More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3994 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 225 aa  453  1e-127  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 208 aa  113  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  32.54 
 
 		 237 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0123  transcriptional regulator, TetR family  33.65 
 
 		 224 aa  112  5e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  34.38 
 
 		 213 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  33.17 
 
 		 207 aa  103  3e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18820  transcriptional regulator  32.68 
 
 		 225 aa  102  5e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.348199  normal  0.343375 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 210 aa  102  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 228 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  33.85 
 
 		 213 aa  100  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 210 aa  100  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 214 aa  99.8  3e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 216 aa  100  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 211 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  31.86 
 
 		 222 aa  99  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 257 aa  98.6  7e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  32.99 
 
 		 209 aa  97.8  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  31.58 
 
 		 201 aa  97.4  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 209 aa  95.9  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 234 aa  95.9  5e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 212 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 213 aa  94.7  9e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  28.12 
 
 		 212 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  33.18 
 
 		 218 aa  94.4  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 213 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 213 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 216 aa  93.2  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 207 aa  92.4  4e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  30.96 
 
 		 207 aa  92.8  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 211 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 202 aa  91.7  9e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 208 aa  91.3  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  32.09 
 
 		 221 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 225 aa  90.5  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  30.1 
 
 		 220 aa  89.7  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  34.16 
 
 		 214 aa  89.7  3e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  30.1 
 
 		 220 aa  89  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 200 aa  88.6  6e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  30.48 
 
 		 220 aa  88.6  6e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 208 aa  88.2  9e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  28.8 
 
 		 251 aa  87.4  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 208 aa  87.8  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1544  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 219 aa  87.4  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 244 aa  86.7  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 209 aa  86.3  3e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  30 
 
 		 219 aa  86.7  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 213 aa  85.9  4e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 212 aa  85.9  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 259 aa  85.5  5e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  26.15 
 
 		 224 aa  85.5  7e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  30.91 
 
 		 209 aa  85.1  7e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 206 aa  85.1  9e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 222 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 220 aa  84.3  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  28.78 
 
 		 224 aa  84.7  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 206 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  35.17 
 
 		 217 aa  84.3  0.000000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  27.66 
 
 		 217 aa  84  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 203 aa  84  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 210 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 206 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 206 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  27.98 
 
 		 208 aa  82.8  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  29 
 
 		 207 aa  82.4  0.000000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 247 aa  82  0.000000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 247 aa  82  0.000000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 207 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 207 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1551  transcription regulator protein  27.23 
 
 		 205 aa  81.3  0.00000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000200418  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 207 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3598  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 222 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.822043 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 228 aa  80.5  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 209 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  31.93 
 
 		 220 aa  79.3  0.00000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 231 aa  79.3  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  27.23 
 
 		 205 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  28.37 
 
 		 224 aa  78.6  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  28.81 
 
 		 226 aa  78.6  0.00000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  32.33 
 
 		 236 aa  78.2  0.00000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0232  TetR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 230 aa  78.2  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 207 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2416  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 192 aa  76.6  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5077  transcriptional regulator, TetR family  31.91 
 
 		 212 aa  75.9  0.0000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  26.27 
 
 		 230 aa  76.3  0.0000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 210 aa  76.3  0.0000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1709  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 224 aa  75.9  0.0000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.400859  normal  0.0301663 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0406  transcriptional regulator, TetR family  31.28 
 
 		 206 aa  75.9  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0181245  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 221 aa  75.5  0.0000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6592  TetR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 225 aa  75.5  0.0000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1981  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 227 aa  75.5  0.0000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0412771  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5246  TetR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 192 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 289 aa  74.3  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  28.5 
 
 		 207 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 236 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  26 
 
 		 250 aa  73.9  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  26.16 
 
 		 206 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0120  transcription regulator protein  29.5 
 
 		 209 aa  73.2  0.000000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8103  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 		 223 aa  73.6  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2309  transcriptional regulator, TetR family  32.24 
 
 		 204 aa  72.8  0.000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  27.62 
 
 		 216 aa  72.8  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>