More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4642 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
294 aa  589  1e-167  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.288658  normal  0.0756683 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.71 
 
 
294 aa  511  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.69 
 
 
294 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6238  ABC transporter membrane spanning protein (maltose)  81.63 
 
 
294 aa  493  9.999999999999999e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.602267  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00790  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
262 aa  193  4e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.772214  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0943  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.48 
 
 
312 aa  182  5.0000000000000004e-45  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.301949 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.66 
 
 
324 aa  180  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.62 
 
 
314 aa  173  3.9999999999999995e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.906597  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.74 
 
 
307 aa  169  5e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.701562  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.94 
 
 
310 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.369054 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
309 aa  169  6e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.800905  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0474  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
291 aa  168  8e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.94 
 
 
310 aa  168  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.568061 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.64 
 
 
317 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.5641  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2098  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36 
 
 
317 aa  165  9e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.529199  hitchhiker  0.000478367 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1885  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  36.93 
 
 
317 aa  165  9e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.44963 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.98 
 
 
337 aa  165  9e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00168888 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.82 
 
 
296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0419  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  33.09 
 
 
296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3555  putative ABC transporter permease protein  36.36 
 
 
317 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.34254  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.68 
 
 
295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.982578  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0749  sugar ABC transporter, permease protein, putative  33.81 
 
 
289 aa  163  3e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.444567  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.27 
 
 
314 aa  163  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.82 
 
 
309 aa  163  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.801646 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.84 
 
 
315 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.64 
 
 
318 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.415839 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.75 
 
 
318 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.400754  normal  0.350094 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0699  putative sugar ABC transporter, permease protein  33.45 
 
 
289 aa  162  8.000000000000001e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.383075  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.94 
 
 
330 aa  160  2e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0584633  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2525  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.87 
 
 
330 aa  160  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4329  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.99 
 
 
309 aa  160  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0434884 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1896  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.73 
 
 
296 aa  159  5e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0543799999999999e-20 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.69 
 
 
320 aa  158  8e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.227719  normal  0.433481 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.11 
 
 
304 aa  158  8e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.44429  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.33 
 
 
328 aa  158  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2309  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.19 
 
 
427 aa  157  1e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000129291  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0349  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.59 
 
 
305 aa  156  4e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.09 
 
 
320 aa  156  4e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0761  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.45 
 
 
320 aa  155  8e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0629996  normal  0.824676 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.73 
 
 
293 aa  155  8e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0994152  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0955  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.73 
 
 
293 aa  155  8e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3122  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
294 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39 
 
 
294 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.181077 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0821  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.11 
 
 
314 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3896  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.71 
 
 
289 aa  154  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0438989  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0501  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.3 
 
 
365 aa  154  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4556  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.19 
 
 
293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.357658  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.44 
 
 
435 aa  152  5e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2109  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.24 
 
 
312 aa  152  5e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.376983 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.42 
 
 
300 aa  152  8e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000378352  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0305  sugar ABC transporter, permease protein  31.36 
 
 
325 aa  150  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0474821  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
337 aa  150  3e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.606963  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0280  sugar ABC transporter, permease protein  31.36 
 
 
325 aa  150  3e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.6 
 
 
293 aa  149  4e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.215175  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.74 
 
 
328 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.511246  normal  0.17987 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4266  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.56 
 
 
569 aa  149  7e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4288  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.56 
 
 
569 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3328  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.62 
 
 
304 aa  147  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0888  sugar ABC transporter, permease protein  33.78 
 
 
320 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.392731  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1681  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.29 
 
 
316 aa  146  4.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.130846  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.04 
 
 
315 aa  146  4.0000000000000006e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0566045  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02940  carbohydrate ABC transporter membrane protein  34.13 
 
 
318 aa  145  6e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4750  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
299 aa  145  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62916  normal  0.701692 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1844  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.77 
 
 
291 aa  145  8.000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.476032  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33 
 
 
299 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.456499 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.21 
 
 
300 aa  145  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4516  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.43 
 
 
290 aa  144  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0463372  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4441  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.31 
 
 
320 aa  144  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0272526  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2702  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.57 
 
 
303 aa  144  1e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000107193  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4135  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  32.53 
 
 
569 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20460  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.9 
 
 
321 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000522199  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3450  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.21 
 
 
307 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.06 
 
 
319 aa  143  3e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.54 
 
 
309 aa  143  3e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.34 
 
 
325 aa  143  3e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.295531  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6903  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.88 
 
 
324 aa  143  4e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0156181  normal  0.0141251 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0398  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.91 
 
 
312 aa  143  4e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2527  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.32 
 
 
309 aa  142  5e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.849073  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.39 
 
 
319 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.243677  normal  0.263269 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.93 
 
 
303 aa  142  9.999999999999999e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.236219 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1501  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.18 
 
 
304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.707606 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0404  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  34.49 
 
 
294 aa  140  3e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16180  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.46 
 
 
436 aa  140  3e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0238407  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01820  permease component of ABC-type sugar transporter  33.21 
 
 
312 aa  139  3.9999999999999997e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0949  permease protein of sugar ABC transporter  32.08 
 
 
292 aa  139  6e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688345  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.62 
 
 
306 aa  138  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.306567  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.69 
 
 
299 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3673  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  33.21 
 
 
308 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.246744  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.21 
 
 
308 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.166359  normal  0.855546 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0117  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.61 
 
 
300 aa  137  2e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0187  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.68 
 
 
307 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.61 
 
 
300 aa  137  2e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11610  carbohydrate ABC transporter membrane protein  34.77 
 
 
295 aa  136  3.0000000000000003e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.798667 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.21 
 
 
286 aa  136  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.262739  normal  0.333569 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.81 
 
 
319 aa  136  4e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.198584  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.35 
 
 
332 aa  136  4e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3466  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.69 
 
 
342 aa  136  5e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2291  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.08 
 
 
311 aa  136  5e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.276592  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.29 
 
 
289 aa  136  5e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.26 
 
 
324 aa  135  9e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>