More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5216 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
249 aa  510  1e-144  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.01 
 
 
248 aa  327  9e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.62 
 
 
246 aa  247  2e-64  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33490  short-chain alcohol dehydrogenase  45.9 
 
 
247 aa  217  1e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.343117  normal  0.392445 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.12 
 
 
248 aa  215  5.9999999999999996e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.37 
 
 
252 aa  213  1.9999999999999998e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.49 
 
 
245 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2737  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.31 
 
 
245 aa  208  8e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.98 
 
 
248 aa  207  9e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.78 
 
 
244 aa  206  4e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2470  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.31 
 
 
244 aa  205  4e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4636  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.72 
 
 
254 aa  204  2e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.53 
 
 
317 aa  203  2e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.22 
 
 
246 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.267776 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.56 
 
 
247 aa  201  7e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.56 
 
 
252 aa  201  7e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.54 
 
 
244 aa  200  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4316  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
267 aa  201  9.999999999999999e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.691417  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.59 
 
 
244 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0125509  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
261 aa  199  3.9999999999999996e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.268545  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.49 
 
 
245 aa  198  7e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.880926  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.35 
 
 
247 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
264 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.67 
 
 
252 aa  196  3e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.12 
 
 
244 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
253 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
245 aa  195  7e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.553727  normal  0.0273902 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
240 aa  192  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  0.684579 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0635  putative short-chain dehydrogenase/reductase  43.82 
 
 
246 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.660542  normal  0.0297002 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 
259 aa  190  2e-47  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2416  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.89 
 
 
255 aa  189  2.9999999999999997e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0691518 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.04 
 
 
249 aa  189  4e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0112  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.32 
 
 
244 aa  187  2e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
246 aa  186  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0588  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.67 
 
 
247 aa  186  3e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.622721  normal  0.233653 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1627  oxidoreductase  41.94 
 
 
255 aa  186  3e-46  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.44 
 
 
244 aa  186  4e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365065 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.44 
 
 
244 aa  186  4e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05318  hypothetical protein similar to nonribosomal peptide synthetase 10 (Broad)  41.39 
 
 
1270 aa  185  5e-46  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.556036  normal  0.849429 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.28 
 
 
240 aa  185  7e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148916  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01927  putative oxidoreductase  43.32 
 
 
252 aa  185  7e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.160278  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
258 aa  184  9e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
256 aa  183  3e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
247 aa  183  3e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.93 
 
 
237 aa  182  4.0000000000000006e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.756927  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
246 aa  179  4e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.809389  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0323  clavaldehyde dehydrogenase  42.98 
 
 
245 aa  179  4e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.869868 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0085  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
250 aa  178  5.999999999999999e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 
252 aa  177  1e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.586754  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0951  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 
261 aa  176  3e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0471  short chain dehydrogenase  39.44 
 
 
258 aa  176  4e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000420  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  43.8 
 
 
239 aa  176  4e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.637186  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06330  oxidoreductase  39.08 
 
 
243 aa  176  4e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.646831  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
257 aa  175  7e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
255 aa  175  7e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
254 aa  174  9.999999999999999e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00917144  normal  0.0792915 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1696  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.04 
 
 
258 aa  173  2.9999999999999996e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.817291  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
245 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0184  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.49 
 
 
239 aa  172  3.9999999999999995e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0362  hypothetical protein  37.94 
 
 
257 aa  172  5e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4141  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.32 
 
 
243 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.67 
 
 
249 aa  170  2e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.44 
 
 
247 aa  170  2e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.248634 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1086  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  40.16 
 
 
247 aa  170  2e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.144372  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  37.55 
 
 
257 aa  169  3e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05303  oxidoreductase  42.45 
 
 
239 aa  169  3e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
247 aa  169  5e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.247071  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
247 aa  169  5e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.212596  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
231 aa  167  2e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
231 aa  167  2e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
261 aa  166  2e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.76 
 
 
246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0101774  normal  0.961149 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3922  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
250 aa  166  4e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
254 aa  165  5e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.51 
 
 
254 aa  165  5e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.495407 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
246 aa  165  5e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.836966 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
257 aa  166  5e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
254 aa  165  5.9999999999999996e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00727999  normal  0.180483 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.96 
 
 
230 aa  165  8e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
251 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0363598  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
243 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0676  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.26 
 
 
253 aa  163  3e-39  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.153885 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4937  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.43 
 
 
239 aa  160  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.396795  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
246 aa  160  2e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2952  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
253 aa  160  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
246 aa  160  2e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
256 aa  160  2e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00292404 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
243 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.853199  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
269 aa  159  5e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
261 aa  159  5e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2290  3-hydroxy acid dehydrogenase  38.21 
 
 
249 aa  158  8e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.997293 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47104  non ribosomal peptide synthase  38.74 
 
 
1367 aa  156  3e-37  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0397  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
254 aa  155  5.0000000000000005e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00949223 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1378  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.84 
 
 
248 aa  155  7e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.73447  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
248 aa  154  9e-37  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1841  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.3 
 
 
250 aa  154  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00165114  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
246 aa  154  1e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
248 aa  153  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.445367  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2351  3-hydroxy acid dehydrogenase  37.04 
 
 
249 aa  154  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.11526  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.19 
 
 
242 aa  153  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.186526  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>