More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3977 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3977  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 301 aa  615  1e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  32.73 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  30.98 
 
 		 318 aa  137  3.0000000000000003e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 307 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  29.02 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  29.5 
 
 		 272 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3976  helix-turn-helix domain-containing protein  29.09 
 
 		 336 aa  107  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5466  helix-turn-helix-domain containing protein AraC type  35.14 
 
 		 199 aa  106  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5716  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 304 aa  102  9e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  30.81 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 306 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 304 aa  99.8  6e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 302 aa  98.2  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 302 aa  98.2  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 306 aa  96.7  5e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 306 aa  96.7  5e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 299 aa  95.1  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 306 aa  93.6  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  28.5 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  28.42 
 
 		 331 aa  89.7  6e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 322 aa  87.8  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  27.09 
 
 		 302 aa  84.7  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0682  AraC family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  35.4 
 
 		 306 aa  82.4  0.000000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1981  AraC family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 384 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.382238  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0589  AraC family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 361 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  40.74 
 
 		 293 aa  81.3  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  37.86 
 
 		 294 aa  80.9  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 316 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 299 aa  79.7  0.00000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1857  helix-turn-helix domain-containing protein  35.92 
 
 		 126 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 309 aa  77.4  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 316 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  30.52 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 306 aa  75.1  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5827  helix-turn-helix domain-containing protein  24.38 
 
 		 316 aa  73.9  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112164  normal  0.283627 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 274 aa  73.9  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5992  AraC family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 348 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  normal  0.755382 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2973  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 127 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.947385  normal  0.597443 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5748  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.389978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5842  AraC family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.770334  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6209  AraC family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00677646 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1985  transcriptional activator FtrA  32.99 
 
 		 333 aa  72.8  0.000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0670847 
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  33.63 
 
 		 270 aa  72  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 157 aa  72  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 299 aa  71.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3453  transcriptional activator FtrA  40.43 
 
 		 320 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.171159  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4348  transcriptional activator FtrA  40.43 
 
 		 324 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000580095 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4913  transcriptional activator FtrA  40.43 
 
 		 320 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.860168  normal  0.680733 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4864  transcriptional activator FtrA  40.43 
 
 		 324 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.427794  hitchhiker  0.000178687 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4871  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 308 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412804  normal  0.401729 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5373  transcriptional activator FtrA  40.43 
 
 		 320 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.379602  normal  0.0775766 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0778  transcriptional activator FtrA  40.43 
 
 		 324 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.221913  normal  0.0400061 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  35.71 
 
 		 255 aa  71.6  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  29.81 
 
 		 300 aa  71.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3699  transcriptional activator FtrA  40.43 
 
 		 324 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.507684  normal  0.317961 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  26.28 
 
 		 282 aa  70.9  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6685  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 321 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.745893  normal  0.261527 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  34.58 
 
 		 202 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4074  helix-turn-helix domain-containing protein  34.95 
 
 		 300 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4441  transcriptional regulator, AraC family  34.95 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.440571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 204 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  26.73 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5330  AraC family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 325 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0697804 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  35.24 
 
 		 291 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 301 aa  70.5  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4555  transcriptional regulator, AraC family  34.95 
 
 		 315 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.897307 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1145  AraC family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 326 aa  70.9  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.480921  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  33.64 
 
 		 292 aa  70.1  0.00000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0573  transcriptional regulator  40 
 
 		 342 aa  70.1  0.00000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0972711  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2110  AraC family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2986  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 		 148 aa  69.7  0.00000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  33 
 
 		 338 aa  69.3  0.00000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 282 aa  69.3  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  28.9 
 
 		 304 aa  69.3  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 278 aa  69.3  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2830  helix-turn-helix domain-containing protein  42.17 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 291 aa  68.9  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  36.96 
 
 		 322 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 188 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 299 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 287 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 346 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1669  PAS fold-4 domain protein  38.46 
 
 		 261 aa  68.2  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  35 
 
 		 319 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4153  transcriptional regulator, AraC family  33.7 
 
 		 309 aa  67.4  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.24804 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2337  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 289 aa  67.4  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000580503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2934  helix-turn-helix domain-containing protein  24.4 
 
 		 310 aa  67.4  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0219137  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1880  AraC family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 327 aa  67  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 291 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2062  transcriptional activator FtrA  34.78 
 
 		 329 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2480  AraC family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 354 aa  67  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>