More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3814 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 229 aa  457  9.999999999999999e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  65.87 
 
 		 268 aa  280  1e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1970  GntR family transcriptional regulator  53.12 
 
 		 225 aa  206  2e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  55.45 
 
 		 226 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  55.45 
 
 		 226 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  54.95 
 
 		 226 aa  198  5e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  53.37 
 
 		 240 aa  196  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  53.96 
 
 		 226 aa  196  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  46.95 
 
 		 231 aa  194  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  51.49 
 
 		 239 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  41.71 
 
 		 223 aa  153  2e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 222 aa  152  5e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  42.08 
 
 		 223 aa  151  8.999999999999999e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  41.71 
 
 		 223 aa  150  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  41.21 
 
 		 223 aa  149  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  41.71 
 
 		 223 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 223 aa  149  5e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  41.97 
 
 		 224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 223 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 223 aa  144  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 223 aa  144  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 223 aa  144  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  40.7 
 
 		 223 aa  144  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 233 aa  144  1e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 223 aa  142  4e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2063  GntR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 222 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00486577  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 223 aa  138  4.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 223 aa  138  7e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  38.14 
 
 		 226 aa  136  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  39.2 
 
 		 224 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 232 aa  135  4e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  34.13 
 
 		 226 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 214 aa  132  5e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  37.19 
 
 		 227 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 230 aa  128  6e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 229 aa  128  7.000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  36.06 
 
 		 222 aa  128  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  36.82 
 
 		 222 aa  125  7e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 245 aa  119  3.9999999999999996e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 206 aa  118  7e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 226 aa  118  9e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 232 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 217 aa  115  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0163  GntR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 229 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000281276 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 247 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 245 aa  113  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0182  GntR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 229 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.167799 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  34.72 
 
 		 225 aa  112  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 229 aa  111  8.000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 230 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2304  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 224 aa  110  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39728 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0181  GntR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 229 aa  109  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454577  normal  0.894817 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 236 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 267 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0050  GntR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 222 aa  108  5e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  35.89 
 
 		 232 aa  107  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5454  transcriptional regulator, GntR family  38.95 
 
 		 245 aa  106  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 218 aa  105  9e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5008  transcriptional regulator GntR  38.42 
 
 		 245 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.374928 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 235 aa  103  3e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 234 aa  102  5e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8462  transcriptional regulator, GntR family  40 
 
 		 218 aa  101  8e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0634777 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  29.19 
 
 		 229 aa  101  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  28.89 
 
 		 226 aa  100  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 213 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  28.8 
 
 		 229 aa  100  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3711  GntR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0988  transcriptional regulator, GntR family  31.28 
 
 		 227 aa  99.8  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 235 aa  100  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 232 aa  96.7  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 219 aa  97.1  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 219 aa  97.1  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 213 aa  96.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 235 aa  95.9  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6620  transcriptional regulator, GntR family  34.85 
 
 		 207 aa  95.5  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0364591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 229 aa  93.6  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4456  GntR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 213 aa  94  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4095  GntR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 223 aa  93.6  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 230 aa  93.2  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1876  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 248 aa  93.2  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  28.79 
 
 		 228 aa  92.4  4e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7582  GntR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 234 aa  92.4  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3891  transcriptional regulator, GntR family  33.82 
 
 		 263 aa  92.4  5e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.354634 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  26.46 
 
 		 215 aa  92.4  5e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 230 aa  92.4  5e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 226 aa  92.4  6e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 257 aa  92  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  33.52 
 
 		 223 aa  91.7  9e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 232 aa  90.5  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 209 aa  90.5  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  27.36 
 
 		 238 aa  90.9  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  31.88 
 
 		 257 aa  90.1  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3280  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 230 aa  90.1  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  29.95 
 
 		 224 aa  89.7  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0628  GntR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 213 aa  89.7  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721906  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  33.49 
 
 		 231 aa  89.4  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2320  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 207 aa  89.4  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  32.77 
 
 		 221 aa  89  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 260 aa  89  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>