More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4418 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4418  periplasmic binding protein  100 
 
 
377 aa  772    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.468441 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1221  ABC transporter substrate binding protein (iron)  75.83 
 
 
406 aa  575  1.0000000000000001e-163  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3089  periplasmic binding protein  60.11 
 
 
375 aa  488  1e-137  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1235  periplasmic binding protein  60 
 
 
375 aa  467  9.999999999999999e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1097  periplasmic binding protein  59.62 
 
 
373 aa  466  9.999999999999999e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.508447  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3040  periplasmic binding protein  58.87 
 
 
375 aa  461  1e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.174043  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2758  periplasmic binding protein  58.79 
 
 
373 aa  464  1e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4077  periplasmic binding protein  51.54 
 
 
383 aa  416  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3900  periplasmic binding protein  52.46 
 
 
386 aa  416  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1220  ABC transporter substrate binding protein (iron)  52.05 
 
 
383 aa  386  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0484482  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2027  periplasmic binding protein  48.02 
 
 
378 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.683361  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2249  periplasmic binding protein  48.28 
 
 
378 aa  380  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.254495 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2669  putative ABC transporter, periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  39.78 
 
 
389 aa  290  2e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1538  putative ABC transporter periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  39.78 
 
 
381 aa  291  2e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2751  periplasmic binding protein  39.78 
 
 
389 aa  290  2e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.369256  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0283  periplasmic binding protein  39.19 
 
 
383 aa  282  8.000000000000001e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.996344  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2696  periplasmic binding protein  38.01 
 
 
377 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.773462  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1693  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  38.55 
 
 
370 aa  271  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4771  periplasmic binding protein  37.54 
 
 
370 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3141  periplasmic binding protein  33.15 
 
 
371 aa  250  2e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7105  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  37.35 
 
 
401 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.320123  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1015  periplasmic binding protein  35.43 
 
 
371 aa  244  9.999999999999999e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.543354 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1058  periplasmic binding protein  33.97 
 
 
370 aa  243  5e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.530502  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3531  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  33.59 
 
 
382 aa  236  4e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.826718  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0573  ABC transporter, substrate binding protein  34.31 
 
 
374 aa  233  3e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.470776  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2735  putative iron complex transport system substrate-binding protein  33.9 
 
 
427 aa  232  1e-59  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0180927  decreased coverage  0.0000609348 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3611  periplasmic binding protein  34.01 
 
 
380 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486041  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2140  periplasmic binding protein  31.17 
 
 
394 aa  231  2e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.07383  normal  0.925288 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3000  periplasmic binding protein  33.98 
 
 
369 aa  223  4.9999999999999996e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.796809  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2755  ABC transporter, substrate binding protein  31.71 
 
 
375 aa  218  1e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000138231  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2567  periplasmic binding protein  34.75 
 
 
365 aa  218  2e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0204616  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2194  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  33.42 
 
 
377 aa  216  5e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.301282  normal  0.0100465 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0797  periplasmic binding protein  34.29 
 
 
367 aa  216  5e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0161104  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0467  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  31.47 
 
 
384 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1240  periplasmic binding protein  32.16 
 
 
372 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3035  periplasmic binding protein  31.58 
 
 
372 aa  211  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.938947  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1100  ABC transporter, substrate binding protein  31.65 
 
 
374 aa  209  5e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0595516  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0816  periplasmic binding protein  30.06 
 
 
366 aa  209  5e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0919646  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0816  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.06 
 
 
366 aa  209  5e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0154  hypothetical protein  30.06 
 
 
366 aa  209  5e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000656293 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1127  periplasmic binding protein  33.33 
 
 
368 aa  208  2e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4137  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  34.29 
 
 
365 aa  203  4e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0745  periplasmic binding protein  32.79 
 
 
407 aa  187  4e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.300436 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7622  ABC transporter substrate binding protein (iron)  33.43 
 
 
429 aa  180  4e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1701  periplasmic binding protein  31.18 
 
 
365 aa  173  3.9999999999999995e-42  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2718  periplasmic binding protein  30.19 
 
 
360 aa  172  6.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.410203  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1702  periplasmic binding protein  31.34 
 
 
364 aa  169  1e-40  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2539  periplasmic binding protein  29.06 
 
 
368 aa  156  7e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1708  periplasmic binding protein  27.35 
 
 
392 aa  143  5e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1774  periplasmic binding protein  26.72 
 
 
363 aa  140  3.9999999999999997e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2635  iron chelate ABC transporter periplasmic iron/siderophore-binding protein  26.04 
 
