250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3943 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_1932  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  70.21 
 
 
592 aa  856    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0203998 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0299  methanol dehydrogenase protein, large subunit, putative  61.35 
 
 
619 aa  774    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.0065801  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0476  quinoprotein glucose dehydrogenase  79.33 
 
 
600 aa  998    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3943  Pyrrolo-quinoline quinone  100 
 
 
601 aa  1236    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237421  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5444  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  78.15 
 
 
599 aa  988    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2578  putative PQQ dehydrogenase protein  78.7 
 
 
600 aa  989    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1781  Pyrrolo-quinoline quinone  78.87 
 
 
601 aa  988    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.981644  normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0344  Pyrrolo-quinoline quinone  56.47 
 
 
623 aa  680    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.122301  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2427  methanol dehydrogenase-like protein (xoxF)  65.39 
 
 
605 aa  813    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0410852  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4686  Pyrrolo-quinoline quinone  71.33 
 
 
607 aa  884    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.829526 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3106  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  67.22 
 
 
606 aa  826    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0421  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  69.06 
 
 
590 aa  887    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2145  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  76.98 
 
 
601 aa  956    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.885263  normal  0.307838 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0020  Pyrrolo-quinoline quinone  76.17 
 
 
600 aa  956    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2082  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  69.68 
 
 
588 aa  860    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.687191  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6478  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  65.39 
 
 
606 aa  820    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.975384  normal  0.155074 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4972  Pyrrolo-quinoline quinone  66.28 
 
 
608 aa  829    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.779778  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5977  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  80.63 
 
 
600 aa  1008    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.391325  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3393  putative methanol dehydrogenase protein, large subunit  66.78 
 
 
606 aa  818    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.078697  normal  0.0119159 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1761  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  78.41 
 
 
601 aa  961    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1236  Pyrrolo-quinoline quinone  78.54 
 
 
600 aa  987    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.278366 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1809  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  76.98 
 
 
601 aa  956    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1945  Pyrrolo-quinoline quinone  78.2 
 
 
600 aa  991    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.188003  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3040  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  69.13 
 
 
608 aa  827    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520136  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0508  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  77.68 
 
 
601 aa  950    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.619983  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2790  Pyrrolo-quinoline quinone  54.66 
 
 
615 aa  667    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5752  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  80.27 
 
 
599 aa  1000    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0649397 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1587  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  74.79 
 
 
601 aa  936    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.174692 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2260  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  62.61 
 
 
601 aa  738    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5968  methanol dehydrogenase large subunit  73.3 
 
 
601 aa  914    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.366255  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1829  Pyrrolo-quinoline quinone  53.76 
 
 
620 aa  634  1e-180  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.732346 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2314  Pyrrolo-quinoline quinone  54.95 
 
 
625 aa  630  1e-179  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000100555  unclonable  0.000000320672 
 
 
 
NC_002977  MCA0779  methanol dehydrogenase protein, large subunit  52.7 
 
 
601 aa  624  1e-177  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0879687  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1717  Pyrrolo-quinoline quinone  50.39 
 
 
620 aa  619  1e-176  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000584084  unclonable  0.000000429175 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2993  Pyrrolo-quinoline quinone  50.51 
 
 
632 aa  600  1e-170  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.391865  normal  0.445791 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4150  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  51.52 
 
 
626 aa  587  1e-166  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.383489  normal  0.812853 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2044  Pyrrolo-quinoline quinone  50.6 
 
 
599 aa  587  1e-166  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.115508  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4632  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  51.44 
 
 
626 aa  585  1e-166  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.271906 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4518  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  51.52 
 
 
626 aa  587  1e-166  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.966685  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8040  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  51.27 
 
 
629 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771392  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0471  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  50.32 
 
 
625 aa  580  1e-164  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4210  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  49.18 
 
 
627 aa  578  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.719388  normal  0.669409 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1907  Pyrrolo-quinoline quinone  50.5 
 
 
624 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0135977  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0700  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  50 
 
 
613 aa  547  1e-154  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3387  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  47.26 
 
 
601 aa  533  1e-150  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6351  Pyrrolo-quinoline quinone  49.57 
 
 
604 aa  530  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.346402  normal  0.871662 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1451  Pyrrolo-quinoline quinone  47.73 
 
 
616 aa  521  1e-146  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.924401  normal  0.0179554 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2994  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  45.47 
 
 
613 aa  490  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0170734 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2344  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  45.99 
 
 
611 aa  483  1e-135  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0903405  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3149  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  44.89 
 
 
631 aa  479  1e-134  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0099  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  45.64 
 
