81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4996 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4996  capsule polysaccharide export protein-like protein  100 
 
 		 443 aa  895    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0773002 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2756  capsule polysaccharide export protein-like  38.75 
 
 		 400 aa  260  4e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.415519  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3997  hypothetical protein  35.95 
 
 		 492 aa  239  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.740683  normal  0.827295 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3838  capsule polysaccharide export protein  35.14 
 
 		 611 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001782  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  34.35 
 
 		 381 aa  220  3.9999999999999997e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4085  capsule polysaccharide export protein-like  35.14 
 
 		 379 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.387523  normal  0.315996 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4076  capsule polysaccharide export protein  33.33 
 
 		 491 aa  183  5.0000000000000004e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.054878 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2731  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.74 
 
 		 394 aa  179  7e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2126  capsule polysaccharide export protein-like  34.67 
 
 		 652 aa  179  9e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5038  capsule polysaccharide export protein-like  34.67 
 
 		 413 aa  177  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4871  capsule polysaccharide export protein-like protein  31.11 
 
 		 433 aa  177  5e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.34888 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3812  capsule polysaccharide export protein-like protein  32.74 
 
 		 416 aa  176  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.879511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1852  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.08 
 
 		 433 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.231076  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0295  lipopolysaccharide biosynthesis  30.66 
 
 		 382 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0778  lipopolysaccharide biosynthesis  30.66 
 
 		 382 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2583  capsule polysaccharide export protein-like protein  29.05 
 
 		 436 aa  169  6e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000174654 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1658  capsule polysaccharide export protein-like protein  29.49 
 
 		 413 aa  169  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1522  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.25 
 
 		 385 aa  167  2e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2346  lipopolysaccharide biosynthesis  29.55 
 
 		 399 aa  162  2e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4085  capsule polysaccharide export protein-like protein  30.61 
 
 		 448 aa  155  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.160773  normal  0.368018 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4453  capsule polysaccharide export protein-like protein  30.61 
 
 		 448 aa  155  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.401301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5579  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.41 
 
 		 413 aa  152  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.906457 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3904  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.27 
 
 		 368 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.122006 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0713  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  27.65 
 
 		 415 aa  150  4e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0967501  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1780  capsular polysaccharide ABC transporter  31.75 
 
 		 372 aa  150  4e-35  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4566  capsule polysaccharide export protein-like protein  30.32 
 
 		 448 aa  150  6e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0622  capsular polysaccharide ABC transporter  28.53 
 
 		 367 aa  149  8e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.22942 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5953  capsule polysaccharide export protein-like protein  28.97 
 
 		 383 aa  147  3e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0292  capsular polysaccharide export inner-membrane protein KpsE  30.25 
 
 		 371 aa  147  4.0000000000000006e-34  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1439  capsular polysaccharide ABC transporter  31.07 
 
 		 372 aa  145  1e-33  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1619  capsular polysaccharide ABC transporter  31.07 
 
 		 372 aa  145  1e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3819  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.02 
 
 		 442 aa  142  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.670333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2722  capsule polysaccharide export protein-like protein  28.99 
 
 		 432 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2184  capsule polysaccharide exporter  28.38 
 
 		 515 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3288  capsule polysaccharide exporter  28.38 
 
 		 515 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3253  capsule polysaccharide exporter  28.38 
 
 		 515 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.51682  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3300  WcbD  28.38 
 
 		 465 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0873208  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1077  capsule polysaccharide exporter  28.38 
 
 		 515 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.112896  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0522  capsule polysaccharide exporter  28.38 
 
 		 515 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.122363  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2610  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.4 
 
 		 373 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02765  hypothetical protein  26.44 
 
 		 382 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000109995  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02815  Capsule polysaccharide export inner-membrane protein kpsE  26.44 
 
 		 378 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000139035  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3220  polysialic acid capsule export inner-membrane protein KpsE  26.44 
 
 		 382 aa  141  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5053  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.42 
 
 		 436 aa  139  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.522241 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03061  putative capsule polysaccharide export system inner membrane protein  26.67 
 
 		 372 aa  139  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.244553  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0816  capsule polysaccharide export protein-like protein  26.85 
 
 		 414 aa  138  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.671336  normal  0.554502 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0435  capsule polysaccharide export protein-like protein  28.53 
 
 		 413 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00121431 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0775  capsule polysaccharide export protein-like protein  26.85 
 
 		 414 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.069247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1337  WcbD  29.73 
 
 		 388 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2721  capsule polysaccharide export protein-like protein  28.68 
 
 		 411 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6013  capsule polysaccharide export protein-like protein  26.13 
 
 		 421 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2049  capsule polysaccharide export protein-like protein  25.83 
 
 		 413 aa  133  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2574  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.16 
 
 		 371 aa  131  3e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2961  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  30.16 
 
 		 371 aa  131  3e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4014  capsule polysaccharide export-like protein  25.85 
 
 		 387 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0737  capsule polysaccharide export protein-like protein  27.12 
 
 		 414 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.815618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1507  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.8 
 
 		 369 aa  127  4.0000000000000003e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0746  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  28.65 
 
 		 365 aa  127  5e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2087  capsule polysaccharide export protein-like protein  26.53 
 
 		 414 aa  125  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.18684 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1150  WcbD  29.02 
 
 		 388 aa  124  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0184519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1304  chain length determinant protein  27.95 
 
 		 360 aa  122  9e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0711  Capsule polysaccharide export protein  25.41 
 
 		 415 aa  121  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3238  lipopolysaccharide biosynthesis  27.94 
 
 		 483 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3869  capsule polysaccharide export protein-like  26.65 
 
 		 380 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0747  WcbD  27.22 
 
 		 390 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0722  putative capsule polysaccharide export ABC transporter transmembrane protein  30.33 
 
 		 385 aa  117  3e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2082  capsule polysaccharide export-like protein  27.62 
 
 		 407 aa  111  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3817  capsule polysaccharide export protein-like protein  24.24 
 
 		 430 aa  102  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.141093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0662  putative capsule polysaccharide export inner-membrane protein CtrB  23.31 
 
 		 391 aa  96.7  8e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0904257  normal  0.0442626 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4939  lipopolysaccharide biosynthesis  26.29 
 
 		 387 aa  89.7  9e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0584  capsule polysaccharide export  24.27 
 
 		 569 aa  88.2  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2037  polysaccharide ABC transporter  23.53 
 
 		 402 aa  84  0.000000000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.126428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1234  capsule polysaccharide export protein-like  22.64 
 
 		 579 aa  81.6  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0195673  normal  0.85548 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5730  putative capsule polysaccharide export inner-membrane protein  23.71 
 
 		 368 aa  80.1  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0654  capsule polysaccharide export protein-like  23.14 
 
 		 585 aa  69.7  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1511  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.19 
 
 		 422 aa  63.5  0.000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0889  lipopolysaccharide biosynthesis  22.16 
 
 		 428 aa  63.5  0.000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.6181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3657  capsule polysaccharide export protein-like  21.67 
 
 		 590 aa  62.8  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.219479  normal  0.476279 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0632  polysaccharide ABC transporter  22.56 
 
 		 403 aa  59.7  0.0000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0379195  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1855  capsule polysaccharide export protein, putative  20.22 
 
 		 406 aa  51.2  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0722635  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2183  lipopolysaccharide biosynthesis  27.54 
 
 		 409 aa  49.3  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.716445  hitchhiker  0.000227002 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>