 
363 aa  136  6.0000000000000005e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  3.97529e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2720  periplasmic binding protein  25.76 
 
 
363 aa  135  9e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000254593  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1314  periplasmic binding protein  28.45 
 
 
380 aa  129  8.000000000000001e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0394754 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1591  periplasmic binding protein  29.5 
 
 
377 aa  120  6e-26  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0970823  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2396  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  30.56 
 
 
375 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.507465 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0025  FMN-binding domain protein  27.53 
 
 
517 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  28.37 
 
 
483 aa  110  3e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1321  periplasmic binding protein  28.8 
 
 
366 aa  110  3e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.77394  normal  0.0125945 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1042  periplasmic binding protein  28.73 
 
 
354 aa  106  7e-22  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1185  periplasmic binding protein  29.49 
 
 
354 aa  102  9e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.306422  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  27.82 
 
 
478 aa  102  1e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1316  periplasmic binding protein  28.06 
 
 
390 aa  101  2e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.867732  normal  0.0135564 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0435  periplasmic binding protein  28.83 
 
 
362 aa  96.7  6e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.0000278634  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1597  periplasmic binding protein  26.45 
 
 
409 aa  96.3  8e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.465677  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1645  periplasmic binding protein  25.54 
 
 
354 aa  94.7  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.399451  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0547  periplasmic binding protein  27.84 
 
 
359 aa  94.4  3e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1747  periplasmic binding protein  26.04 
 
 
334 aa  94  4e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0428  periplasmic binding protein  27.44 
 
 
375 aa  93.2  7e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2617  periplasmic binding protein  24.21 
 
 
380 aa  91.3  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2098  periplasmic binding protein  26.61 
 
 
402 aa  90.5  4e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1492  periplasmic binding protein  27.76 
 
 
362 aa  89  1e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.104614  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1195  periplasmic binding protein  30.9 
 
 
374 aa  89.4  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0426  periplasmic binding protein  26.09 
 
 
375 aa  87.4  4e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0409  periplasmic binding protein  27.98 
 
 
375 aa  85.1  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.14115  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1419  periplasmic binding protein  25.65 
 
 
375 aa  84.3  0.000000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.364808  normal  0.918075 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1093  V-type ATPase, 116 kDa subunit  25.28 
 
 
376 aa  84.3  0.000000000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0444  periplasmic binding protein  26.19 
 
 
356 aa  84.3  0.000000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0972  periplasmic binding protein  26.12 
 
 
429 aa  84.7  0.000000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0033  periplasmic binding protein  23.87 
 
 
351 aa  84.3  0.000000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0759  periplasmic binding protein  27.37 
 
 
358 aa  84  0.000000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00294843  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0024  periplasmic binding protein  25.53 
 
 
360 aa  82.8  0.000000000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0185  periplasmic binding protein  24.4 
 
 
426 aa  82.8  0.000000000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0952847  normal  0.560438 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0273  periplasmic binding protein  27.97 
 
 
381 aa  82.4  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000312893  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0428  periplasmic binding protein  27.75 
 
 
375 aa  82.4  0.00000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0388  periplasmic binding protein  25.77 
 
 
396 aa  82.8  0.00000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1218  periplasmic binding protein  26.9 
 
 
358 aa  81.6  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0017043  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1690  periplasmic binding protein  22.93 
 
 
366 aa  81.6  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00951352  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0735  periplasmic binding protein  26.59 
 
 
358 aa  81.3  0.00000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000243949  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1283  periplasmic binding protein  26.57 
 
 
409 aa  80.5  0.00000000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.907  normal  0.591849 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2326  periplasmic binding protein  25.48 
 
 
346 aa  80.1  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.300944 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1168  periplasmic binding protein  27.35 
 
 
353 aa  79.7  0.00000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.61734  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1132  periplasmic binding protein  26.34 
 
 
378 aa  79.3  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0148173  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1593  periplasmic binding protein  26.36 
 
 
372 aa  79.3  0.0000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0653353  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2847  periplasmic binding protein  25.33 
 
 
354 aa  78.2  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0528  periplasmic binding protein  26.48 
 
 
361 aa  78.2  0.0000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.147263  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0978  periplasmic binding protein  26.2 
 
 
689 aa  77.8  0.0000000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.194046 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0216  periplasmic binding protein  25.42 
 
 
393 aa  77  0.0000000000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.941778  normal  0.148136 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0998  iron ABC transporter, solute-binding protein  26.86 
 
 
373 aa  77  0.0000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0219  periplasmic binding protein  25.89 
 
 
370 aa  77  0.0000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.293771  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2734  periplasmic binding protein  24.78 
 
 
363 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.148787  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>