More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4887 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3207  hypothetical protein  74.93 
 
 
678 aa  1072    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.519422 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4753  N-methylproline demethylase, putative  76.11 
 
 
678 aa  1112    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0821533  hitchhiker  0.00302148 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4913  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  89.82 
 
 
678 aa  1291    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0309437  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3416  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  74.34 
 
 
678 aa  1057    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.623509  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3681  putative NADH-dependent oxidase  73.7 
 
 
688 aa  901    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0197334  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4887  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  100 
 
 
702 aa  1446    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1528  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  70.93 
 
 
681 aa  1010    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.124714 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4825  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  89.82 
 
 
678 aa  1292    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3137  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  70.93 
 
 
681 aa  1010    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.226158  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2849  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  50.96 
 
 
677 aa  692    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1197  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  74.63 
 
 
678 aa  1081    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.415933  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4001  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  46.53 
 
 
680 aa  624  1e-177  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.504416  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3746  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  46.38 
 
 
680 aa  617  1e-175  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0759587 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4041  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  45.94 
 
 
680 aa  615  1e-175  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.117135  normal  0.22934 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2478  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  47.27 
 
 
680 aa  614  9.999999999999999e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.155193  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3398  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  47.35 
 
 
680 aa  614  9.999999999999999e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.242456  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8007  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  44.91 
 
 
686 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.632121  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4053  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  45.15 
 
 
686 aa  573  1.0000000000000001e-162  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.697936  normal  0.250836 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1000  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  46.6 
 
 
678 aa  567  1e-160  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0319472  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5066  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  44.79 
 
 
687 aa  559  1e-158  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.671736  normal  0.0284931 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5223  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  43.36 
 
 
686 aa  559  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.493589  normal  0.033231 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1582  NADH-flavin oxidoreductase / NADH oxidase family protein  45.08 
 
 
687 aa  559  1e-158  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0276819  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5525  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  44.04 
 
 
686 aa  561  1e-158  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0215393  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0495  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  43.21 
 
 
686 aa  556  1e-157  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1865  oxidoreductase, FAD/FMN-binding  44.49 
 
 
687 aa  556  1e-157  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.715282  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71260  putative FMN oxidoreductase  44.09 
 
 
686 aa  556  1e-157  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1976  oxidoreductase, FAD/FMN-binding  44.35 
 
 
687 aa  553  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0707  oxidoreductase, FAD/FMN-binding  44.35 
 
 
687 aa  553  1e-156  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0831  oxidoreductase, FAD/FMN-binding  44.35 
 
 
687 aa  553  1e-156  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4017  oxidoreductase, FAD/FMN-binding  44.49 
 
 
686 aa  553  1e-156  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.662358  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0474  oxidoreductase, FAD/FMN-binding  44.35 
 
 
687 aa  553  1e-156  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.368918  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1003  oxidoreductase, FAD/FMN-binding  44.35 
 
 
687 aa  553  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2110  oxidoreductase, FAD/FMN-binding  44.35 
 
 
687 aa  553  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.889569  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0743  oxidoreductase, FAD/FMN-binding  44.35 
 
 
687 aa  553  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.309731  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4819  NADH:-lavin oxidoreductase/NADH oxidase  43.47 
 
 
687 aa  549  1e-155  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6185  putative FMN oxidoreductase  43.8 
 
 
686 aa  550  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.114781  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3300  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  43.76 
 
 
687 aa  549  1e-155  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789807  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0058  stachydrine utilization oxidoreductase protein  44.49 
 
 
687 aa  547  1e-154  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.102605 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0396  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase family protein  43.8 
 
 
686 aa  548  1e-154  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4782  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  43.21 
 
 
686 aa  543  1e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.204736 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4897  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  42.92 
 
 
686 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.616438  normal  0.772066 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0333  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  42.92 
 
 
686 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0310  oxidoreductase, FMN-binding  42.77 
 
 
686 aa  537  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.019532  hitchhiker  0.00413942 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0331  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  42.77 
 
 
686 aa  537  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0907336  normal  0.733781 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0990  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  44.44 
 
 
694 aa  537  1e-151  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4951  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  44.74 
 
 
684 aa  535  1e-150  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2724  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  43.86 
 
