129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3906 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3906  cupin 2 domain-containing protein  100 
 
 		 133 aa  262  1e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000227782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1491  cupin:protein of unknown function DUF861  65.41 
 
 		 133 aa  172  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2329  Cupin 2 conserved barrel domain protein  62.41 
 
 		 128 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0016638  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2654  Cupin 2 conserved barrel domain protein  69.23 
 
 		 128 aa  157  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.810725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2444  hypothetical protein  58.39 
 
 		 141 aa  153  6e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.406383  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2440  hypothetical protein  55.81 
 
 		 129 aa  151  2.9999999999999998e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0542121  normal  0.878166 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5381  Cupin 2 conserved barrel domain protein  53.91 
 
 		 132 aa  144  3e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4006  cupin 2 domain-containing protein  62.26 
 
 		 137 aa  143  6e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.244405  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3737  cupin 2 domain-containing protein  55.64 
 
 		 135 aa  139  9.999999999999999e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.107824  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4460  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.36 
 
 		 140 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0766179  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2205  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.22 
 
 		 141 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3695  cupin region  37.59 
 
 		 127 aa  73.6  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1605  cupin 2, barrel  38.28 
 
 		 127 aa  72.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.843392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1767  cupin 2, barrel  36.64 
 
 		 127 aa  72.4  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0773162  normal  0.597439 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4530  cupin 2 domain-containing protein  35.29 
 
 		 140 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.812738  normal  0.896938 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4123  hypothetical protein  37.69 
 
 		 129 aa  70.9  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.685288  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0348  hypothetical protein  36.09 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4316  cupin 2  37.69 
 
 		 146 aa  68.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3204  cupin region  36.14 
 
 		 150 aa  67.8  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0134576 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5386  hypothetical protein  37.12 
 
 		 127 aa  67.8  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.272839  normal  0.670212 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0116  cupin 2 domain-containing protein  31.06 
 
 		 136 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03510  hypothetical protein  37.23 
 
 		 135 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866507  hitchhiker  0.00000000000000348857 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3157  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.02 
 
 		 129 aa  65.1  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.737145  normal  0.282512 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1779  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.7 
 
 		 131 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6639  cupin 2 domain-containing protein  32.09 
 
 		 135 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0292958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0588  cupin 2 domain-containing protein  33.08 
 
 		 173 aa  60.5  0.000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00966189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1503  cupin 2 domain-containing protein  31.3 
 
 		 133 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4626  cupin 2 domain-containing protein  30.6 
 
 		 134 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000448523 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1706  cupin 2 protein  31.34 
 
 		 136 aa  60.5  0.000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.42595  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2343  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.34 
 
 		 139 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5430  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.69 
 
 		 139 aa  58.5  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0092  hypothetical protein  34.07 
 
 		 134 aa  57  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2420  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.16 
 
 		 135 aa  57  0.00000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796075 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5257  cupin 2, barrel  30.23 
 
 		 131 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5602  cupin 2 domain-containing protein  30.23 
 
 		 131 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.418121 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3788  cupin 2 domain-containing protein  31.3 
 
 		 133 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.140912  normal  0.456948 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5056  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.09 
 
 		 133 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370159 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0735  cupin 2 domain-containing protein  31.25 
 
 		 178 aa  55.5  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3724  hypothetical protein  34.04 
 
 		 157 aa  54.7  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6168  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.17 
 
 		 172 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5795  cupin 2 domain-containing protein  32.26 
 
 		 135 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.732811  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5642  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.06 
 
 		 179 aa  53.5  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5578  cupin 2 domain-containing protein  32.26 
 
 		 134 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0195  cupin domain-containing protein  38.27 
 
 		 318 aa  53.5  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.579249  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4181  cupin 2, barrel  38.14 
 
 		 151 aa  53.1  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4247  cupin 2 domain-containing protein  38.14 
 
 		 151 aa  53.1  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.308806 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4403  cupin 2 domain-containing protein  38.14 
 
 		 151 aa  53.1  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.707936  normal  0.738548 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1206  hypothetical protein  35.87 
 
 		 152 aa  52  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1684  cupin domain-containing protein  36.08 
 
 		 155 aa  52.4  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5346  cupin 2 domain-containing protein  32.61 
 
