More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4745 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  100 
 
 		 249 aa  503  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  45.85 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 255 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  45.18 
 
 		 246 aa  171  7.999999999999999e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  46.09 
 
 		 236 aa  168  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  45.5 
 
 		 242 aa  167  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  45.65 
 
 		 236 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  44.49 
 
 		 242 aa  164  9e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  43.75 
 
 		 284 aa  163  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  43.59 
 
 		 250 aa  160  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  43.61 
 
 		 234 aa  159  5e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  43.61 
 
 		 251 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  42.67 
 
 		 255 aa  152  2.9999999999999998e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  38.5 
 
 		 246 aa  152  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 270 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  38.57 
 
 		 248 aa  152  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  39.66 
 
 		 249 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 274 aa  148  7e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  40.95 
 
 		 273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  40.09 
 
 		 249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  38.52 
 
 		 253 aa  146  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  38.96 
 
 		 249 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  42.79 
 
 		 262 aa  142  5e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  38.96 
 
 		 249 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  38.96 
 
 		 249 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 254 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  38.63 
 
 		 244 aa  141  9e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  42.48 
 
 		 272 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  37.55 
 
 		 237 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  42.48 
 
 		 268 aa  140  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  40.17 
 
 		 252 aa  140  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  37.55 
 
 		 237 aa  139  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  40.43 
 
 		 249 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  40.43 
 
 		 249 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  40.43 
 
 		 249 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 253 aa  139  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  40.08 
 
 		 240 aa  139  6e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 247 aa  138  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  39.73 
 
 		 232 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  39.13 
 
 		 253 aa  135  9e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  37.61 
 
 		 251 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  38.64 
 
 		 234 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  39.66 
 
 		 253 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  36.24 
 
 		 247 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  39.66 
 
 		 253 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  37.17 
 
 		 251 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 234 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 268 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 272 aa  129  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 247 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  38.64 
 
 		 238 aa  129  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  37.07 
 
 		 273 aa  129  4.0000000000000003e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 240 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 247 aa  127  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  36.09 
 
 		 248 aa  126  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 245 aa  125  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1116  GntR domain-containing protein  40.25 
 
 		 244 aa  123  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  38.16 
 
 		 234 aa  121  9.999999999999999e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3584  GntR-like  34.03 
 
 		 275 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 259 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000856086  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3401  GntR domain-containing protein  38.63 
 
 		 233 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.334761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  39.91 
 
 		 233 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  39.45 
 
 		 233 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1636  GntR domain-containing protein  34.06 
 
 		 266 aa  119  4.9999999999999996e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000195276  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5903  GntR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 288 aa  119  6e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210517  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5113  GntR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 274 aa  118  7.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  35.37 
 
 		 235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0447  GntR-like  40.49 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3501  GntR domain-containing protein  36.82 
 
 		 234 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.378835 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  36.32 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3664  GntR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 249 aa  116  3e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.514259  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3719  GntR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 237 aa  115  6e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.589527 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  36.16 
 
 		 236 aa  113  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  32.61 
 
 		 240 aa  113  3e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 230 aa  113  3e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4422  GntR domain-containing protein  37.27 
 
 		 234 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99346  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26860  GntR family regulatory protein  33.77 
 
 		 241 aa  112  7.000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  36.41 
 
 		 253 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 246 aa  111  9e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 246 aa  111  9e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  36.41 
 
 		 238 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  36.28 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3539  regulatory protein GntR, HTH  36.44 
 
 		 260 aa  109  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  35.53 
 
 		 243 aa  110  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5125  GntR domain-containing protein  36.36 
 
 		 234 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  33.77 
 
 		 229 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  31.36 
 
 		 241 aa  107  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  32.46 
 
 		 229 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0479  GntR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 234 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.558677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0978  GntR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 234 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5742  GntR domain protein  33.33 
 
 		 233 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.343946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  36.21 
 
 		 243 aa  107  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1886  GntR domain-containing protein  36.16 
 
 		 242 aa  106  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2484  GntR domain-containing protein  35.78 
 
 		 238 aa  106  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120596  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  34.58 
 
 		 240 aa  105  7e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0035  GntR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 233 aa  104  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.840145  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  33.89 
 
 		 240 aa  104  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  33.05 
 
 		 239 aa  104  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>