More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4197 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4197  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
223 aa  447  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00284291  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2697  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  65.33 
 
 
226 aa  251  5.000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6435  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  63.86 
 
 
225 aa  249  2e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0213  RNA polymerase sigma factor  58.13 
 
 
230 aa  246  2e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  57.08 
 
 
229 aa  245  4e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7492  RNA polymerase sigma factor  59.28 
 
 
226 aa  230  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.732651  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  44.95 
 
 
237 aa  198  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  44.5 
 
 
236 aa  194  7e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1243  RNA polymerase sigma factor  45.45 
 
 
244 aa  180  1e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.077005  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  47.09 
 
 
241 aa  162  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4136  RNA polymerase sigma factor  44.55 
 
 
239 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  44.95 
 
 
239 aa  158  6e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  43.06 
 
 
226 aa  155  5.0000000000000005e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0089  RNA polymerase sigma factor  43.4 
 
 
231 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1567  RNA polymerase sigma factor  43.4 
 
 
231 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0072  RNA polymerase sigma factor  43.4 
 
 
231 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1217  RNA polymerase sigma factor  43.4 
 
 
231 aa  144  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0061  RNA polymerase sigma factor  43.4 
 
 
222 aa  144  8.000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0073  RNA polymerase sigma factor  43.4 
 
 
235 aa  144  8.000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1500  RNA polymerase sigma factor  43.4 
 
 
235 aa  144  8.000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3653  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.5 
 
 
243 aa  143  3e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2963  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40 
 
 
243 aa  142  5e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.361546  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0494  RNA polymerase sigma factor  42.29 
 
 
228 aa  139  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0499  RNA polymerase sigma factor  42.29 
 
 
228 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.505271  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6256  RNA polymerase sigma factor  40.2 
 
 
237 aa  138  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3195  RNA polymerase sigma factor  40.93 
 
 
234 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5050  RNA polymerase sigma factor  40.45 
 
 
234 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0466  RNA polymerase sigma factor  42.27 
 
 
229 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1787  RNA polymerase sigma factor  36.28 
 
 
223 aa  128  7.000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99637  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0489  RNA polymerase sigma factor  36.84 
 
 
230 aa  122  4e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3426  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40 
 
 
229 aa  119  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.307484  normal  0.28274 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4850  RNA polymerase sigma factor  29.85 
 
 
221 aa  110  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.662783  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.42 
 
 
226 aa  107  2e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.5 
 
 
199 aa  102  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  32.52 
 
 
183 aa  101  1e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.13 
 
 
200 aa  100  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.32 
 
 
199 aa  99.4  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30 
 
 
203 aa  98.6  7e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00426853  hitchhiker  0.000149569 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  34.59 
 
 
190 aa  98.6  8e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.73 
 
 
199 aa  97.8  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.94 
 
 
200 aa  97.8  1e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.73 
 
 
199 aa  97.8  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.52 
 
 
185 aa  97.8  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3811  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  36.71 
 
 
211 aa  97.4  2e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2693  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.54 
 
 
209 aa  97.1  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.4 
 
 
223 aa  96.3  4e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.21 
 
 
199 aa  95.9  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0795  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.93 
 
 
177 aa  95.9  5e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.782142  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4426  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.93 
 
 
209 aa  95.5  6e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11193  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  33.13 
 
 
185 aa  94.4  1e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0527801  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.45 
 
 
199 aa  94.4  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.45 
 
 
199 aa  94.4  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.45 
 
 
199 aa  94.4  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.45 
 
 
199 aa  94.4  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.45 
 
 
199 aa  94.4  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.45 
 
 
199 aa  94.4  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4405  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.93 
 
 
209 aa  94.7  1e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.45 
 
 
199 aa  94.4  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.91 
 
 
199 aa  94  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.91 
 
 
199 aa  94  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4271  sigma-24 (FecI-like)  30.93 
 
 
209 aa  94  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.91 
 
 
199 aa  94  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2611  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.49 
 
 
184 aa  93.6  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3246  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.31 
 
 
208 aa  93.6  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0104683 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.61 
 
 
392 aa  94  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.54 
 
 
199 aa  93.2  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.14 
 
 
198 aa  92.8  3e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0842  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.09 
 
 
288 aa  92.8  3e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2362  sigma-24 (FecI-like)  29.95 
 
 
200 aa  93.2  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000744354 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.53 
 
 
185 aa  93.2  3e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  92.4  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.64 
 
 
200 aa  92.8  4e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.824868  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.13 
 
 
222 aa  92.8  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0846  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.54 
 
 
292 aa  92.8  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4364  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.83 
 
 
217 aa  92.4  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0794  sigma-24 (FecI-like)  34.5 
 
 
285 aa  92.4  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.38 
 
 
199 aa  92.4  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3552  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.95 
 
 
177 aa  92.4  5e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00492938 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0982  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.15 
 
 
185 aa  92  7e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.614695  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3743  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.95 
 
 
177 aa  92  7e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1644  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.71 
 
 
222 aa  92  7e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3620  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.95 
 
 
177 aa  92  7e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.38 
 
 
199 aa  91.3  9e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.38 
 
 
199 aa  91.3  9e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.4 
 
 
193 aa  91.7  9e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.38 
 
 
199 aa  91.3  9e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.38 
 
 
199 aa  91.3  9e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1471  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.58 
 
 
190 aa  90.9  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133791  normal  0.688879 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3666  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.08 
 
 
189 aa  90.5  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000000159733  normal  0.134182 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3544  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.36 
 
 
187 aa  90.9  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0209962  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0690  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.36 
 
 
177 aa  90.5  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3840  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.35 
 
 
177 aa  90.1  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.94 
 
 
200 aa  89.7  3e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.93 
 
 
195 aa  89.7  3e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.44 
 
 
216 aa  89.7  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.43 
 
 
177 aa  89.4  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.105349  normal  0.745937 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1843  sigma-24 (FecI-like)  34.76 
 
 
204 aa  89  5e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.546319  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4425  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.85 
 
 
205 aa  88.6  6e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0203569  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0794  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  31.72 
 
 
228 aa  88.6  7e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.078533  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3175  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.89 
 
 
177 aa  88.2  8e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.138062  normal  0.376023 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>