More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4159 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011369  Rleg2_3622  extracellular solute-binding protein family 1  83.5 
 
 
412 aa  721    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4159  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
421 aa  858    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.119299  normal  0.873951 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3910  extracellular solute-binding protein family 1  83.5 
 
 
412 aa  725    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.198843 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2146  extracellular solute-binding protein  43.07 
 
 
414 aa  337  2.9999999999999997e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6528  extracellular solute-binding protein family 1  42.24 
 
 
415 aa  322  7e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0147922 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3842  extracellular solute-binding protein family 1  37.18 
 
 
429 aa  258  2e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0316121  normal  0.0422385 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2832  extracellular solute-binding protein family 1  35.57 
 
 
417 aa  256  6e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617934  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4993  extracellular solute-binding protein family 1  32.82 
 
 
432 aa  215  9.999999999999999e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0450999  normal  0.012477 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4147  extracellular solute-binding protein family 1  29.7 
 
 
441 aa  176  9.999999999999999e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.892231  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  27.11 
 
 
423 aa  132  2.0000000000000002e-29  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  26.95 
 
 
415 aa  124  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.74 
 
 
426 aa  124  4e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0690  extracellular solute-binding protein  30.8 
 
 
402 aa  123  5e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.678935  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3572  extracellular solute-binding protein family 1  28.89 
 
 
427 aa  116  7.999999999999999e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.405751  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  28.99 
 
 
410 aa  111  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  28.5 
 
 
424 aa  110  6e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21150  carbohydrate-binding protein  27.51 
 
 
428 aa  108  2e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.396929  normal  0.174783 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1680  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 
430 aa  108  2e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.173253  normal 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.67 
 
 
407 aa  108  2e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  28.46 
 
 
410 aa  108  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  29.97 
 
 
411 aa  107  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 
410 aa  107  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1105  extracellular solute-binding protein family 1  26 
 
 
443 aa  104  3e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.698754  normal  0.0706181 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5398  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  27.35 
 
 
403 aa  103  4e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.14652  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19770  extracellular solute-binding protein family 1  25.85 
 
 
423 aa  103  6e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  27.95 
 
 
411 aa  102  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  30.13 
 
 
430 aa  102  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.553068 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  25.25 
 
 
399 aa  100  5e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3944  extracellular solute-binding protein  26.04 
 
 
464 aa  100  6e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.920276  normal  0.0416082 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4289  extracellular solute-binding protein  26.82 
 
 
466 aa  99.4  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  28.06 
 
 
431 aa  99.4  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4693  extracellular solute-binding protein family 1  26.69 
 
 
457 aa  98.2  3e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.363745 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0698  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.28 
 
 
366 aa  97.8  3e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436581  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3422  ABC-type sugar transport systems permease component  23.3 
 
 
410 aa  97.4  4e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3226  Transcriptional regulator  23.3 
 
 
410 aa  97.4  4e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.101031  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0910  extracellular solute-binding protein family 1  29.23 
 
 
466 aa  97.4  5e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.764586  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1626  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.25 
 
 
418 aa  95.9  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.188232 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0753  extracellular solute-binding protein  26.5 
 
 
429 aa  95.1  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00037903  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4863  extracellular solute-binding protein family 1  29.13 
 
 
492 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.426159 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  27.59 
 
 
415 aa  93.6  5e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2714  extracellular solute-binding protein family 1  28.97 
 
 
414 aa  93.6  6e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.36636  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1484  extracellular solute-binding protein  26.24 
 
 
444 aa  92.8  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000980441  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0514  extracellular solute-binding protein family 1  25.48 
 
 
426 aa  92.4  1e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3669  extracellular solute-binding protein family 1  25.92 
 
 
492 aa  92.4  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0203  extracellular solute-binding protein family 1  27.83 
 
 
441 aa  92  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.346278  normal  0.123927 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0870  extracellular solute-binding protein family 1  26.53 
 
 
419 aa  92  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.649209  normal  0.121264 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0747  extracellular solute-binding protein  26.5 
 
 
433 aa  92  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190936 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3465  extracellular solute-binding protein  28.28 
 
 
411 aa  91.3  3e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6765  extracellular solute-binding protein family 1  28.44 
 
 
419 aa  90.5  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979933  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2315  extracellular solute-binding protein  28.52 
 
