120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3523 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_3523  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  100 
 
 
548 aa  1090    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0068  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  28.76 
 
 
559 aa  150  4e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.503427 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6061  hypothetical protein  29.54 
 
 
599 aa  141  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2460  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  28.76 
 
 
587 aa  126  9e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.118018  normal  0.349655 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61190  hypothetical protein  26.56 
 
 
568 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.324339  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5270  hypothetical protein  26.61 
 
 
568 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02601  activation/secretion signal peptide protein  27.9 
 
 
557 aa  121  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.591465  normal  0.415625 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3648  putative activation/secretion signal peptide protein  27.79 
 
 
558 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1759  hypothetical protein  27.34 
 
 
551 aa  117  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.301432  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4351  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  26.31 
 
 
581 aa  116  8.999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.891663 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4241  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  26.31 
 
 
581 aa  116  8.999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.398994  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5786  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  29.07 
 
 
592 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.564372  normal  0.0223321 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1931  putative exported heme utilisation related protein  27.1 
 
 
559 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.560959  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1780  hypothetical protein  27.1 
 
 
551 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1044  hypothetical protein  26.86 
 
 
559 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0938674  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1491  hypothetical protein  26.86 
 
 
551 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0159  hypothetical protein  26.86 
 
 
551 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1007  hypothetical protein  26.86 
 
 
551 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3502  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25.5 
 
 
553 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.898931  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2550  hypothetical protein  25.59 
 
 
597 aa  108  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0719761  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1646  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  28.67 
 
 
569 aa  107  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2806  putative hemolysin activation/secretion signal peptide protein, FhaC/HxuB  28.27 
 
 
569 aa  107  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.142644 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2095  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  26.77 
 
 
592 aa  105  3e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1739  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25.4 
 
 
561 aa  101  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.484199  hitchhiker  0.0000499827 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1490  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25.96 
 
 
561 aa  101  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00938115  hitchhiker  0.0000615286 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1655  hypothetical protein  25.35 
 
 
588 aa  100  7e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1034  polypeptide-transport-associated, ShlB-type  25.6 
 
 
561 aa  100  8e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.278848  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1514  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25.6 
 
 
561 aa  100  8e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.343998  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5402  activation/secretion signal peptide protein  25.16 
 
 
555 aa  99.8  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0652  hypothetical protein  26.59 
 
 
558 aa  99  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0779  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  23.51 
 
 
747 aa  97.8  5e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000230796  normal  0.181114 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4655  hemolysin activation/secretion protein  24.3 
 
 
561 aa  97.1  8e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55265  normal  0.152827 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0351  hemolysin activation/secretion protein-like protein  24.95 
 
 
607 aa  96.7  9e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.410508  normal  0.212759 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1396  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  24.4 
 
 
561 aa  96.7  9e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304051  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1436  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  24.4 
 
 
561 aa  96.3  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0737479  normal  0.0360186 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1288  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25.69 
 
 
583 aa  95.9  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0488096  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3704  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  26.25 
 
 
554 aa  95.1  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.509582 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2383  hemolysin activation/secretion protein-like  25.3 
 
 
624 aa  92.8  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.418836  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1248  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  34.46 
 
 
560 aa  92.8  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.000540972  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0573  hypothetical protein  26.03 
 
 
574 aa  92.4  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3283  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  27.47 
 
 
585 aa  92  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.86575 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0618  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  26.1 
 
 
554 aa  92  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.475083  normal  0.135926 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4591  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  23.79 
 
 
552 aa  91.3  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0179388 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2861  hemolysin activation/secretion protein-like  24.17 
 
 
607 aa  90.9  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37880  hypothetical protein  25.92 
 
 
550 aa  90.5  7e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.335494  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0612  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25.5 
 
 
554 aa  89.7  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.331915  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1782  putative heme-hemopexin utilization protein B  25.05 
 
 
554 aa  89.4  2e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0147  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  24.41 
 
 
572 aa  88.6  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1285  hypothetical protein  23.25 
 
 
565 aa  88.2  4e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000102142  hitchhiker  0.0000179621 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0482  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  26.1 
 
 
579 aa  86.7  9e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0164401  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12270  hypothetical protein  25.99 
 
 
553 aa  85.9  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0300367  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1989  hemolysin activation/secretion protein-like  25.33 
 
