More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4122 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4122  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 355 aa  714    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.582664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5212  ATP-dependent DNA ligase  65.68 
 
 		 339 aa  436  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.240793 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3719  ATP-dependent DNA ligase  64.44 
 
 		 341 aa  426  1e-118  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0581582 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2700  ATP-dependent DNA ligase  61.28 
 
 		 365 aa  403  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219093  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4139  ATP-dependent DNA ligase  58.86 
 
 		 345 aa  382  1e-105  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.141782  normal  0.306207 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3429  ATP-dependent DNA ligase  55.28 
 
 		 374 aa  372  1e-102  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0092  ATP-dependent DNA ligase  54.6 
 
 		 337 aa  348  6e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.70122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3905  ATP-dependent DNA ligase  52.31 
 
 		 341 aa  330  2e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.603635  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4038  ATP-dependent DNA ligase  44.22 
 
 		 365 aa  279  6e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0816  ATP-dependent DNA ligase  50.77 
 
 		 341 aa  276  5e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0864  ATP-dependent DNA ligase  50.46 
 
 		 341 aa  273  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.237895  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1252  ATP dependent DNA ligase  45 
 
 		 348 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.804327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0868  ATP-dependent DNA ligase  50.15 
 
 		 341 aa  270  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1489  ATP-dependent DNA ligase  42.36 
 
 		 369 aa  268  1e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000199621 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1376  ATP-dependent DNA ligase  43.2 
 
 		 360 aa  267  2.9999999999999995e-70  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.165882  normal  0.400562 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4916  ATP-dependent DNA ligase  45.22 
 
 		 353 aa  266  5.999999999999999e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0422666  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5005  ATP-dependent DNA ligase  45.22 
 
 		 353 aa  266  5.999999999999999e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.142668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5820  ATP-dependent DNA ligase  44.31 
 
 		 358 aa  265  8.999999999999999e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.846497  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3859  ATP-dependent DNA ligase  44.28 
 
 		 357 aa  265  8.999999999999999e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1546  ATP-dependent DNA ligase  41.79 
 
 		 369 aa  264  1e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.290467 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1947  ATP dependent DNA ligase  40.57 
 
 		 359 aa  264  2e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.314114  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1254  ATP-dependent DNA ligase  44.44 
 
 		 366 aa  263  3e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.351593  hitchhiker  0.000397091 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0415  ATP dependent DNA ligase  44.14 
 
 		 346 aa  262  6e-69  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5554  ATP dependent DNA ligase  47.69 
 
 		 314 aa  262  6.999999999999999e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.71197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1585  ATP-dependent DNA ligase  45.83 
 
 		 350 aa  261  1e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.143721  normal  0.0720309 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5320  ATP-dependent DNA ligase  43.64 
 
 		 353 aa  260  3e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0826  ATP-dependent DNA ligase  42.65 
 
 		 354 aa  260  3e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4939  ATP-dependent DNA ligase  43.35 
 
 		 353 aa  259  7e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5027  ATP-dependent DNA ligase  43.35 
 
 		 353 aa  259  7e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.792567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6710  ATP-dependent DNA ligase  41.96 
 
 		 346 aa  258  9e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00369161  normal  0.292979 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5549  ATP-dependent DNA ligase  42.94 
 
 		 360 aa  258  1e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.480302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1273  ATP-dependent DNA ligase  45.05 
 
 		 351 aa  254  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.22692 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6355  ATP dependent DNA ligase  44.54 
 
 		 361 aa  255  1.0000000000000001e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.915888  normal  0.696639 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4083  ATP-dependent DNA ligase  42.7 
 
 		 363 aa  253  3e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0653  ATP-dependent DNA ligase  44.02 
 
 		 353 aa  253  4.0000000000000004e-66  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.192766 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1579  ATP-dependent DNA ligase  42.9 
 
 		 358 aa  244  9.999999999999999e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13763  ATP-dependent DNA ligase  40.17 
 
 		 358 aa  244  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1674  ATP dependent DNA ligase  40.64 
 
 		 390 aa  244  1.9999999999999999e-63  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5543  ATP-dependent DNA ligase  43.27 
 
