More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3557 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3557  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 269 aa  544  1e-154  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2950  transcriptional regulator, AraC family  58.58 
 
 		 268 aa  296  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0105763  normal  0.912836 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2692  transcriptional regulator, AraC family  60.15 
 
 		 268 aa  295  8e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4209  transcriptional regulator, AraC family  55.64 
 
 		 275 aa  256  2e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0776695  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4319  transcriptional regulator, AraC family  55.64 
 
 		 259 aa  256  2e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.15706 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  50.75 
 
 		 266 aa  256  3e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0007  AraC family transcriptional regulator  51.48 
 
 		 272 aa  249  5e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3066  AraC family transcriptional regulator  51.15 
 
 		 275 aa  246  3e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.324544  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0040  transcriptional regulator, AraC family  49.81 
 
 		 268 aa  242  3.9999999999999997e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.451948  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4452  AraC family transcriptional regulator  47.43 
 
 		 275 aa  230  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.686924 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0617  AraC family transcriptional regulator  46.52 
 
 		 273 aa  224  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0294699 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4288  transcriptional regulator, AraC family  44.83 
 
 		 273 aa  206  4e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.170174 
 
 
-
 
NC_003296  RS01763  transcription regulator protein  45.56 
 
 		 274 aa  205  6e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.246898 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4183  AraC family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 264 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.928352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3802  AraC family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 264 aa  194  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00614706 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4705  AraC family transcriptional regulator  45.11 
 
 		 264 aa  192  7e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.974796  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0321  transcriptional regulator, AraC family  46.33 
 
 		 264 aa  188  8e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141392  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3564  AraC family transcriptional regulator  43.87 
 
 		 264 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.682974  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4803  AraC family transcriptional regulator  43.87 
 
 		 264 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5480  AraC family transcriptional regulator  43.87 
 
 		 264 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.280485 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2371  AraC family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 263 aa  185  5e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0360277  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0901  AraC family transcriptional regulator  44.36 
 
 		 264 aa  177  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2143  AraC family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 266 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0635753  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1126  AraC family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 266 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.209854  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0931  AraC family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 266 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.846737  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1568  AraC family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 266 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0287073  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0228  AraC family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 266 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2007  AraC family transcriptional regulator  44.53 
 
 		 266 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1986  AraC family transcriptional regulator  44.53 
 
 		 266 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5726  transcriptional regulator, AraC family  37.59 
 
 		 286 aa  155  5.0000000000000005e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  32.06 
 
 		 277 aa  141  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  29.96 
 
 		 275 aa  139  3.9999999999999997e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 279 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2537  AraC family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 312 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  30.45 
 
 		 278 aa  138  7.999999999999999e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 278 aa  136  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 278 aa  135  5e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 278 aa  135  5e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1688  AraC family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 280 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  29.57 
 
 		 275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 278 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 278 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 278 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 278 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 276 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 277 aa  127  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  35.63 
 
 		 273 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 281 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  30.8 
 
 		 271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 281 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  34.8 
 
 		 278 aa  125  6e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 279 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  32.42 
 
 		 284 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6409  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 258 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.586073  normal  0.525784 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0033  transcriptional regulator, AraC family  33.6 
 
 		 281 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2442  AraC family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 278 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1385  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 272 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.791872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4315  AraC family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 270 aa  123  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.627035  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2505  transcriptional regulator, AraC family  33.47 
 
 		 277 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.470919  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 279 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  33.85 
 
 		 276 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 277 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2434  AraC family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 273 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 284 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3801  transcriptional regulator, AraC family  28.78 
 
 		 278 aa  119  7e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 285 aa  117  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  32.05 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6121  AraC family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 289 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1212  transcriptional regulator, AraC-family  27.78 
 
 		 280 aa  116  5e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4280  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 281 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.682937 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2887  transcriptional regulator, AraC family  35.14 
 
 		 264 aa  115  6e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.700128 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  28.2 
 
 		 280 aa  115  6e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0918  transcriptional regulator, AraC family  33.21 
 
 		 283 aa  115  6e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.473523  normal  0.595819 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2165  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 277 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1472  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 269 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3237  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 281 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601996 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 276 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2552  transcriptional regulator, AraC family  34.63 
 
 		 288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.974489  normal  0.68822 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0806  transcriptional regulator, AraC family  36.19 
 
 		 355 aa  113  3e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.311156 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1056  AraC family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 306 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000221071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2911  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 277 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0516  putative transcriptional regulator  34.73 
 
 		 264 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05420  putative transcriptional regulator  34.09 
 
 		 264 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7070  transcriptional regulator AraC family  30.3 
 
 		 283 aa  112  5e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4086  AraC family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 281 aa  112  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2324  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 282 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3646  AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 275 aa  112  6e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0279  AraC family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 282 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.431722  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 276 aa  112  8.000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1460  AraC family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 282 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2749  putative transcriptional regulator  32.73 
 
 		 271 aa  112  9e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0886  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0312  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00105398  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2585  AraC family transcription regulator  30.38 
 
 		 284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.429451  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3654  putative transcriptional regulator  29.66 
 
 		 274 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.232111  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>