180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5280 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5280  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  100 
 
 
148 aa  310  5.999999999999999e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4515  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  83.67 
 
 
148 aa  260  4e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.148195  normal  0.867816 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3682  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  83.45 
 
 
142 aa  252  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3665  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  81.38 
 
 
148 aa  250  5.000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2886  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  78.62 
 
 
148 aa  248  2e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.309369  normal  0.188926 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6895  glyoxalase family protein  44.68 
 
 
137 aa  120  8e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.008726  normal  0.0923151 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2265  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  43.33 
 
 
150 aa  120  9e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.289163  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1609  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  43.15 
 
 
150 aa  117  3.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4028  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  42.45 
 
 
140 aa  114  6e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0559791  normal  0.357373 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3963  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase:3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  40.15 
 
 
135 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0315736  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1375  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  43.07 
 
 
133 aa  108  3e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4029  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  44.27 
 
 
133 aa  107  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3319  hypothetical protein  37.41 
 
 
138 aa  106  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0361879  normal  0.67973 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4467  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  40.15 
 
 
144 aa  106  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358832  normal  0.022389 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46780  hypothetical protein  42.45 
 
 
137 aa  105  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00435317  hitchhiker  0.000000369567 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4030  hypothetical protein  42.45 
 
 
137 aa  104  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4159  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  41.61 
 
 
136 aa  103  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.458009  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0941  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  39.57 
 
 
149 aa  103  8e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000300848  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1227  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  37.41 
 
 
137 aa  102  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1950  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  38.3 
 
 
137 aa  101  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.671815  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2375  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  38.13 
 
 
151 aa  100  5e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.614742  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2255  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  38.13 
 
 
151 aa  100  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.260674  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1724  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  37.41 
 
 
151 aa  100  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0853542  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2336  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  37.41 
 
 
151 aa  100  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2359  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  37.41 
 
 
151 aa  100  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4110  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  38.03 
 
 
137 aa  100  8e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.172223  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5678  glyoxalase/bleomycin resistance protein  38.13 
 
 
151 aa  99.8  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3122  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  38.69 
 
 
139 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.364708  normal  0.0270793 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2105  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  36.23 
 
 
144 aa  97.4  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.225475 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4412  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  43.18 
 
 
139 aa  95.9  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.243499  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4634  hypothetical protein  35.86 
 
 
147 aa  95.5  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4634  hypothetical protein  35.86 
 
 
147 aa  95.9  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.872407 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1646  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  39.42 
 
 
138 aa  95.5  2e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.246975  normal  0.123315 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4543  hypothetical protein  35.86 
 
 
147 aa  95.9  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4550  hypothetical protein  35.86 
 
 
147 aa  95.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4683  hypothetical protein  35.86 
 
 
147 aa  94.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.592762  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3064  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  37.86 
 
 
138 aa  94.7  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4762  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  38.85 
 
 
133 aa  94.4  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4410  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  35.62 
 
 
145 aa  94.4  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148122  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0411  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  35.62 
 
 
140 aa  94  7e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0195958  normal  0.144933 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61410  hypothetical protein  36.69 
 
 
137 aa  93.6  8e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.510351 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0601  hypothetical protein  36.11 
 
 
143 aa  93.2  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5290  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase:3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  35.25 
 
 
137 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.491308  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1165  VOC metalloenzyme family protein  38.03 
 
 
144 aa  91.7  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0310  hypothetical protein  37.24 
 
 
143 aa  92  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0504777 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1173  VOC metalloenzyme family protein  38.03 
 
 
144 aa  91.3  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.71319  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1941  glyoxalase family protein  38.03 
 
 
144 aa  91.3  5e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.758162  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1324  glyoxalase family protein  38.03 
 
 
260 aa  91.3  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.228518  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1012  glyoxalase family protein  38.03 
 
 
144 aa  91.3  5e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.50661  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0853  glyoxalase family protein  38.03 
 
 
144 aa  91.3  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0295  glyoxalase family protein  38.03 
 
