More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4012 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  600  1e-170  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0975  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 309 aa  214  9.999999999999999e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 297 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  36.43 
 
 		 297 aa  192  7e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 297 aa  191  9e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5102  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 302 aa  182  7e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4125  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 298 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0971923 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3391  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 298 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.279491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 307 aa  175  7e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4776  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 298 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5168  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3330  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 298 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.718277 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  35.34 
 
 		 322 aa  172  9e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.17 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2806  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 328 aa  169  6e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 316 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 307 aa  166  2.9999999999999998e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 307 aa  166  2.9999999999999998e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 312 aa  167  2.9999999999999998e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1556  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 309 aa  166  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00011369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1039  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 321 aa  166  5.9999999999999996e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.204243  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 305 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 300 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  35.09 
 
 		 300 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  34.27 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 307 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 307 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 310 aa  163  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 305 aa  161  9e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4404  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 308 aa  162  9e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 300 aa  162  9e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 300 aa  162  9e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 300 aa  159  5e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0162  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 302 aa  159  6e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 300 aa  159  7e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 317 aa  157  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 317 aa  156  3e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 313 aa  157  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 294 aa  156  5.0000000000000005e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 317 aa  155  6e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 300 aa  155  6e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 317 aa  155  6e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 300 aa  155  6e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  34.98 
 
 		 300 aa  155  6e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 300 aa  155  6e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 300 aa  155  6e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 300 aa  155  6e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 317 aa  155  6e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1784  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 308 aa  155  6e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.132591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 317 aa  155  6e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 317 aa  155  6e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 300 aa  155  6e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 295 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 296 aa  155  9e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 295 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4128  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 315 aa  154  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 295 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4119  putative transcriptional regulator  29.45 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.721357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4168  putative transcriptional regulator  29.45 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.399858 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 295 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4050  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 308 aa  153  4e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 300 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 298 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 300 aa  152  7e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 295 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4046  putative transcriptional regulator  29.11 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  32 
 
 		 294 aa  149  5e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4078  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 300 aa  149  6e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2043  normal  0.325565 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 298 aa  149  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2536  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 311 aa  149  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.481736 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>