 
587 aa  80.1  0.00000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0548358  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3190  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25.71 
 
 
589 aa  79.3  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.376319  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4107  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  27.15 
 
 
554 aa  79.3  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.416704  normal  0.195824 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1094  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  24.41 
 
 
571 aa  77.8  0.0000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1007  hemolysin activation/secretion protein-like  25.51 
 
 
567 aa  75.5  0.000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0011  hemolysin activation/secretion protein-like  25.51 
 
 
567 aa  75.1  0.000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.811976  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0746  hemolysin activation/secretion protein-like  25.51 
 
 
567 aa  75.1  0.000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.63759  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1054  activation/secretion signal peptide protein  25.69 
 
 
576 aa  73.9  0.000000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  unclonable  0.00000000217377  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3061  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25.04 
 
 
578 aa  70.5  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0377809  decreased coverage  0.00167141 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2178  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  22.45 
 
 
554 aa  69.7  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2173  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25.05 
 
 
692 aa  68.9  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0036053  normal  0.421945 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58890  putative hemolysin activation/secretion protein  34.56 
 
 
545 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0280329 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2107  activation/secretion signal peptide protein  28.05 
 
 
548 aa  68.2  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.385271  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03098  activation/secretion signal peptide protein  26.33 
 
 
556 aa  66.6  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.604865  normal  0.89886 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2696  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  23.47 
 
 
592 aa  65.9  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.763446 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1056  hemolysin activation/secretion protein-like  24.16 
 
 
576 aa  64.7  0.000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  unclonable  0.00000000536803  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1912  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  23.94 
 
 
558 aa  63.9  0.000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2665  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  35.45 
 
 
574 aa  64.3  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3431  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  30.59 
 
 
567 aa  62.8  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00052486 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5176  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25.51 
 
 
586 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.058555  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3175  putative lipoprotein  24.19 
 
 
596 aa  62.4  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.849554  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3313  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  24.19 
 
 
596 aa  62.4  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0503  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  24.43 
 
 
572 aa  62  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.376385  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1533  polypeptide-transport-associated, ShlB-type  23.78 
 
 
692 aa  60.8  0.00000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0363151  normal  0.0767157 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2993  hemolysin activation/secretion protein  25.81 
 
 
590 aa  60.5  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815358 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2281  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  24.39 
 
 
595 aa  59.7  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.127506  normal  0.282599 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3325  putative lipoprotein  24.19 
 
 
596 aa  59.7  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.112603  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2104  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  22.81 
 
 
538 aa  59.7  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.770543 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0281  surface antigen (D15)  25.87 
 
 
568 aa  59.7  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0939  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  21.13 
 
 
561 aa  58.9  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.247088  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2348  surface antigen variable number  23.37 
 
 
588 aa  58.5  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.825907  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3060  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  24.76 
 
 
590 aa  58.2  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0727  hemolysin activation/secretion protein-like  26.89 
 
 
575 aa  57.4  0.0000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.494827  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2523  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  20.83 
 
 
554 aa  57.4  0.0000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6761  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  21.74 
 
 
597 aa  57.4  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306562  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1143  surface antigen (D15)  25.09 
 
 
584 aa  57  0.0000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0908627  decreased coverage  0.00528068 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4013  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  29.49 
 
 
538 aa  56.6  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1153  OMP85 family outer membrane protein  23.67 
 
 
558 aa  55.5  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2002  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  26.52 
 
 
549 aa  56.2  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2395  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  24.28 
 
 
569 aa  55.8  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0690  Hemolysin activator HlyB domain protein  38.2 
 
 
442 aa  56.2  0.000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0281  surface antigen (D15)  26.09 
 
 
568 aa  55.1  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3152  hemolysin activator HlyB  28.02 
 
 
570 aa  54.7  0.000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0575639  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5358  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  21.37 
 
 
580 aa  54.7  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5773  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  26.9 
 
 
573 aa  54.7  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.105583  normal  0.539774 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2776  hypothetical protein  24.24 
 
 
562 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.816054  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7334  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  22.39 
 
 
610 aa  52.8  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.285673 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2576  hemolysin activation/secretion protein  26.99 
 
 
537 aa  52  0.00003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0052  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  21.17 
 
 
568 aa  52  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.148517  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>