 
144 aa  91.3  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.198245  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0694  hypothetical protein  33.58 
 
 
279 aa  90.5  6e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0969715  unclonable  0.00000000507336 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3991  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  33.57 
 
 
155 aa  90.5  7e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.463262  normal  0.542881 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1711  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  38.97 
 
 
144 aa  90.5  7e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3497  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  35.17 
 
 
143 aa  89  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.35175  normal  0.404774 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4569  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  35.17 
 
 
143 aa  89  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.419653 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03978  hypothetical protein  35.62 
 
 
147 aa  87.4  5e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0961  glyoxalase family protein  36.36 
 
 
144 aa  87.8  5e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.398511  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03939  hypothetical protein  35.62 
 
 
147 aa  87.4  5e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3920  hypothetical protein  35.62 
 
 
147 aa  87.4  5e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4347  hypothetical protein  35.62 
 
 
147 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4661  hypothetical protein  35.62 
 
 
147 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3321  histidine kinase  31.72 
 
 
284 aa  87  8e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000411841 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3885  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  34.93 
 
 
147 aa  86.3  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4772  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  37.5 
 
 
139 aa  86.3  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.261659  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5620  hypothetical protein  33.33 
 
 
147 aa  86.3  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4608  hypothetical protein  33.33 
 
 
147 aa  86.3  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3316  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  34.53 
 
 
142 aa  85.5  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.918478  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3966  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  34.53 
 
 
142 aa  85.5  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.591195  normal  0.267495 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4168  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  38.17 
 
 
140 aa  85.5  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0156126  hitchhiker  0.00300436 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4572  hypothetical protein  33.33 
 
 
147 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5411  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  34.31 
 
 
141 aa  85.5  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.110771 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4614  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  34.25 
 
 
144 aa  85.1  3e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.749766 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1560  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  36.3 
 
 
138 aa  82.4  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.742645 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5925  hypothetical protein  36.17 
 
 
142 aa  82  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146885  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4780  hypothetical protein  34.07 
 
 
143 aa  80.9  0.000000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0482  hypothetical protein  34.33 
 
 
143 aa  80.9  0.000000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00226703 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4753  hypothetical protein  33.33 
 
 
143 aa  79  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4542  hypothetical protein  32.59 
 
 
143 aa  78.6  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0952662  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4378  PhnB protein  32.59 
 
 
143 aa  78.6  0.00000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4388  PhnB protein  32.59 
 
 
143 aa  78.6  0.00000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0567187  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4895  hypothetical protein  32.59 
 
 
143 aa  78.6  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00185304  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4779  hypothetical protein  32.59 
 
 
143 aa  78.6  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4762  hypothetical protein  32.59 
 
 
143 aa  78.2  0.00000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1773  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  35.34 
 
 
140 aa  78.2  0.00000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.019002 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2043  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  33.79 
 
 
164 aa  77.4  0.00000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.236061  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4475  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  32.85 
 
 
143 aa  77.4  0.00000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1958  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  36.62 
 
 
152 aa  77.4  0.00000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1228  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  33.85 
 
 
142 aa  75.9  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.73608  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20440  hypothetical protein  35.77 
 
 
163 aa  75.1  0.0000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.565275  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2509  hypothetical protein  32.09 
 
 
136 aa  75.1  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31410  hypothetical protein  35.04 
 
 
140 aa  74.7  0.0000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2362  hypothetical protein  32.09 
 
 
136 aa  73.9  0.0000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6102  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  31.11 
 
 
138 aa  73.9  0.0000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3779  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  33.57 
 
 
137 aa  73.6  0.0000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377778  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5247  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase:3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  30.82 
 
 
145 aa  72.8  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.554812  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2613  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  29.1 
 
 
148 aa  72.4  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.524251 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0039  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  30.43 
 
 
143 aa  71.6  0.000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2770  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  31.62 
 
 
144 aa  71.6  0.000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00372425  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1204  PhnB protein  35.71 
 
 
145 aa  70.5  0.000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>