 
605 aa  475  1e-132  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.850532  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0693  Pyrrolo-quinoline quinone  41.73 
 
 
579 aa  369  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804984  normal  0.410128 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4873  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  39.73 
 
 
587 aa  367  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.518263  normal  0.0810929 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1339  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  39.54 
 
 
587 aa  363  3e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38566  normal  0.435914 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1540  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  39.54 
 
 
587 aa  363  3e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1784  Pyrrolo-quinoline quinone  40.49 
 
 
580 aa  356  6.999999999999999e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2100  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  40.11 
 
 
584 aa  356  8.999999999999999e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2494  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  39.79 
 
 
584 aa  354  2.9999999999999997e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.295659  normal  0.19306 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0473  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  38.1 
 
 
580 aa  353  5.9999999999999994e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0101481 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2409  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  38.86 
 
 
589 aa  352  1e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13814  normal  0.848808 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3624  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  39.5 
 
 
579 aa  352  2e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214303  hitchhiker  0.00920421 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2729  Pyrrolo-quinoline quinone  38.05 
 
 
602 aa  348  2e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556411  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2817  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  38.78 
 
 
602 aa  343  4e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0726  Pyrrolo-quinoline quinone  40.57 
 
 
549 aa  342  1e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0623502 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2679  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  36.86 
 
 
595 aa  341  2e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3084  Pyrrolo-quinoline quinone  36.86 
 
 
595 aa  341  2e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3124  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  36.68 
 
 
595 aa  340  4e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0497789  normal  0.831174 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1811  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.2 
 
 
582 aa  340  4e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000177841 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1855  Pyrrolo-quinoline quinone  38.92 
 
 
587 aa  340  5e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.668201  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6242  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  38.34 
 
 
597 aa  337  2.9999999999999997e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2255  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  36.33 
 
 
588 aa  334  3e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.217629  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5964  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase  37.92 
 
 
554 aa  333  4e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.206262  normal  0.383589 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1963  Pyrrolo-quinoline quinone  35.22 
 
 
591 aa  331  3e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0160229  normal  0.256272 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1887  quinoprotein alcohol dehydrogenase  36.17 
 
 
587 aa  327  3e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186722  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2451  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  38 
 
 
576 aa  326  7e-88  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1023  Pyrrolo-quinoline quinone  36.71 
 
 
593 aa  324  2e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0721  Pyrrolo-quinoline quinone  39.07 
 
 
702 aa  324  3e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760072 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2696  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.63 
 
 
726 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1001  Pyrrolo-quinoline quinone  37.7 
 
 
698 aa  315  1.9999999999999998e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.132908 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1741  Pyrrolo-quinoline quinone  37.52 
 
 
570 aa  310  4e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2673  quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  35.59 
 
 
588 aa  309  1.0000000000000001e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0513715  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0877  alcohol dehydrogenase large subunit  37.25 
 
 
720 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3312  quinoprotein alcohol dehydrogenase  36.48 
 
 
623 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38860  quinoprotein alcohol dehydrogenase  36.79 
 
 
623 aa  306  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1591  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  36.73 
 
 
583 aa  302  1e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.890828  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2870  Pyrrolo-quinoline quinone  35.35 
 
 
705 aa  301  3e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.489222  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5302  Pyrrolo-quinoline quinone  35.38 
 
 
721 aa  299  8e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.178096  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3601  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  35.86 
 
 
724 aa  299  1e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3129  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  35.64 
 
 
631 aa  298  2e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957958  normal  0.28425 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1957  Pyrrolo-quinoline quinone  36.21 
 
 
620 aa  297  4e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0809644  normal  0.548455 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5018  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  36.46 
 
 
697 aa  296  7e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.729726  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3089  Pyrrolo-quinoline quinone  35.3 
 
 
631 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326291  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2674  quinoprotein ethanol dehydrogenase  35.3 
 
 
631 aa  295  2e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0363  putative alcohol dehydrogenase precursor  35 
 
 
572 aa  291  2e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3110  Pyrrolo-quinoline quinone  35.2 
 
 
726 aa  289  1e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.125237 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2355  Pyrrolo-quinoline quinone  35.31 
 
 
730 aa  288  2e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0680369  normal  0.367457 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1306  Pyrrolo-quinoline quinone  33.57 
 
 
738 aa  287  2.9999999999999996e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0575142 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5155  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  33.85 
 
 
573 aa  287  4e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.843195 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0427  Pyrrolo-quinoline quinone  34.87 
 
 
706 aa  287  4e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.196079 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5126  Pyrrolo-quinoline quinone  33.85 
 
 
573 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281211  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>