More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4601 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
154 aa  309  7.999999999999999e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  72 
 
 
155 aa  227  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  71.33 
 
 
155 aa  226  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  66.89 
 
 
154 aa  209  7.999999999999999e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3942  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  49.32 
 
 
154 aa  150  5.9999999999999996e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.644852  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  48.98 
 
 
147 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  46.26 
 
 
148 aa  140  6e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  46.94 
 
 
151 aa  140  6e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  47.92 
 
 
149 aa  135  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2896  cyclic nucleotide-binding  46.53 
 
 
194 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3122  cyclic nucleotide-binding protein  46.53 
 
 
149 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1892  cyclic nucleotide-binding protein  40.82 
 
 
147 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.326195  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1291  cyclic nucleotide-binding protein  35.95 
 
 
164 aa  97.8  4e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.234039  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3249  cyclic nucleotide-binding protein  31.25 
 
 
171 aa  98.2  4e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2005  cyclic nucleotide-binding protein  27.52 
 
 
153 aa  82.4  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1928  cyclic nucleotide-binding protein  27.52 
 
 
153 aa  82.8  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4030  cyclic nucleotide-binding protein  28.97 
 
 
173 aa  82.8  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.900362 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0964  cyclic nucleotide-binding protein  27.33 
 
 
152 aa  82  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4167  cyclic nucleotide-binding protein  30.88 
 
 
570 aa  80.5  0.000000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3166  cyclic nucleotide-binding protein  34.04 
 
 
482 aa  77.4  0.00000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00363184  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.08 
 
 
219 aa  75.1  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  28.26 
 
 
563 aa  74.7  0.0000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2894  cyclic nucleotide-binding protein  32.62 
 
 
482 aa  73.6  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00660929  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0279  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.53 
 
 
149 aa  72.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.294504 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3425  cyclic nucleotide-binding protein  29.1 
 
 
151 aa  72.4  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4388  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.05 
 
 
225 aa  71.6  0.000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.43 
 
 
242 aa  71.2  0.000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4089  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.37 
 
 
151 aa  70.5  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.998394  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3764  cyclic nucleotide-binding protein  30.07 
 
 
151 aa  70.5  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0086  cyclic nucleotide-binding protein  28.86 
 
 
160 aa  70.1  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.929528  normal  0.0740226 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1108  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.24 
 
 
1075 aa  69.7  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000733786  normal  0.267995 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.68 
 
 
225 aa  69.7  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  30.71 
 
 
225 aa  69.3  0.00000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  28.57 
 
 
243 aa  69.3  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3546  cyclic nucleotide-binding  33.63 
 
 
124 aa  68.6  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.194157 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.79 
 
 
225 aa  68.6  0.00000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.43 
 
 
225 aa  67.8  0.00000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 
225 aa  67.8  0.00000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1954  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.29 
 
 
141 aa  67.4  0.00000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.11 
 
 
228 aa  67.8  0.00000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 
225 aa  67.8  0.00000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.94 
 
 
225 aa  67.8  0.00000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62260  hypothetical protein  33.63 
 
 
265 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000560596  normal  0.205453 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0841  cyclic nucleotide-binding protein  27.82 
 
 
160 aa  66.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.108052 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0998  cyclic nucleotide-binding protein  32.43 
 
 
265 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000000222196  unclonable  1.0277600000000001e-18 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.08 
 
 
231 aa  67  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5420  hypothetical protein  33.33 
 
 
265 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00117771  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3692  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.69 
 
 
146 aa  66.2  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2946  cyclic nucleotide-binding protein  32.17 
 
 
369 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360561  normal  0.390891 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3055  cyclic nucleotide-binding protein  28.23 
 
 
151 aa  65.5  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517471  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1772  cyclic nucleotide-binding protein  27.81 
 
 
161 aa  65.5  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0691544 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0452  cAMP-binding protein  35.43 
 
 
160 aa  65.5  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000045265  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4229  hypothetical protein  28.06 
 
 
151 aa  65.1  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000114025  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.52 
 
 
227 aa  65.1  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.08 
 
 
226 aa  64.7  0.0000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1598  hypothetical protein  29.75 
 
 
407 aa  64.7  0.0000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.303519  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.71 
 
 
224 aa  64.3  0.0000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.97 
 
 
224 aa  63.9  0.0000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.37 
 
 
234 aa  63.9  0.0000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
228 aa  63.9  0.0000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.19 
 
 
225 aa  63.9  0.0000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
226 aa  63.9  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0093  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.92 
 
 
149 aa  63.9  0.0000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.132878  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3539  cyclic nucleotide-binding protein  29.46 
 
 
857 aa  63.2  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0290793  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0617  cyclic nucleotide-binding protein  34.95 
 
 
577 aa  62.8  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340501  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.51 
 
 
224 aa  63.5  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4027  cyclic nucleotide-binding protein  36.76 
 
 
413 aa  63.2  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5025  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.53 
 
 
1056 aa  62.4  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00524189  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.51 
 
 
224 aa  62.8  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  29.71 
 
 
224 aa  62.4  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.37 
 
 
226 aa  62.8  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2527  cyclic nucleotide-binding protein  32.5 
 
 
143 aa  62.8  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.122265 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2490  cyclic nucleotide-binding protein  32.5 
 
 
143 aa  62.8  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.529165  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2535  cyclic nucleotide-binding protein  32.5 
 
 
143 aa  62.8  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.187626  normal  0.577012 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  30.5 
 
 
225 aa  62  0.000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.85 
 
 
222 aa  62  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.85 
 
 
224 aa  61.2  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2685  cAMP-binding protein  27.74 
 
 
272 aa  61.2  0.000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.99 
 
 
226 aa  61.2  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
224 aa  61.2  0.000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0331  cyclic nucleotide-binding protein  29.51 
 
 
150 aa  61.2  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0211845 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
224 aa  60.8  0.000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
224 aa  60.8  0.000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  29.66 
 
 
224 aa  60.5  0.000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2796  cyclic nucleotide-binding protein  27.56 
 
 
453 aa  60.5  0.000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.180681  normal  0.733886 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  25.35 
 
 
322 aa  60.5  0.000000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4796  cyclic nucleotide-binding (cNMP-bd) protein  33.33 
 
 
263 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000370555  unclonable  0.0000216721 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.63 
 
 
225 aa  60.5  0.000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3910  cyclic nucleotide-binding protein  30.37 
 
 
167 aa  59.7  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.34683  normal  0.175845 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.68 
 
 
252 aa  59.7  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  27.21 
 
 
222 aa  60.1  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.66 
 
 
228 aa  60.1  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0723  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.12 
 
 
173 aa  59.7  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0772  cyclic nucleotide-binding protein  29.03 
 
 
164 aa  60.1  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0098  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.11 
 
 
234 aa  60.1  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.2435  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  29.17 
 
 
224 aa  58.9  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13268  transmembrane transport protein  30.99 
 
 
1048 aa  58.9  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.321047 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1664  cyclic nucleotide-binding protein  25.83 
 
 
159 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.617914 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.5 
 
 
224 aa  59.3  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13760  hypothetical protein  36.63 
 
 
1065 aa  59.7  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.217439 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>