113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5009 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_5009  AsmA family protein  100 
 
 		 1013 aa  1979    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0536968 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3033  hypothetical protein  34.36 
 
 		 649 aa  199  3e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0892  AsmA  33.62 
 
 		 655 aa  191  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3609  AsmA  35.38 
 
 		 640 aa  191  5.999999999999999e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1004  AsmA  33.53 
 
 		 649 aa  189  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.478001  normal  0.298922 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5162  AsmA family protein  35.03 
 
 		 602 aa  189  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.63495  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0560  putative AsmA-like protein  33.06 
 
 		 705 aa  185  4.0000000000000006e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.748944 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0552  AsmA family protein  28.96 
 
 		 677 aa  175  3.9999999999999995e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.259696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2526  AsmA  29.32 
 
 		 893 aa  140  2e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0716  AsmA family protein  28.93 
 
 		 660 aa  132  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.194292 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2006  hypothetical protein  28.68 
 
 		 660 aa  132  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0368531  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3103  AsmA family protein  33.99 
 
 		 675 aa  132  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.596916  normal  0.117573 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002984  AsmA protein  29.68 
 
 		 695 aa  132  5.0000000000000004e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2209  AsmA family protein  26.17 
 
 		 606 aa  127  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02923  hypothetical protein  29.09 
 
 		 695 aa  125  4e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1851  AsmA family protein  25.87 
 
 		 709 aa  124  7e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.997541 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2229  putative outer membrane assembly protein  29.19 
 
 		 719 aa  124  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.87964  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1985  AsmA family protein  28.75 
 
 		 611 aa  120  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0885974  normal  0.0733894 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2948  AsmA family protein  27.85 
 
 		 712 aa  117  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50394  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2566  asmA protein  25.81 
 
 		 606 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2116  AsmA family protein  27.44 
 
 		 614 aa  115  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.738267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0557  asmA protein  27.47 
 
 		 703 aa  115  5e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00432882  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2331  AsmA family protein  27.67 
 
 		 607 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00854787  hitchhiker  0.00634925 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1887  AsmA protein  25.84 
 
 		 604 aa  114  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.510755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2265  hypothetical protein  27.56 
 
 		 812 aa  113  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1993  AsmA family protein  27.76 
 
 		 607 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2483  AsmA family protein  28.91 
 
 		 742 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2056  AsmA family protein  27.46 
 
 		 607 aa  112  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.399142  hitchhiker  0.00088344 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0919  hypothetical protein  32.7 
 
 		 611 aa  111  5e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1327  hypothetical protein  33.85 
 
 		 599 aa  112  5e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.158025  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1773  AsmA family protein  28.35 
 
 		 608 aa  111  7.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000090206  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2409  AsmA family protein  27.22 
 
 		 612 aa  111  8.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.278474  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2694  AsmA family protein  26.21 
 
 		 699 aa  110  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.264  normal  0.390099 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2008  AsmA family protein  28.28 
 
 		 607 aa  106  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0960641  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2241  AsmA family protein  25.13 
 
 		 606 aa  105  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.104222  normal  0.355768 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2372  AsmA protein  24.62 
 
 		 606 aa  105  4e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00905663  normal  0.0519979 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0651  AsmA  25.34 
 
 		 646 aa  103  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.639423 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2164  AsmA family protein  28.46 
 
 		 606 aa  103  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0565997  normal  0.411123 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1852  AsmA family protein  28.53 
 
 		 797 aa  97.1  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2614  AsmA family protein  24.92 
 
 		 606 aa  97.1  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.745873  normal  0.322867 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0590  uncharacterized protein involved in outer membrane biogenesis  28.35 
 
 		 826 aa  96.3  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1016  AsmA  24.95 
 
 		 656 aa  95.1  6e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.620407  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3762  AsmA family protein  29.29 
 
 		 654 aa  94.7  9e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1953  AsmA family protein  24.55 
 
 		 682 aa  93.6  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.279291  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1019  outer membrane protein assembly protein AsmA  23.9 
 
 		 640 aa  86.7  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0159  AsmA family protein  27.73 
 
 		 794 aa  86.3  0.000000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2024  AsmA  24.78 
 
 		 614 aa  84  0.00000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000524921  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1332  AsmA family protein  26.03 
 
 		 696 aa  84.3  0.00000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.176392  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1433  AsmA  24.08 
 
 		 655 aa  83.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4636  AsmA family protein  27.84 
 
