77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4742 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4742  cupin 2 domain-containing protein  100 
 
 		 111 aa  227  4e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000930389 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6741  Cupin 2 conserved barrel domain protein  55.45 
 
 		 112 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.302286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5828  Cupin 2 conserved barrel domain protein  54.55 
 
 		 112 aa  131  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2840  Cupin 2 conserved barrel domain protein  47.66 
 
 		 118 aa  109  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.862394  normal  0.202643 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2699  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.28 
 
 		 113 aa  106  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.145082  normal  0.135976 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0780  cupin 2 domain-containing protein  42.45 
 
 		 106 aa  105  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2189  cupin 2 domain-containing protein  45.87 
 
 		 116 aa  103  7e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.525757  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3893  pectin degradation protein  50 
 
 		 113 aa  102  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1168  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.37 
 
 		 121 aa  99.8  1e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3670  cupin 2 domain-containing protein  50 
 
 		 107 aa  99  2e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000183912  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000921  putative pectin degradation protein  41.51 
 
 		 109 aa  98.6  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3287  cupin 2 domain-containing protein  42.06 
 
 		 107 aa  97.1  7e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.927122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7186  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.89 
 
 		 109 aa  96.7  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1026  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.09 
 
 		 120 aa  95.1  3e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.208422  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11503  putative pectin degradation protein  39.45 
 
 		 130 aa  94  6e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.380023  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1805  cupin 2 domain-containing protein  45.87 
 
 		 110 aa  93.2  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.241802  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1696  cupin domain-containing protein  45.87 
 
 		 110 aa  93.2  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1973  Cupin 2 conserved barrel domain protein  46.08 
 
 		 110 aa  92.8  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.246266  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2204  Cupin 2 conserved barrel domain protein  47.06 
 
 		 110 aa  91.7  3e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.072688  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2641  pectin degradation protein  45.37 
 
 		 116 aa  91.7  3e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.229328 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1911  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.1 
 
 		 110 aa  91.3  4e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0258222  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2030  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.45 
 
 		 110 aa  90.5  7e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2408  cupin 2 domain-containing protein  48.35 
 
 		 100 aa  90.1  9e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.231406 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0483  hypothetical protein  47.25 
 
 		 100 aa  89.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.654168  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2135  cupin 2 domain-containing protein  47.25 
 
 		 100 aa  90.1  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.769565  normal  0.829686 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0257  cupin 2 domain-containing protein  44.76 
 
 		 130 aa  89  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.12 
 
 		 114 aa  85.9  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.219448 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3105  cupin 2 domain-containing protein  42.45 
 
 		 115 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0274  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  37.37 
 
 		 111 aa  79  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1659  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.48 
 
 		 108 aa  75.9  0.0000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0483  cupin 2 domain-containing protein  40 
 
 		 111 aa  75.5  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3323  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.02 
 
 		 107 aa  72.8  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00344723  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0923  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.08 
 
 		 107 aa  70.1  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8499800000000002e-33 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0731  cupin 2 domain-containing protein  30.19 
 
 		 112 aa  68.9  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00910188  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2041  cupin 2 domain-containing protein  33.02 
 
 		 110 aa  67  0.00000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.267736 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2268  cupin 2 domain-containing protein  30.1 
 
 		 111 aa  64.7  0.0000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2538  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36 
 
 		 107 aa  62.4  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0103935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3553  cupin 2 domain-containing protein  31.96 
 
 		 111 aa  62  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0960  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.3 
 
 		 113 aa  59.3  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2731  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.35 
 
 		 113 aa  58.5  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.497805  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0833  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.71 
 
 		 117 aa  56.6  0.0000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64172  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4192  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.94 
 
 		 110 aa  55.8  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.121238  hitchhiker  0.00969198 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2403  Cupin 2 conserved barrel domain protein  25.29 
 
 		 115 aa  55.5  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1005  cupin 2 domain-containing protein  30.68 
 
 		 114 aa  53.1  0.000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3290  cupin 2 domain-containing protein  29.35 
 
 		 126 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2655  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  36.59 
 
 		 114 aa  51.6  0.000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.104374  hitchhiker  0.00638268 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0865  cupin 2 domain-containing protein  28.87 
 
 		 109 aa  51.2  0.000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0571  pectin degradation protein kdgF  32.22 
 
 		 138 aa  50.8  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3039  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.14 
 
 		 112 aa  50.8  0.000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.124018 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0889  hypothetical protein  30.4 
 
 		 169 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1396  cupin 2 domain-containing protein  29.9 
 
 		 102 aa  50.1  0.00001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0542  cupin 2, barrel  31.18 
 
 		 122 aa  48.9  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2453  cupin domain-containing protein  31.11 
 
 		 137 aa  47.8  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2589  pectin degradation protein KdgF  31.11 
 
 		 137 aa  47.8  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.933509  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1504  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29 
 
 		 111 aa  45.8  0.0002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.220487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1863  cupin 2 domain-containing protein  31.25 
 
 		 100 aa  45.4  0.0002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.524548 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1623  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.42 
 
 		 112 aa  44.7  0.0004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2205  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.88 
 
 		 141 aa  43.9  0.0007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4530  cupin 2 domain-containing protein  28.42 
 
 		 140 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.812738  normal  0.896938 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1605  cupin 2, barrel  47.62 
 
 		 127 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.843392  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2654  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40 
 
 		 128 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.810725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0540  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.17 
 
 		 113 aa  42.4  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1779  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40 
 
 		 131 aa  41.6  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2444  hypothetical protein  38.1 
 
 		 141 aa  41.2  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.406383  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1603  cupin 2 domain-containing protein  28.99 
 
 		 87 aa  41.6  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.664487  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1041  cupin 2 domain-containing protein  39.62 
 
 		 311 aa  41.6  0.004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.421449  normal  0.0580221 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  38.6 
 
 		 182 aa  41.6  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5386  hypothetical protein  44.44 
 
 		 127 aa  41.2  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.272839  normal  0.670212 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 182 aa  40.8  0.006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 182 aa  40.8  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  38.6 
 
 		 182 aa  40.8  0.006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  38.6 
 
 		 182 aa  40.8  0.006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0535  cupin 2 domain-containing protein  31.17 
 
 		 147 aa  40.4  0.007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.293275  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2037  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.63 
 
 		 112 aa  40.4  0.008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0486792  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 208 aa  40  0.01  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 208 aa  40  0.01  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 208 aa  40  0.01  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>