More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4451 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4451  major facilitator transporter  100 
 
 
402 aa  770    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.915935  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3800  major facilitator transporter  62.63 
 
 
420 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00131241 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1579  major facilitator family transporter  61.79 
 
 
402 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1160  major facilitator superfamily MFS_1  56.48 
 
 
403 aa  392  1e-108  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000554807  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2601  major facilitator transporter  55.41 
 
 
404 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.206455 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0207  putative transporter transmembrane protein  57.3 
 
 
408 aa  387  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2979  major facilitator transporter  54.52 
 
 
402 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.504162  normal  0.470483 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2319  major facilitator superfamily MFS_1  51.65 
 
 
396 aa  387  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0805208  normal  0.902577 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0038  major facilitator superfamily MFS_1  56.06 
 
 
407 aa  386  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1136  major facilitator superfamily MFS_1  56.36 
 
 
408 aa  382  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.454267 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2456  major facilitator transporter  55.23 
 
 
398 aa  384  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.298076  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1362  major facilitator transporter  60.28 
 
 
403 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.726387  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6467  major facilitator transporter  60.28 
 
 
403 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.070181  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5629  major facilitator transporter  57.58 
 
 
404 aa  381  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.208414  normal  0.0407096 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6377  major facilitator transporter  57.69 
 
 
404 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.860251  normal  0.451181 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3611  major facilitator superfamily MFS_1  55.52 
 
 
410 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0048  major facilitator transporter  53.72 
 
 
400 aa  377  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0632  major facilitator transporter  55.25 
 
 
410 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3286  major facilitator superfamily MFS_1  54.26 
 
 
411 aa  374  1e-102  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1945  major facilitator transporter  52.67 
 
 
401 aa  372  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2738  major facilitator superfamily MFS_1  50.89 
 
 
416 aa  365  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2011  major facilitator superfamily MFS_1  53.81 
 
 
409 aa  362  6e-99  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0328  purine ribonucleoside efflux pump NepI  50.38 
 
 
397 aa  360  2e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.389752  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3070  membrane protein OpdE  53.64 
 
 
402 aa  358  7e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2475  major facilitator transporter  55.1 
 
 
402 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.46904  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4801  major facilitator transporter  53.49 
 
 
376 aa  350  3e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.603186  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0835  major facilitator superfamily MFS_1  50.14 
 
 
433 aa  317  3e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0782  major facilitator superfamily MFS_1  49.58 
 
 
384 aa  307  2.0000000000000002e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3472  major facilitator transporter  48.46 
 
 
403 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.059656  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4854  major facilitator superfamily MFS_1  47.86 
 
 
395 aa  302  6.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.011677  normal  0.12131 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1406  major facilitator superfamily MFS_1  47.92 
 
 
403 aa  302  6.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.61061  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1448  major facilitator superfamily MFS_1  47.65 
 
 
403 aa  302  9e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.015793  normal  0.569498 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2563  major facilitator transporter  48.88 
 
 
403 aa  300  2e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0032  ribonucleoside transporter  45.67 
 
 
396 aa  298  1e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.646856 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0841  major facilitator superfamily MFS_1  45.67 
 
 
395 aa  298  1e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.275018  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6830  major facilitator transporter  49.05 
 
 
394 aa  298  1e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0719  major facilitator superfamily MFS_1  48.17 
 
 
400 aa  298  1e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3560  major facilitator transporter  48.48 
 
 
400 aa  297  2e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3960  major facilitator transporter  48.48 
 
 
400 aa  295  8e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.116559 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5294  major facilitator transporter  47.86 
 
 
379 aa  293  4e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.264331  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3875  ribonucleoside transporter  44.07 
 
 
451 aa  289  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4025  ribonucleoside transporter  44.53 
 
 
394 aa  289  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.84574 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0037  ribonucleoside transporter  44.07 
 
 
451 aa  289  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4170  ribonucleoside transporter  44.07 
 
 
451 aa  289  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0041  major facilitator superfamily MFS_1  44.07 
 
 
412 aa  289  6e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03546  predicted transporter  44.07 
 
 
451 aa  289  7e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03488  hypothetical protein  44.07 
 
 
451 aa  289  7e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5114  major facilitator transporter  47.47 
 
 
399 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958171  normal  0.0993786 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5383  major facilitator transporter  47.8 
 
 
398 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.958952 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4887  major facilitator transporter  47.8 
 
 
398 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2353  major facilitator transporter  47.31 
 
 
413 aa  285  8e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2769  major facilitator transporter  43.58 
 
