More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4247 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4247  alanine racemase  100 
 
 		 349 aa  708    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.645123  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  44.14 
 
 		 330 aa  258  1e-67  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  40.65 
 
 		 342 aa  208  1e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  37.14 
 
 		 349 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7027  LacI family transcription regulator  37.35 
 
 		 353 aa  197  2.0000000000000003e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.69 
 
 		 335 aa  196  3e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.6 
 
 		 352 aa  192  6e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5883  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.53 
 
 		 356 aa  192  8e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.92391 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  34.74 
 
 		 332 aa  189  5.999999999999999e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3367  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.56 
 
 		 330 aa  188  1e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00871192 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  35.6 
 
 		 326 aa  187  2e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 346 aa  186  4e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4596  transcriptional regulator, LacI family  37.29 
 
 		 340 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0502076 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4628  transcriptional regulator, LacI family  34.25 
 
 		 332 aa  186  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.656687 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5553  transcriptional regulator LacI family  35.57 
 
 		 356 aa  186  5e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.539573  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  35.89 
 
 		 333 aa  185  9e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5754  transcriptional regulator, LacI family  39.34 
 
 		 348 aa  185  1.0000000000000001e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.597528  normal  0.0761262 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  35.71 
 
 		 338 aa  183  3e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  36.39 
 
 		 347 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5418  transcriptional regulator, LacI family  33.14 
 
 		 356 aa  182  7e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263593 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4333  transcriptional regulator, LacI family  36.58 
 
 		 340 aa  182  7e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.706731 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.02 
 
 		 336 aa  182  1e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1009  transcriptional regulator, LacI family  31.25 
 
 		 345 aa  181  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.285853 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.04 
 
 		 330 aa  181  2e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  34.3 
 
 		 347 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0299  transcriptional regulator protein  35.33 
 
 		 365 aa  179  7e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5456  alanine racemase  33.7 
 
 		 368 aa  178  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000537083  normal  0.747323 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  32.14 
 
 		 346 aa  177  2e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  32.89 
 
 		 335 aa  177  3e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  35.15 
 
 		 338 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  35.08 
 
 		 346 aa  177  3e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  32.52 
 
 		 353 aa  176  4e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5122  transcriptional regulator, LacI family  32.95 
 
 		 356 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.958101  normal  0.135885 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  33.77 
 
 		 346 aa  176  5e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  33.24 
 
 		 342 aa  176  7e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3984  transcriptional regulator, LacI family  34.23 
 
 		 336 aa  176  8e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  34.15 
 
 		 358 aa  174  1.9999999999999998e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  33.44 
 
 		 333 aa  174  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0058  LacI family transcription regulator  34.86 
 
 		 338 aa  174  2.9999999999999996e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 334 aa  173  2.9999999999999996e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6931  transcriptional regulator, LacI family  35.49 
 
 		 315 aa  173  3.9999999999999995e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  31.61 
 
 		 329 aa  172  7.999999999999999e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  33.84 
 
 		 337 aa  172  7.999999999999999e-42  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  30.52 
 
 		 336 aa  172  9e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  33.13 
 
 		 348 aa  171  1e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3383  LacI family transcription regulator  35.26 
 
 		 342 aa  172  1e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  32.45 
 
 		 340 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  30.09 
 
 		 331 aa  171  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  32.68 
 
 		 340 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.33 
 
 		 356 aa  170  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  36.75 
 
 		 337 aa  169  5e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  35.33 
 
 		 348 aa  169  5e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 342 aa  169  6e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1005  transcriptional regulator, LacI family  29.34 
 
 		 336 aa  169  7e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.436284  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  31.89 
 
 		 340 aa  169  7e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3653  hypothetical protein  32.44 
 
 		 353 aa  169  8e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.101524 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.33 
 
 		 337 aa  169  9e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  35.24 
 
 		 343 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  34.94 
 
 		 343 aa  168  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  33.24 
 
 		 343 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  35.33 
 
 		 343 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  33.24 
 
 		 343 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  33.24 
 
 		 343 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 336 aa  168  2e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  35.33 
 
 		 343 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  35.33 
 
 		 343 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0186  alanine racemase  32.13 
 
 		 335 aa  167  2e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  32.15 
 
 		 340 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  32.75 
 
 		 343 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0812  ribose operon repressor, putative  33.22 
 
 		 343 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  32.75 
 
 		 343 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3308  LacI family transcription regulator  34.12 
 
 		 346 aa  167  2.9999999999999998e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  30.82 
 
 		 334 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  35.93 
 
 		 334 aa  166  4e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  31.72 
 
 		 332 aa  166  4e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  31.72 
 
 		 332 aa  166  4e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  32.84 
 
 		 337 aa  166  4e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1973  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 341 aa  166  5e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.768247  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  31.31 
 
 		 352 aa  166  5e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05320  transcriptional regulator  34.09 
 
 		 371 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1892  transcriptional regulator, LacI family  30.68 
 
 		 345 aa  166  5.9999999999999996e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  32.75 
 
 		 343 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0309  LacI family transcription regulator  32.94 
 
 		 342 aa  166  6.9999999999999995e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.543523  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3131  transcriptional regulator, LacI family  34.56 
 
 		 334 aa  165  9e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.159166  hitchhiker  0.005841 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6389  transcriptional regulator, LacI family  36.22 
 
 		 342 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  31.86 
 
 		 340 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3109  transcriptional regulator, LacI family  33.13 
 
 		 337 aa  164  1.0000000000000001e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3620  transcriptional regulator, LacI family  32.32 
 
 		 342 aa  165  1.0000000000000001e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  30.24 
 
 		 338 aa  165  1.0000000000000001e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2662  LacI family transcription regulator  35.05 
 
 		 328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.767927 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0008  transcriptional regulator, LacI family  34.8 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  36.3 
 
 		 335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  34.14 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  31.07 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  32.42 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  32.46 
 
 		 328 aa  164  3e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 		 343 aa  164  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1984  LacI family transcription regulator  34.33 
 
 		 360 aa  163  3e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0783818  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  33.33 
 
 		 337 aa  164  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3542  transcriptional regulator, LacI family  32.09 
 
 		 335 aa  163  4.0000000000000004e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>