 
 
 		 355 aa  354  1e-96  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  52.96 
 
 		 357 aa  354  1e-96  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1442  DNA polymerase IV (Pol IV 3)  51.88 
 
 		 330 aa  353  4e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365984  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02810  DNA polymerase IV  54.62 
 
 		 368 aa  349  5e-95  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.495536  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  52.51 
 
 		 374 aa  343  2.9999999999999997e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  54.25 
 
 		 358 aa  339  4e-92  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  51 
 
 		 378 aa  335  7e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  51 
 
 		 378 aa  335  7e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0662  DNA-directed DNA polymerase  54.98 
 
 		 353 aa  335  1e-90  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  51.92 
 
 		 359 aa  335  1e-90  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  51.83 
 
 		 371 aa  330  2e-89  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  52.91 
 
 		 369 aa  330  2e-89  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  53.6 
 
 		 369 aa  330  3e-89  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  53.1 
 
 		 359 aa  328  1.0000000000000001e-88  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  53.67 
 
 		 356 aa  322  8e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3809  DNA-directed DNA polymerase  72.55 
 
 		 412 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  44.6 
 
 		 364 aa  303  3.0000000000000004e-81  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  50.45 
 
 		 369 aa  302  8.000000000000001e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  45.95 
 
 		 399 aa  301  9e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  48.7 
 
 		 379 aa  298  1e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  48.66 
 
 		 408 aa  297  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  48.66 
 
 		 383 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  48.66 
 
 		 361 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  52.33 
 
 		 357 aa  296  6e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  48.66 
 
 		 405 aa  295  7e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  52.33 
 
 		 357 aa  295  1e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  50.98 
 
 		 362 aa  294  2e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1726  DNA polymerase IV  48.6 
 
 		 352 aa  293  4e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000164893  normal  0.305741 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  48.21 
 
 		 392 aa  291  2e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1128  DNA polymerase IV  47.26 
 
 		 429 aa  290  3e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456598  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1433  DNA polymerase IV  47.81 
 
 		 356 aa  288  8e-77  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2052  DNA polymerase IV  47.69 
 
 		 407 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.217696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2507  DNA-directed DNA polymerase  45.48 
 
 		 358 aa  285  5.999999999999999e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000247622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2314  DNA polymerase IV  46.06 
 
 		 364 aa  285  1.0000000000000001e-75  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.023311  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  47.62 
 
 		 353 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0951  DNA polymerase IV  47.01 
 
 		 379 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.126406  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3092  DNA polymerase IV  48.69 
 
 		 358 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3552  DNA polymerase IV  46.56 
 
 		 358 aa  282  5.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1621  DNA polymerase IV  42.98 
 
 		 367 aa  283  5.000000000000001e-75  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52310  DNA polymerase IV  47.53 
 
 		 349 aa  282  9e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.88026 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0935  DNA polymerase IV  46.28 
 
 		 358 aa  281  1e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4012  DNA polymerase IV  46.78 
 
 		 354 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.333158  normal  0.93726 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1397  DNA polymerase IV  47.54 
 
 		 354 aa  280  2e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  45.77 
 
 		 389 aa  281  2e-74  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3427  DNA polymerase IV  46.56 
 
 		 358 aa  280  2e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0383  ImpB/MucB/SamB family protein  46.09 
 
 		 357 aa  280  2e-74  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00108419  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4215  DNA polymerase IV  46.78 
 
 		 354 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4587  DNA polymerase IV  46.98 
 
 		 349 aa  280  3e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.099232  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  45.32 
 
 		 408 aa  279  4e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2871  DNA polymerase IV  48.24 
 
 		 359 aa  280  4e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  45.62 
 
 		 408 aa  280  4e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1203  DNA polymerase IV  46.78 
 
 		 354 aa  279  5e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3355  DNA polymerase IV  46.28 
 
 		 358 aa  279  5e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2619  DNA polymerase IV  47.62 
 
 		 403 aa  279  6e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1727  DNA polymerase IV  47.62 
 
 		 404 aa  279  6e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2675  DNA polymerase IV  47.62 
 
 		 406 aa  279  6e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1508  DNA polymerase IV  47.62 
 
 		 400 aa  279  7e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408147  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3083  DNA polymerase IV  47.62 
 
 		 400 aa  279  7e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2236  DNA polymerase IV  47.62 
 
 		 400 aa  279  7e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.783166  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2751  DNA polymerase IV  47.62 
 
 		 404 aa  278  8e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3422  DNA polymerase IV  47.97 
 
 		 360 aa  278  1e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  45.45 
 
 		 466 aa  277  2e-73  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0597  DNA polymerase IV  50 
 
 		 355 aa  276  3e-73  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0927  DNA polymerase IV  46.24 
 
 		 352 aa  276  4e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.716542  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1983  DNA polymerase IV  46.82 
 
 		 356 aa  276  4e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.858676  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37100  DNA polymerase IV  46.35 
 
 		 353 aa  276  4e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1949  DNA polymerase IV  46.82 
 
 		 356 aa  276  4e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.259115  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0614  DNA polymerase IV  49.67 
 
 		 355 aa  275  7e-73  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2527  DNA polymerase IV  46.7 
 
 		 355 aa  275  8e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3604  DNA polymerase IV  46.2 
 
 		 364 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.85941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0985  DNA polymerase IV  47.8 
 
 		 359 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1646  DNA-directed DNA polymerase  44.13 
 
 		 834 aa  274  2.0000000000000002e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.218783 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0962  DNA polymerase IV  48.72 
 
 		 353 aa  273  2.0000000000000002e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3438  DNA polymerase IV  43.93 
 
 		 352 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0762  DNA polymerase IV  43.68 
 
 		 352 aa  274  2.0000000000000002e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1195  DNA polymerase IV  47.48 
 
 		 353 aa  273  3e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0662024 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0947  DNA polymerase IV  47.51 
 
 		 359 aa  273  3e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3394  DNA polymerase IV  52.32 
 
 		 364 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.320161  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>