 		 171 aa  52.8  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0870556 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2920  cupin 2, barrel  31.52 
 
 		 134 aa  52  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.288591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1980  Cupin 2 conserved barrel domain protein  46.3 
 
 		 130 aa  50.4  0.000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2285  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.13 
 
 		 173 aa  50.4  0.000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0865  cupin 2 domain-containing protein  47.06 
 
 		 109 aa  50.1  0.00001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4136  Cupin 2 conserved barrel domain protein  54.55 
 
 		 127 aa  48.9  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8435  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.23 
 
 		 139 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6385  cupin 2 domain-containing protein  31.34 
 
 		 138 aa  48.5  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.128861 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2490  hypothetical protein  29.06 
 
 		 132 aa  48.1  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.440666  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1578  cupin region  30.77 
 
 		 134 aa  48.1  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.489903  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1426  hypothetical protein  32.17 
 
 		 130 aa  48.1  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.416507  normal  0.349881 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1602  cupin domain-containing protein  34.31 
 
 		 150 aa  47.8  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.433121  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2102  cupin 2 domain-containing protein  40.51 
 
 		 134 aa  47.4  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5828  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.14 
 
 		 112 aa  47.4  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4890  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.11 
 
 		 134 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.625882 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33680  Protein of unknown function (DUF861)  42.37 
 
 		 147 aa  47.4  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.741976  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5062  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.11 
 
 		 136 aa  47  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4505  cupin 2 domain-containing protein  36.96 
 
 		 145 aa  47  0.00008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1863  cupin 2 domain-containing protein  46 
 
 		 100 aa  46.2  0.0001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.524548 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0274  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  37.14 
 
 		 111 aa  46.6  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0688  hypothetical protein  51.16 
 
 		 126 aa  46.2  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00812076  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1396  cupin 2 domain-containing protein  40 
 
 		 102 aa  45.4  0.0002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6741  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.76 
 
 		 112 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.302286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2790  cupin 2 domain-containing protein  48.08 
 
 		 153 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 204 aa  45.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5450  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.69 
 
 		 137 aa  44.7  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.341388 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7013  transcriptional regulator  39.62 
 
 		 150 aa  44.7  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0483  cupin 2 domain-containing protein  31.58 
 
 		 111 aa  44.3  0.0005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6134  cupin region  31.46 
 
 		 138 aa  43.9  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6088  cupin 2 domain-containing protein  32.48 
 
 		 138 aa  44.3  0.0006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0831  hypothetical protein  32.11 
 
 		 130 aa  43.9  0.0007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.668197  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0909  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.98 
 
 		 137 aa  43.9  0.0007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1999  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.77 
 
 		 134 aa  43.9  0.0007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2973  hypothetical protein  28.26 
 
 		 133 aa  43.9  0.0008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.909683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2685  cupin 2 domain-containing protein  48.15 
 
 		 134 aa  43.9  0.0008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.477579  hitchhiker  0.0004758 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1466  XRE family transcriptional regulator  47.5 
 
 		 206 aa  43.5  0.0009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.609185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3731  AraC family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 253 aa  43.5  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5168  cupin 2, barrel  25.58 
 
 		 143 aa  43.5  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.244444 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3105  cupin 2 domain-containing protein  35.71 
 
 		 115 aa  43.5  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1026  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.36 
 
 		 120 aa  43.1  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.208422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0623  cupin 2 domain-containing protein  28.46 
 
 		 148 aa  43.5  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.339889  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 259 aa  43.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4326  cupin 2 domain-containing protein  29.29 
 
 		 140 aa  43.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.785226  normal  0.151311 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2685  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.21 
 
 		 170 aa  43.5  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.000141118  normal  0.192385 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6988  cupin 2 domain-containing protein  31.46 
 
 		 138 aa  43.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2501  cupin 2 domain-containing protein  44.44 
 
 		 135 aa  42.4  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.342935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4297  cupin 2 domain-containing protein  24.42 
 
 		 144 aa  42.7  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  33.9 
 
 		 188 aa  41.6  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2731  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.88 
 
 		 113 aa  42  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.497805  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  37.29 
 
 		 183 aa  41.6  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5737  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.25 
 
 		 139 aa  41.6  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>