 		 359 aa  242  6e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5866  ATP-dependent DNA ligase  41.62 
 
 		 369 aa  240  2e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.884257  normal  0.301201 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2256  ATP dependent DNA ligase  43.27 
 
 		 352 aa  237  2e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.209492 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0480  ATP-dependent DNA ligase  40.46 
 
 		 371 aa  235  7e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15600  ATP-dependent DNA ligase  43.6 
 
 		 366 aa  235  1.0000000000000001e-60  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.138561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5169  ATP-dependent DNA ligase  38.3 
 
 		 408 aa  231  1e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00454515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5284  ATP-dependent DNA ligase  45.07 
 
 		 311 aa  231  1e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4039  ATP dependent DNA ligase  43.07 
 
 		 342 aa  230  3e-59  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0907  ATP-dependent DNA ligase  40.73 
 
 		 366 aa  228  1e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5292  ATP-dependent DNA ligase  39.17 
 
 		 374 aa  199  5e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2271  ATP dependent DNA ligase  35.65 
 
 		 318 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4500  ATP dependent DNA ligase  31.38 
 
 		 344 aa  120  3e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  31.23 
 
 		 608 aa  117  3.9999999999999997e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  31.1 
 
 		 495 aa  109  7.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  35.38 
 
 		 436 aa  108  2e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  34.53 
 
 		 321 aa  106  5e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0952  ATP dependent DNA ligase  28.13 
 
 		 307 aa  105  8e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4283  ATP dependent DNA ligase  30.42 
 
 		 337 aa  104  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.46921 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  30.62 
 
 		 863 aa  104  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  33.23 
 
 		 847 aa  103  4e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  33.14 
 
 		 477 aa  103  7e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0119  ATP dependent DNA ligase  32.21 
 
 		 337 aa  101  2e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.262895  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  30.1 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  35.87 
 
 		 828 aa  100  3e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  33.23 
 
 		 847 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  31.21 
 
 		 867 aa  100  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  30.94 
 
 		 320 aa  98.6  1e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  30.75 
 
 		 376 aa  99  1e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  30.79 
 
 		 766 aa  97.4  3e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  34.06 
 
 		 313 aa  97.1  4e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  33.24 
 
 		 513 aa  95.9  8e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  26.89 
 
 		 865 aa  95.5  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  33.79 
 
 		 513 aa  94.7  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  29.79 
 
 		 871 aa  94.7  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1903  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  37.24 
 
 		 311 aa  95.1  2e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  28.99 
 
 		 603 aa  93.6  4e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  28.79 
 
 		 813 aa  93.6  4e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.86 
 
 		 797 aa  92.4  1e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  31.29 
 
 		 831 aa  91.7  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  28.48 
 
 		 658 aa  90.9  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  32 
 
 		 816 aa  90.5  3e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2814  ATP dependent DNA ligase  31.6 
 
 		 358 aa  90.5  4e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  30.84 
 
 		 656 aa  89.4  8e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  30.51 
 
 		 940 aa  89  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  30.72 
 
 		 954 aa  89  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  31.48 
 
 		 901 aa  88.2  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  32.9 
 
 		 684 aa  87.8  2e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  29.28 
 
 		 902 aa  88.2  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  28.53 
 
 		 657 aa  88.2  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  28.33 
 
 		 845 aa  88.6  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  30.61 
 
 		 351 aa  87.4  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  29.91 
 
 		 758 aa  87.4  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  29.91 
 
 		 758 aa  87.4  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  33.9 
 
 		 513 aa  87.4  3e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  29.62 
 
 		 758 aa  87.4  3e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  32.76 
 
 		 825 aa  87.4  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  28.99 
 
 		 872 aa  87  4e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  31.12 
 
 		 815 aa  86.7  5e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3968  ATP dependent DNA ligase  34.87 
 
 		 312 aa  86.7  6e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  29.27 
 
 		 818 aa  86.3  8e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  31.63 
 
 		 845 aa  85.9  9e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  27.27 
 
 		 877 aa  85.9  9e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>