More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4525 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009632  SaurJH1_2472  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  47.53 
 
 
801 aa  738    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.971864  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2107  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  53.08 
 
 
823 aa  833    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.160475  normal  0.614083 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1990  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  45.98 
 
 
801 aa  720    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0592  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  58.3 
 
 
820 aa  981    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2152  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  46.04 
 
 
801 aa  719    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.57135  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1997  nitrite reductase  47.69 
 
 
801 aa  719    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00110354  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1970  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  47.94 
 
 
801 aa  724    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.473081  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1949  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  47.56 
 
 
801 aa  719    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0412209  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3130  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  56.31 
 
 
814 aa  907    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2678  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  53.67 
 
 
821 aa  860    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1452  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  90.79 
 
 
816 aa  1543    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.116537  normal  0.910407 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0816  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  54.4 
 
 
814 aa  883    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.359061  normal  0.0137371 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2839  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  53.23 
 
 
821 aa  841    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.184658 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2956  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  62.42 
 
 
818 aa  1045    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.724416 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1114  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  56.05 
 
 
812 aa  921    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2309  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  55.69 
 
 
818 aa  895    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0719  BFD-like (2Fe-2S)-binding region  75.21 
 
 
820 aa  1231    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.825422  normal  0.529222 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0741  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  56.44 
 
 
814 aa  909    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2593  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  51.67 
 
 
825 aa  820    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.559777  normal  0.140435 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1781  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  53.29 
 
 
823 aa  856    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2096  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  53.8 
 
 
818 aa  882    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.115121 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0573  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  56.31 
 
 
814 aa  908    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1080  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  75.12 
 
 
814 aa  1270    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.406718  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2146  nitrite reductase [NAD(P)H] large subunit  47.69 
 
 
801 aa  719    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.243171  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1407  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  53.14 
 
 
815 aa  855    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1142  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  52.2 
 
 
825 aa  832    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.861226  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0464  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  56.19 
 
 
814 aa  904    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4525  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  100 
 
 
820 aa  1682    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.927735  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2968  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  61.41 
 
 
831 aa  1008    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.205655  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3043  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  60.98 
 
 
811 aa  1001    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.301958  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2317  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  53.56 
 
 
819 aa  855    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.551763  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2557  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  54.61 
 
 
823 aa  874    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.323031  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1707  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  62.89 
 
 
839 aa  1042    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.795127  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3276  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  55.54 
 
 
810 aa  863    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464677  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5894  nitrite reductase large subunit  81.35 
 
 
815 aa  1395    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2919  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  56.31 
 
 
814 aa  907    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2965  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  56.97 
 
 
817 aa  939    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0668  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  58.17 
 
 
826 aa  963    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0494123 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3162  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  47.56 
 
 
801 aa  719    Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00213461  normal  0.298002 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1266  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  62.81 
 
 
825 aa  1014    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0963412  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3525  assimilatory nitrite reductase large subunit  53.52 
 
 
816 aa  859    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23370  Assimilatory Nitrite reductase,large subunit; NasA  53.91 
 
 
816 aa  845    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1451  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  76.63 
 
 
814 aa  1250    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2424  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  47.53 
 
 
801 aa  738    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1000  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  52.15 
 
 
816 aa  838    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1700  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  55.45 
 
 
811 aa  926    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.575793 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1667  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  64.41 
 
 
810 aa  1043    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0751233  normal  0.158912 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2328  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  53.23 
 
 
821 aa  840    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41530  assimilatory nitrite reductase large subunit  53.91 
 
 
816 aa  873    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1990  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  46.04 
 
 
800 aa  715    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.161891  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0558  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  56.44 
 
 
814 aa  908    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.840641  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2177  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  47.94 
 
 
801 aa  723    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2293  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  46.41 
 
 
801 aa  718    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.203246  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0208  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  47.15 
 
 
801 aa  735    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0099  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  56.31 
 
 
814 aa  907    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1490  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  56.31 
 
 
814 aa  907    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4452  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  63.71 
 
 
810 aa  1025    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2849  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  54.13 
 
 
820 aa  868    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.924378  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1629  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  90.05 
 
 
816 aa  1535    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.899619  normal  0.106789 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3528  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  54.13 
 
 
820 aa  868    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2678  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  49.75 
 
 
808 aa  771    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2245  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  45.07 
 
 
837 aa  631  1e-179  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.131347  normal  0.240706 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0397  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  45.09 
 
 
834 aa  622  1e-177  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.17666  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3242  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  45.23 
 
 
819 aa  615  1e-175  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.838736  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3231  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  45.35 
 
 
819 aa  617  1e-175  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1328  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  44.28 
 
 
870 aa  617  1e-175  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0740855  normal  0.335394 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3293  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  45.35 
 
 
819 aa  617  1e-175  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.192884 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3494  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  44.69 
 
 
822 aa  613  9.999999999999999e-175  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.742948  normal  0.535106 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3013  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  44.63 
 
 
823 aa  597  1e-169  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.190459 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3053  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  43.57 
 
 
827 aa  597  1e-169  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.050716  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3275  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  43.5 
 
 
846 aa  593  1e-168  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3774  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  41.31 
 
 
813 aa  585  1.0000000000000001e-165  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.541337 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1392  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  42.07 
 
 
839 aa  578  1.0000000000000001e-163  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.79174  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2879  nitrite reductase (NAD(P)H)subunit  36.39 
 
 
971 aa  493  9.999999999999999e-139  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1332  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  37.83 
 
 
837 aa  491  1e-137  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0149274 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05591  nitrate reductase  36.57 
 
 
839 aa  474  1e-132  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5659  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  38.13 
 
 
854 aa  474  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.150409  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0235  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  36.45 
 
 
848 aa  469  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3956  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  36.45 
 
 
848 aa  469  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4164  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  37.64 
 
 
851 aa  463  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5406  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  38.19 
 
 
837 aa  464  1e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4276  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  37.64 
 
 
851 aa  463  1e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160671  normal  0.522332 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4860  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  38.02 
 
 
853 aa  461  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0178  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  37.66 
 
 
844 aa  461  9.999999999999999e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3869  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  36.49 
 
 
850 aa  462  9.999999999999999e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.104514  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4046  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  36.24 
 
 
850 aa  457  1e-127  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000068  nitrite reductase [NAD(P)H] large subunit  38.56 
 
 
854 aa  457  1e-127  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.424217  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3671  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  35.84 
 
 
847 aa  457  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3744  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  35.6 
 
 
847 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.23042  normal  0.171499 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5924  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  36.93 
 
 
814 aa  455  1.0000000000000001e-126  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0194616  normal  0.0886236 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1222  nitrite reductase NADPH large subunit  38.49 
 
 
852 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.356268  normal  0.678128 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3671  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  35.6 
 
 
847 aa  455  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1815  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  36.71 
 
 
875 aa  454  1.0000000000000001e-126  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0949445  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2355  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  35.98 
 
 
851 aa  453  1.0000000000000001e-126  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000467029  normal  0.479007 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3779  nitrite reductase [NAD(P)H] large subunit  35.48 
 
 
847 aa  453  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0245  nitrite reductase large subunit  36.55 
 
 
858 aa  455  1.0000000000000001e-126  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3842  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  35.6 
 
 
847 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.294363  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2322  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor / assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit / assimilatory nitrate reductase (NADH) beta subunit  37.11 
 
 
1328 aa  454  1.0000000000000001e-126  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.286672  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0347  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  35.73 
 
 
847 aa  451  1e-125  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3561  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  35.73 
 
 
847 aa  449  1e-125  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>