More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5133 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
224 aa  451  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  66.67 
 
 
216 aa  303  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  67.13 
 
 
216 aa  302  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  67.59 
 
 
216 aa  301  4.0000000000000003e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  62.14 
 
 
239 aa  246  2e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  59.24 
 
 
226 aa  244  6e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  58.57 
 
 
251 aa  241  7.999999999999999e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  58.41 
 
 
240 aa  240  1e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  58.94 
 
 
220 aa  227  1e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_011894  Mnod_7256  transcriptional regulator, GntR family  59.22 
 
 
218 aa  210  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  55.71 
 
 
223 aa  206  3e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  55.71 
 
 
223 aa  206  3e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  49.28 
 
 
223 aa  203  1e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  50.96 
 
 
221 aa  202  3e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2908  GntR family transcriptional regulator  60.19 
 
 
217 aa  202  3e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  52.4 
 
 
221 aa  201  8e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  49.51 
 
 
218 aa  194  8.000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1381  transcriptional regulator, GntR family  55.71 
 
 
223 aa  191  9e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  52.2 
 
 
230 aa  188  7e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  49.01 
 
 
218 aa  173  9.999999999999999e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  42.65 
 
 
222 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  41.83 
 
 
242 aa  160  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  41.95 
 
 
228 aa  159  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  41.95 
 
 
230 aa  159  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  43.35 
 
 
222 aa  159  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  42.44 
 
 
231 aa  158  6e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  43.23 
 
 
243 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0520  GntR family transcriptional regulator  51.26 
 
 
225 aa  153  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.656964  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  41.26 
 
 
237 aa  149  2e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  41.21 
 
 
248 aa  149  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  42.21 
 
 
244 aa  148  7e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  39.71 
 
 
218 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  41.67 
 
 
237 aa  145  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  38.92 
 
 
214 aa  142  4e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  39.25 
 
 
227 aa  139  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  39.58 
 
 
222 aa  139  4.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
238 aa  138  7.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  42.19 
 
 
226 aa  137  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  38.27 
 
 
221 aa  137  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2445  transcriptional regulator, GntR family  43.86 
 
 
230 aa  135  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  38.92 
 
 
223 aa  129  4.0000000000000003e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  36.92 
 
 
227 aa  126  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6458  transcriptional regulator, GntR family  39.06 
 
 
216 aa  123  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.467399  normal  0.135131 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  38.42 
 
 
231 aa  123  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  38.25 
 
 
223 aa  120  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3723  GntR family transcriptional regulator  39 
 
 
216 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.504621 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  35.2 
 
 
234 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  36.22 
 
 
235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  34.36 
 
 
223 aa  116  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  35.5 
 
 
219 aa  115  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  35.64 
 
 
228 aa  115  6e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 
248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  35.98 
 
 
225 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  34.6 
 
 
226 aa  112  4.0000000000000004e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
219 aa  112  4.0000000000000004e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4473  transcriptional regulator, GntR family  39.06 
 
 
224 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.729614 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
230 aa  110  1.0000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 
222 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
233 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4801  GntR family transcriptional regulator  35.44 
 
 
254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0205444  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
229 aa  109  3e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
228 aa  109  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4792  GntR family transcriptional regulator  37.38 
 
 
240 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.815698  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  35.52 
 
 
227 aa  108  6e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  32.41 
 
 
222 aa  108  7.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
244 aa  107  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 
224 aa  107  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  38.86 
 
 
246 aa  107  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
212 aa  106  2e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 
235 aa  106  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  35.11 
 
 
241 aa  105  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  38.42 
 
 
218 aa  105  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  33.7 
 
 
229 aa  105  6e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  32.82 
 
 
231 aa  105  7e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  37.1 
 
 
241 aa  105  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  33.15 
 
 
229 aa  104  9e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  33.7 
 
 
229 aa  104  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
229 aa  104  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
241 aa  103  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 
255 aa  103  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  36.07 
 
 
224 aa  103  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  34.15 
 
 
239 aa  103  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  31.86 
 
 
226 aa  103  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  31.63 
 
 
223 aa  103  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  31.28 
 
 
212 aa  103  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 
223 aa  103  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  35.05 
 
 
231 aa  103  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 
223 aa  102  4e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  33.85 
 
 
237 aa  102  4e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2915  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
222 aa  102  5e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.18394 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  34.57 
 
 
241 aa  102  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
235 aa  102  5e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  36.22 
 
 
216 aa  102  6e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  35.68 
 
 
216 aa  101  8e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
230 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
233 aa  101  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 
222 aa  101  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  35.57 
 
 
231 aa  100  2e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1218  GntR domain-containing protein  37.3 
 
 
250 aa  100  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.415589 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1379  transcriptional regulator, GntR family  37.3 
 
 
227 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.163127  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>