 
401 aa  285  9e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35500  Major facilitator superfamily transporter  47.81 
 
 
376 aa  271  2e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3097  major facilitator transporter  43.59 
 
 
408 aa  265  7e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.326066  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1531  major facilitator transporter  41.13 
 
 
400 aa  259  8e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4169  major facilitator transporter  39.26 
 
 
401 aa  256  3e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.240515  normal  0.577442 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1133  major facilitator superfamily MFS_1  38.58 
 
 
397 aa  214  2.9999999999999995e-54  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.144767  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7381  permease  40.05 
 
 
402 aa  204  2e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0862221  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1371  major facilitator superfamily MFS_1  34.57 
 
 
412 aa  191  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.070689  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1381  major facilitator transporter  37.14 
 
 
394 aa  187  3e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3714  major facilitator transporter  32.39 
 
 
418 aa  177  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.310238 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2898  major facilitator superfamily MFS_1  38.61 
 
 
402 aa  176  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.537958  normal  0.729301 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5135  major facilitator transporter  32.86 
 
 
399 aa  174  2.9999999999999996e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.774559  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5229  transporter  33.05 
 
 
406 aa  172  1e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.276614 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2129  major facilitator transporter  30.03 
 
 
408 aa  170  5e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0230602 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1021  major facilitator transporter  33.81 
 
 
415 aa  169  9e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.122772 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5698  major facilitator superfamily MFS_1  33.24 
 
 
415 aa  166  9e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.574634 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20360  arabinose efflux permease family protein  35.13 
 
 
410 aa  161  2e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0512436  normal  0.41144 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0202  major facilitator superfamily MFS_1  34.38 
 
 
390 aa  160  3e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4094  major facilitator superfamily MFS_1  33.61 
 
 
422 aa  160  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2584  major facilitator superfamily MFS_1  30.79 
 
 
402 aa  156  5.0000000000000005e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.153183 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2152  major facilitator transporter  31.37 
 
 
408 aa  156  6e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2647  major facilitator family transporter  31.1 
 
 
408 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3182  major facilitator transporter  30.83 
 
 
413 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4902  major facilitator superfamily MFS_1  32.95 
 
 
735 aa  154  2.9999999999999998e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.283889  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0860  major facilitator transporter  34.33 
 
 
397 aa  153  5e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5451  major facilitator transporter  31.98 
 
 
407 aa  150  5e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0131975  normal  0.150445 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1673  major facilitator superfamily MFS_1  31.2 
 
 
402 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0388  major facilitator superfamily MFS_1  31.56 
 
 
390 aa  147  3e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.295618  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2226  sugar efflux transporter  28.27 
 
 
396 aa  144  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5288  major facilitator transporter  28.85 
 
 
404 aa  143  5e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1788  major facilitator transporter  31.59 
 
 
399 aa  139  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0140849 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1897  major facilitator transporter  29.4 
 
 
397 aa  136  8e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2790  major facilitator superfamily MFS_1  28.57 
 
 
398 aa  132  9e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3686  carbohydrate transporter, putative  31.68 
 
 
399 aa  130  6e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3424  major facilitator family transporter  26.15 
 
 
404 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0839  sugar efflux transporter  29.89 
 
 
399 aa  127  4.0000000000000003e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.359878 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2484  major facilitator superfamily MFS_1  27.95 
 
 
397 aa  126  7e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0868  sugar efflux transporter  29.39 
 
 
399 aa  125  1e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.202356  normal  0.905992 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3898  major facilitator superfamily MFS_1  30.25 
 
 
404 aa  125  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.82159  normal  0.735977 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22240  arabinose efflux permease family protein  29.22 
 
 
409 aa  125  2e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4250  major facilitator transporter  32.53 
 
 
405 aa  124  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5955  sugar efflux transporter  27.76 
 
 
417 aa  124  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0541401 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2910  major facilitator superfamily MFS_1  32.34 
 
 
397 aa  124  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.333909  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3102  major facilitator transporter  25.61 
 
 
415 aa  123  4e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3447  major facilitator family transporter  25.61 
 
 
404 aa  124  4e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3194  major facilitator family transporter  25.61 
 
 
415 aa  123  5e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0138  sugar efflux transporter  31.36 
 
 
395 aa  122  9e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.789478  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2718  major facilitator superfamily MFS_1  32.68 
 
 
403 aa  122  9.999999999999999e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.00439118  normal  0.195622 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5276  major facilitator transporter  28.74 
 
 
389 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>