 
688 aa  529  1e-149  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.388153  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3549  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  44.2 
 
 
687 aa  526  1e-148  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5465  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  45.85 
 
 
690 aa  527  1e-148  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.663425  normal  0.914634 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5203  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  44.2 
 
 
687 aa  525  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0574  NADH-flavin oxidoreductase/NADH oxidase  44.2 
 
 
687 aa  523  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5019  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  44.2 
 
 
687 aa  523  1e-147  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.467216  normal  0.406194 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3286  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  44.2 
 
 
687 aa  525  1e-147  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4494  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  44.2 
 
 
687 aa  524  1e-147  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.231835  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5082  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  44.2 
 
 
687 aa  525  1e-147  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.582774  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4278  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  32.21 
 
 
661 aa  334  3e-90  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3631  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  33.58 
 
 
650 aa  331  3e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.453694  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3558  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  32.85 
 
 
653 aa  325  2e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.102726  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1844  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  36.03 
 
 
671 aa  299  1e-79  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.71592  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5721  putative oxidoreductase  31.42 
 
 
648 aa  289  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1044  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  33.14 
 
 
665 aa  288  2.9999999999999996e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0849595 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65940  putative oxidoreductase  31.12 
 
 
648 aa  286  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1983  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  30.76 
 
 
667 aa  276  1.0000000000000001e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2254  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  32.35 
 
 
664 aa  273  7e-72  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.274029  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4279  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  32.89 
 
 
647 aa  272  1e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5997  putative NADH-dependent flavin oxidoreductase  32.27 
 
 
667 aa  271  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00579337 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3861  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  31.78 
 
 
651 aa  270  7e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1488  NADH:flavin oxidoreductase  32.49 
 
 
656 aa  268  2e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0127844  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0146  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  30.4 
 
 
654 aa  263  6e-69  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3858  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  30.17 
 
 
646 aa  263  6e-69  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0569722  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2869  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  30.13 
 
 
650 aa  262  2e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2820  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  29.99 
 
 
650 aa  260  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0968  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  31.28 
 
 
644 aa  259  1e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.132179  normal  0.162387 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3973  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  31.99 
 
 
671 aa  257  6e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1303  NADH:flavin oxidoreductase  30.89 
 
 
671 aa  253  7e-66  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.292118  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2912  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  29.84 
 
 
650 aa  253  7e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1019  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  29.86 
 
 
667 aa  244  3.9999999999999997e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0385776 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2421  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  33.09 
 
 
668 aa  241  2e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4819  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  32.35 
 
 
661 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4536  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  34.43 
 
 
682 aa  240  5.999999999999999e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.519189  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3717  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  31.54 
 
 
674 aa  240  6.999999999999999e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2991  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  28.16 
 
 
645 aa  237  4e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2146  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  32.75 
 
 
706 aa  237  5.0000000000000005e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.566036  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2193  NADH oxidase  31.39 
 
 
637 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3616  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  33.27 
 
 
711 aa  231  4e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.667421  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1455  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  34.24 
 
 
635 aa  228  2e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.691445  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2429  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  26.9 
 
 
646 aa  226  1e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1595  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  33.46 
 
 
667 aa  222  1.9999999999999999e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4685  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  29.91 
 
 
587 aa  221  3.9999999999999997e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1479  NADH:flavin oxidoreductase  27.3 
 
 
650 aa  221  5e-56  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0501  2,4-dienoyl-coa reductase  30.51 
 
 
673 aa  220  8.999999999999998e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1093  2,4-dienoyl-CoA reductase  30.51 
 
 
673 aa  219  1e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0563  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  30.51 
 
 
673 aa  219  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4309  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  32.77 
 
 
673 aa  219  1e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.467576  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0181  2,4-dienoyl-CoA reductase  27.14 
 
 
711 aa  218  2.9999999999999998e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.126042 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6110  2,4-dienoyl-CoA reductase  30.89 
 
 
676 aa  218  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7137  NADH-flavin oxidoreductase/NADH oxidase  32.51 
 
 
654 aa  218  4e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.832205  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4931  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  30.61 
 
 
641 aa  218  4e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.156402  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4395  2,4-dienoyl-CoA reductase  29.63 
 
 
672 aa  217  5e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1344  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  30.58 
 
 
676 aa  217  7e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>