 
455 aa  90.1  7e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.271919 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5852  extracellular solute-binding protein family 1  28.44 
 
 
419 aa  89.7  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  28.12 
 
 
435 aa  89.7  8e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0381  extracellular solute-binding protein family 1  27.12 
 
 
421 aa  89.7  8e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4883  extracellular solute-binding protein family 1  24.6 
 
 
436 aa  89.4  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.504344  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5409  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  29.59 
 
 
457 aa  89.4  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5687  extracellular solute-binding protein family 1  29.88 
 
 
401 aa  88.6  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.627079  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2526  extracellular solute-binding protein family 1  25.9 
 
 
520 aa  89  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000430481  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0348  extracellular solute-binding protein family 1  27.68 
 
 
419 aa  87.8  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20630  extracellular solute-binding protein family 1  25.35 
 
 
414 aa  87.8  3e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6240  ABC transporter substrate binding protein (maltose)  31.52 
 
 
407 aa  87.8  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0994607  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 
504 aa  87.8  4e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6631  extracellular solute-binding protein family 1  29.48 
 
 
410 aa  86.7  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.325237 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  24.23 
 
 
419 aa  86.7  8e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1991  extracellular solute-binding protein  25.38 
 
 
455 aa  86.3  9e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.603432  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1020  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 
459 aa  85.9  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000124434  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0213  twin-arginine translocation pathway signal  25.38 
 
 
446 aa  85.5  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0803  extracellular solute-binding protein  26.79 
 
 
433 aa  85.5  0.000000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.437157  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27350  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.85 
 
 
444 aa  85.1  0.000000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.404715  normal  0.481515 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5802  extracellular solute-binding protein family 1  23.43 
 
 
444 aa  85.1  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0809589 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2348  extracellular solute-binding protein  25.84 
 
 
363 aa  84.7  0.000000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.585172 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7725  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  28.05 
 
 
420 aa  84.3  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4883  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  29.38 
 
 
417 aa  84.3  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.134037  normal  0.0630481 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3121  extracellular solute-binding protein family 1  26.74 
 
 
445 aa  84  0.000000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116931 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0669  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 
439 aa  84  0.000000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0601778  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1711  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 
454 aa  83.2  0.000000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.795485  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2201  extracellular solute-binding protein  27.43 
 
 
420 aa  83.2  0.000000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.455559  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0446  extracellular solute-binding protein family 1  25.82 
 
 
424 aa  83.2  0.000000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.900099  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1099  extracellular solute-binding protein  27.47 
 
 
457 aa  82.4  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  26.91 
 
 
422 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0183  extracellular solute-binding protein family 1  27.42 
 
 
429 aa  82.4  0.00000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3709  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 
437 aa  81.6  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 
424 aa  82  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1296  extracellular solute-binding protein family 1  24.43 
 
 
443 aa  81.6  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.190784  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4016  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  26.32 
 
 
437 aa  81.6  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0513  extracellular solute-binding protein family 1  27.27 
 
 
447 aa  82  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.000000038068  hitchhiker  0.000703825 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0354  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 
419 aa  82  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.188589  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3575  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  26.32 
 
 
437 aa  81.6  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0904  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  24.55 
 
 
439 aa  81.3  0.00000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00221898  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1095  extracellular solute-binding protein family 1  27.73 
 
 
530 aa  80.1  0.00000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3957  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 
432 aa  79.7  0.00000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  24.45 
 
 
431 aa  79.7  0.00000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0523  extracellular solute-binding protein  24.43 
 
 
416 aa  79  0.0000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4988  extracellular solute-binding protein  25.5 
 
 
414 aa  79.3  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.601947  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1607  ABC transporter sugar-binding protein  21.13 
 
 
430 aa  79  0.0000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0712  extracellular solute-binding protein family 1  24.44 
 
 
397 aa  79.3  0.0000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.518168  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3703  extracellular solute-binding protein family 1  26.24 
 
 
466 aa  79.3  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0104923  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0045  extracellular solute-binding protein family 1  25.23 
 
 
414 aa  79  0.0000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.713374  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1550  extracellular solute-binding protein  21.13 
 
 
430 aa  79  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1276  extracellular solute-binding protein family 1  26.6 
 
 
417 aa  79  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000485827  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3337  extracellular solute-binding protein family 1  23.53 
 
 
427 aa  79  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.806542  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>