 		 648 aa  79.7  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.86579  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2678  putative assembly protein  21.28 
 
 		 615 aa  78.6  0.0000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.462778  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1457  AsmA  28.12 
 
 		 654 aa  77.8  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1009  hypothetical protein  23.84 
 
 		 656 aa  76.6  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.526606 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1140  AsmA family protein  25 
 
 		 732 aa  76.3  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.999799  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6831  putative asmA protein, assembly of outer membrane proteins  24.01 
 
 		 645 aa  77  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0946528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1245  AsmA  22.22 
 
 		 643 aa  75.5  0.000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.350704  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3951  AsmA  27.84 
 
 		 649 aa  74.7  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.552842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0521  AsmA  28.3 
 
 		 789 aa  72  0.00000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1028  hypothetical protein  28.63 
 
 		 725 aa  70.1  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.632611  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3001  putative assembly protein  21.67 
 
 		 617 aa  66.2  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.352254 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1593  AsmA family protein  21.39 
 
 		 617 aa  65.5  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00514431  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2357  putative assembly protein  21.39 
 
 		 617 aa  65.5  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1577  putative assembly protein  21.39 
 
 		 617 aa  65.5  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.190719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4258  AsmA family protein  22.65 
 
 		 741 aa  65.1  0.000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000475178 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0996  putative assembly protein  21.11 
 
 		 617 aa  64.7  0.000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01970  predicted assembly protein  21.11 
 
 		 617 aa  63.9  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01959  hypothetical protein  21.11 
 
 		 617 aa  63.9  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0874  hypothetical protein  27.59 
 
 		 1080 aa  63.2  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1168  putative assembly protein  21.11 
 
 		 617 aa  63.9  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2443  AsmA family protein  26.52 
 
 		 1146 aa  62.4  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.59764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1578  putative assembly protein  21.43 
 
 		 611 aa  62.8  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.976931  normal  0.530891 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1134  ASMA  24.73 
 
 		 508 aa  62  0.00000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.038364  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2204  putative assembly protein  21.26 
 
 		 617 aa  62  0.00000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1004  AsmA family protein  24.73 
 
 		 502 aa  62  0.00000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000644102  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3055  AsmA family protein  22.76 
 
 		 657 aa  62  0.00000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.655109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0754  AsmA family protein  23.24 
 
 		 745 aa  61.2  0.00000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3175  AsmA family protein  24.5 
 
 		 741 aa  60.8  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2863  AsmA family protein  23.32 
 
 		 711 aa  58.5  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3042  AsmA family protein  23.5 
 
 		 634 aa  58.5  0.0000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.659116  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5341  hypothetical protein  25.11 
 
 		 741 aa  56.2  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1200  AsmA  24.74 
 
 		 700 aa  56.2  0.000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4900  AsmA  23.33 
 
 		 741 aa  55.5  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0118  AsmA  23.08 
 
 		 762 aa  55.8  0.000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.413911  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1682  hypothetical protein  26.17 
 
 		 1095 aa  55.5  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.175691  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2254  hypothetical protein  24.28 
 
 		 632 aa  53.5  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.134961  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04540  hypothetical protein  21.92 
 
 		 748 aa  53.5  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5883  hypothetical protein  21.75 
 
 		 750 aa  53.5  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0705  membrane protein-like protein  31.03 
 
 		 1224 aa  52.8  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.113545  hitchhiker  0.00000969857 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0549  hypothetical protein  31.03 
 
 		 1210 aa  52.8  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0079  AsmA  23.11 
 
 		 669 aa  52.4  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178612  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2162  AsmA family protein  23.14 
 
 		 701 aa  50.8  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.152966  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1608  AsmA family protein  22.91 
 
 		 645 aa  49.7  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0438435  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2461  putative assembly protein  20.41 
 
 		 618 aa  49.7  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.45795 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0321  AsmA  23.7 
 
 		 740 aa  49.3  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.188121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4644  AsmA family protein  21.4 
 
 		 649 aa  49.3  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0752121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2354  putative assembly protein  20.41 
 
 		 618 aa  49.3  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.827623  normal  0.53573 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2247  putative assembly protein  20.41 
 
 		 618 aa  49.3  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0110  AsmA family protein  22.52 
 
 		 704 aa  48.9  0.0005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2347  putative assembly protein  20.41 
 
 		 618 aa  48.5  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1552  AsmA family protein  22.41 
 
 		 645 aa  48.1  0.0007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>