More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4031 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  100 
 
 		 243 aa  487  1e-137  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  42.48 
 
 		 229 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  44.93 
 
 		 240 aa  154  9e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  39.82 
 
 		 229 aa  144  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5539  regulatory protein GntR HTH  40.08 
 
 		 237 aa  143  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3584  GntR-like  39.66 
 
 		 275 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1469  GntR domain protein  36.68 
 
 		 250 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.934444  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  40.18 
 
 		 247 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  37.39 
 
 		 232 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  37.78 
 
 		 237 aa  131  9e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  38.77 
 
 		 237 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 245 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  39.29 
 
 		 272 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 268 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8124  GntR domain protein  36.16 
 
 		 250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 251 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  39.47 
 
 		 250 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  41.3 
 
 		 233 aa  123  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  40.53 
 
 		 246 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 268 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  40.97 
 
 		 233 aa  121  9e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  37.17 
 
 		 255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  35.75 
 
 		 253 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  39.11 
 
 		 238 aa  119  4.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  37.61 
 
 		 249 aa  118  6e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  37.61 
 
 		 249 aa  118  6e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  40.72 
 
 		 230 aa  119  6e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  37.61 
 
 		 249 aa  118  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  39.23 
 
 		 273 aa  118  7e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  36.44 
 
 		 253 aa  118  7e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 255 aa  118  7e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5446  GntR domain protein  37.44 
 
 		 237 aa  118  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0117781 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 253 aa  118  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3981  GntR domain-containing protein  38.36 
 
 		 233 aa  118  9e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3405  GntR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 239 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  36.61 
 
 		 251 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 272 aa  117  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  39.53 
 
 		 234 aa  118  9.999999999999999e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3050  GntR domain-containing protein  36.12 
 
 		 239 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0593714 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 248 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5177  regulatory protein GntR HTH  38.84 
 
 		 238 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.835231  normal  0.258028 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  39.04 
 
 		 253 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  39.04 
 
 		 238 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 259 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000856086  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  35.56 
 
 		 249 aa  116  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 274 aa  116  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  35.12 
 
 		 273 aa  115  3.9999999999999997e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  35.56 
 
 		 249 aa  115  5e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  38.57 
 
 		 284 aa  115  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  39.42 
 
 		 262 aa  115  6.9999999999999995e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4644  GntR domain-containing protein  37.28 
 
 		 274 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.028465  normal  0.119949 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  36.61 
 
 		 251 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 251 aa  113  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  36.99 
 
 		 242 aa  113  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 247 aa  113  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  35.56 
 
 		 253 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  35.56 
 
 		 253 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6442  GntR domain protein  33.48 
 
 		 254 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.143546 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  36.99 
 
 		 242 aa  111  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 270 aa  111  9e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6265  GntR domain protein  32.74 
 
 		 254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.610791 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  35.53 
 
 		 249 aa  110  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1636  GntR domain-containing protein  36.36 
 
 		 266 aa  109  3e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000195276  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  36.16 
 
 		 235 aa  109  4.0000000000000004e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2069  GntR domain-containing protein  36.87 
 
 		 225 aa  108  6e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354488  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 234 aa  108  8.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  34.84 
 
 		 264 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  36.89 
 
 		 252 aa  107  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1157  GntR-like  32.76 
 
 		 252 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00396004  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5148  GntR domain protein  41.07 
 
 		 258 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.178203  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  32.89 
 
 		 249 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  33.95 
 
 		 241 aa  106  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 254 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  32.89 
 
 		 249 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  32.89 
 
 		 249 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4447  GntR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 252 aa  105  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.614266  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 246 aa  105  6e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 246 aa  105  6e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5903  GntR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 288 aa  105  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210517  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  37.14 
 
 		 253 aa  105  6e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 255 aa  105  7e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  38.91 
 
 		 236 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  35.5 
 
 		 234 aa  104  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  38.91 
 
 		 236 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 234 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  38.16 
 
 		 299 aa  103  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  37.17 
 
 		 236 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0457  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 239 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1432  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 239 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1872  GntR family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 318 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.345922  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  33.64 
 
 		 246 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2181  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 228 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.79016  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0554  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 239 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  35.51 
 
 		 248 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 247 aa  102  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3401  GntR domain-containing protein  36.84 
 
 		 235 aa  102  5e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3539  regulatory protein GntR, HTH  43.03 
 
 		 260 aa  102  6e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 		 248 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  30.8 
 
 		 238 aa  101  1e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 255 aa  100  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>