88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3953 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3953  hypothetical protein  100 
 
 		 389 aa  782    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0466  domain of unknown function DUF1745  54.03 
 
 		 385 aa  396  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2592  hypothetical protein  45.51 
 
 		 386 aa  309  5e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.71341  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1250  hypothetical protein  45.51 
 
 		 386 aa  309  5.9999999999999995e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.7579 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1931  hypothetical protein  45.91 
 
 		 385 aa  291  2e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.429127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2353  hypothetical protein  42.54 
 
 		 393 aa  283  3.0000000000000004e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.18015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2230  hypothetical protein  38.79 
 
 		 392 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0732  hypothetical protein  38.56 
 
 		 386 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0600  hypothetical protein  38.79 
 
 		 392 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1717  hypothetical protein  38.79 
 
 		 392 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1924  hypothetical protein  38.79 
 
 		 392 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2313  GfdT protein  38.79 
 
 		 392 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0710  hypothetical protein  38.79 
 
 		 384 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.251408  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1661  hypothetical protein  38.79 
 
 		 384 aa  253  6e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1939  hypothetical protein  38.06 
 
 		 384 aa  251  1e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1139  hypothetical protein  42.17 
 
 		 392 aa  250  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2663  hypothetical protein  39.58 
 
 		 387 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2171  hypothetical protein  39.16 
 
 		 387 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3140  hypothetical protein  39.32 
 
 		 387 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6102  domain of unknown function DUF1745  35.7 
 
 		 386 aa  241  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1527  hypothetical protein  40.86 
 
 		 390 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.039182 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2339  domain of unknown function DUF1745  35.98 
 
 		 383 aa  239  5e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.25177 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2881  hypothetical protein  40.86 
 
 		 390 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2247  hypothetical protein  34.78 
 
 		 382 aa  237  3e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.316904 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2724  domain of unknown function DUF1745  36.34 
 
 		 374 aa  236  7e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.43445  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1883  hypothetical protein  34.43 
 
 		 382 aa  235  1.0000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2675  hypothetical protein  38.37 
 
 		 399 aa  233  3e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0296571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3320  hypothetical protein  38.79 
 
 		 387 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0700  hypothetical protein  36 
 
 		 380 aa  227  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.155862  normal  0.0832434 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1872  hypothetical protein  34.49 
 
 		 381 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4193  domain of unknown function DUF1745  36.63 
 
 		 386 aa  224  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351241  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2940  hypothetical protein  39.25 
 
 		 402 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00513133 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38990  hypothetical protein  37.47 
 
 		 387 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.880326  normal  0.566256 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4045  hypothetical protein  33.6 
 
 		 378 aa  216  5.9999999999999996e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2479  hypothetical protein  34.74 
 
 		 379 aa  216  7e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.492023 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1816  protein of unknown function DUF1745  36.13 
 
 		 389 aa  216  8e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.988519 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2538  hypothetical protein  33.43 
 
 		 382 aa  214  1.9999999999999998e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3617  hypothetical protein  36.66 
 
 		 378 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0308687  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2201  domain of unknown function DUF1745  35.84 
 
 		 398 aa  211  1e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.290365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1925  hypothetical protein  35.84 
 
 		 398 aa  211  1e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.795435 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4519  domain of unknown function DUF1745  34.69 
 
 		 387 aa  209  5e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.317884  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3518  hypothetical protein  35.14 
 
 		 400 aa  207  3e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.49503  normal  0.689004 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3668  hypothetical protein  35.62 
 
 		 385 aa  205  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.432885  hitchhiker  0.00253652 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3141  hypothetical protein  28.88 
 
 		 460 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3551  hypothetical protein  31.18 
 
 		 371 aa  166  9e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2474  hypothetical protein  30.79 
 
 		 447 aa  160  3e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3344  hypothetical protein  30.81 
 
 		 464 aa  151  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2993  hypothetical protein  30.08 
 
 		 368 aa  144  3e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5004  chemotaxis sensory transducer  26.78 
 
 		 672 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.71371 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0696  transcriptional regulator, TrmB  22.14 
 
 		 512 aa  77.8  0.0000000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1241  hypothetical protein  26.14 
 
 		 381 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.430619 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1352  domain of unknown function DUF1745  27.47 
 
 		 396 aa  76.3  0.0000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.3322200000000001e-19 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2864  domain of unknown function DUF1745  27.54 
 
 		 396 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.965957  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2590  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.4 
 
 		 675 aa  73.2  0.000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.182127  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3322  domain of unknown function DUF1745  27.07 
 
 		 373 aa  72.8  0.000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2083  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  23.68 
 
 		 647 aa  72  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0223967  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1909  domain of unknown function DUF1745  25.13 
 
 		 408 aa  68.9  0.0000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3184  hypothetical protein  28.61 
 
 		 377 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2665  domain of unknown function DUF1745  27.43 
 
 		 427 aa  65.9  0.000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.955158 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2119  hypothetical protein  24.72 
 
 		 402 aa  64.7  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2305  domain of unknown function DUF1745  22.49 
 
 		 389 aa  64.7  0.000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1269  hypothetical protein  25.78 
 
 		 387 aa  64.3  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1203  sensor histidine kinase PAS domain-containing protein  21.51 
 
 		 932 aa  64.3  0.000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00343755  normal  0.259486 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1520  domain of unknown function DUF1745  25.62 
 
 		 1101 aa  63.5  0.000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.593307 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4141  hypothetical protein  24.64 
 
 		 365 aa  63.2  0.000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2954  hypothetical protein  25.81 
 
 		 395 aa  62.4  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2918  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.38 
 
 		 669 aa  61.2  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1866  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25 
 
 		 650 aa  60.5  0.00000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0012  hypothetical protein  27.43 
 
 		 379 aa  59.7  0.00000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0572769  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1202  fused sensor protein/response regulator  21.16 
 
 		 934 aa  58.9  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.127641  normal  0.087847 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0690  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  26.3 
 
 		 1186 aa  55.1  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3884  domain of unknown function DUF1745  32.64 
 
 		 1852 aa  54.7  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0982  domain of unknown function DUF1745  24.55 
 
 		 666 aa  53.1  0.000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.505903  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1204  sensor histidine kinase PAS domain-containing protein  19.02 
 
 		 931 aa  53.1  0.000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.271509 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4131  domain of unknown function DUF1745  23.96 
 
 		 396 aa  52.4  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2153  hypothetical protein  22.67 
 
 		 400 aa  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2151  hypothetical protein  21.64 
 
 		 383 aa  51.2  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.509879 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1476  domain of unknown function DUF1745  22 
 
 		 629 aa  50.1  0.00007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.153758  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0331  hypothetical protein  24.07 
 
 		 387 aa  48.9  0.0001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4040  domain of unknown function DUF1745  23.06 
 
 		 396 aa  48.9  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1899  hypothetical protein  23.16 
 
 		 395 aa  48.9  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.598311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3657  domain of unknown function DUF1745  22.82 
 
 		 416 aa  48.1  0.0003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0354  hypothetical protein  24.07 
 
 		 387 aa  47.4  0.0004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05570  hypothetical protein  28.3 
 
 		 387 aa  46.2  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2079  domain of unknown function DUF1745  22.16 
 
 		 417 aa  45.4  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00286991  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0690  hypothetical protein  25.4 
 
 		 376 aa  45.1  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000847515 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0824  hypothetical protein  24.4 
 
 		 379 aa  44.7  0.003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0526  hypothetical protein  25.78 
 
 		 380 aa  44.3  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>