117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3482 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_3482  hypothetical protein  100 
 
 
272 aa  558  1e-158  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00930264  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0199  hypothetical protein  65.04 
 
 
269 aa  341  9e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.362941  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4266  putative hydrolase protein  64.59 
 
 
274 aa  338  4e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4531  putative hydrolase protein  63.71 
 
 
277 aa  337  1e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.213453 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0670  hypothetical protein  56.77 
 
 
257 aa  309  3e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0804  hypothetical protein  63.44 
 
 
259 aa  306  2e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2031  putative benzoate transport protein  62.28 
 
 
647 aa  306  2e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2116  hypothetical protein  62.72 
 
 
263 aa  302  3e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1340  hypothetical protein  53.04 
 
 
259 aa  263  2e-69  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0169  hypothetical protein  50.56 
 
 
265 aa  256  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3160  hypothetical protein  50.99 
 
 
255 aa  253  3e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.254415  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0042  conserved hypothetical protein, putative alpha/beta hydrolase superfamily  52.33 
 
 
261 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0067  hypothetical protein  51.5 
 
 
264 aa  241  9e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0220  hypothetical protein  50.59 
 
 
261 aa  240  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0078  hypothetical protein  50.58 
 
 
257 aa  239  3e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0070  hypothetical protein  52.31 
 
 
257 aa  239  3e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.105753 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0639  hypothetical protein  48.83 
 
 
272 aa  238  1e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0484381 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4740  hypothetical protein  47.57 
 
 
252 aa  235  5e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.268463  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0340  hypothetical protein  49.44 
 
 
265 aa  232  6e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2092  hypothetical protein  50.89 
 
 
258 aa  227  2e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499722  normal  0.282599 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1904  hypothetical protein  46.99 
 
 
283 aa  225  5e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.490792 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1622  hypothetical protein  46.62 
 
 
271 aa  225  6e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0067083 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4230  hypothetical protein  50.22 
 
 
252 aa  223  2e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00845825 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1199  alpha/beta hydrolase fold  48.66 
 
 
290 aa  216  3e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0204  alpha/beta hydrolase fold  47.28 
 
 
264 aa  216  4e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1614  alpha/beta hydrolase fold  49.78 
 
 
265 aa  209  3e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0433205  decreased coverage  0.000315383 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0956  hypothetical protein  43.29 
 
 
249 aa  197  2e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.412658  normal  0.847152 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0384  hypothetical protein  42.23 
 
 
254 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.72124  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2038  hypothetical protein  41.43 
 
 
248 aa  192  7e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.965886  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0852  alpha/beta fold family hydrolase/acetyltransferase-like protein  40.8 
 
 
248 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2243  hypothetical protein  40.71 
 
 
251 aa  189  6e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1720  hypothetical protein  43.56 
 
 
247 aa  186  3e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3377  Alpha/beta hydrolase fold  39.32 
 
 
256 aa  183  2e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.189225  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2193  hypothetical protein  44.8 
 
 
252 aa  177  1e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0195926  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1102  hypothetical protein  42.61 
 
 
249 aa  169  5e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0231031  normal  0.0560372 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0208  alpha/beta hydrolase  41.52 
 
 
248 aa  158  9e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0472  putative hydrolase  37.33 
 
 
279 aa  155  7e-37  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.465833  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0802  alpha/beta fold family hydrolase  35.11 
 
 
253 aa  149  4e-35  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0687  alpha/beta hydrolase fold  37.72 
 
 
254 aa  145  8e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2757  hypothetical protein  41.59 
 
 
244 aa  142  8e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.128442  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0326  alpha/beta fold family hydrolase  35.81 
 
 
260 aa  141  1e-32  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0679  Alpha/beta hydrolase  35.04 
 
 
257 aa  139  6e-32  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0700  hypothetical protein  29.18 
 
 
276 aa  84.7  2e-15  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  1.40392e-07  hitchhiker  9.02529e-10 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0544  hypothetical protein  29.18 
 
 
276 aa  84.7  2e-15  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00193081  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2582  peptidase S15  27.11 
 
 
258 aa  63.9  2e-09  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1150  dienelactone hydrolase  22.98 
 
 
254 aa  62.8  6e-09  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3422  hydrolase-like protein  27.78 
 
 
264 aa  59.3  6e-08  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0986  hypothetical protein  32.19 
 
 
218 aa  58.9  1e-07  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.749741 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0212  dipeptidylaminopeptidase/acylaminoacyl- peptidase-like protein  24.36 
 
 
257 aa  56.2  6e-07  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0601  dienelactone hydrolase  25.51 
 
 
259 aa  55.5  8e-07  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0457  Lysophospholipase-like protein  27.04 
 
 
274 aa  55.5  1e-06  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1279  dipeptidyl aminopeptidase/acylaminoacyl-peptidase-like protein  24.24 
 
 
261 aa  54.7  2e-06  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000359236  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17390  hypothetical protein  28.28 
 
 
268 aa  53.5  4e-06  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6666  alpha/beta hydrolase fold  40 
 
 
294 aa  53.1  4e-06  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.203299  normal  0.734858 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5143  alpha/beta hydrolase fold protein  36.59 
 
 
275 aa  52.8  7e-06  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0222  alpha/beta hydrolase fold  40.7 
 
 
308 aa  52.4  9e-06  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.267301 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0893  alpha/beta fold family hydrolase-like protein  36.46 
 
 
210 aa  50.4  3e-05  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2424  putative enzyme (3.4.-)  26.06 
 
 
278 aa  50.1  4e-05  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1684  alpha/beta fold family hydrolase-like protein  35.71 
 
 
248 aa  50.1  4e-05  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0322  dipeptidylaminopeptidase/acylaminoacyl- peptidase-like protein  24.24 
 
 
274 aa  49.7  5e-05  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  3.37661e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1498  alpha/beta hydrolase fold  34.91 
 
 
324 aa  49.7  5e-05  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0068  alpha/beta hydrolase fold  26.56 
 
 
297 aa  48.1  0.0001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2695  hypothetical protein  27.35 
 
 
294 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0453  hypothetical protein  33.9 
 
 
239 aa  47.8  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.629046 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3320  putative hydrolase  26.42 
 
 
261 aa  48.1  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.859437  normal  0.797481 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1762  alpha/beta fold family hydrolase  26.61 
 
 
260 aa  47.4  0.0003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  3.26151e-06  normal  0.089199 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41750  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  26.7 
 
 
370 aa  47.4  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.942263  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2450  hypothetical protein  25.74 
 
 
258 aa  46.6  0.0005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2918  alpha/beta hydrolase fold  33.06 
 
 
312 aa  46.2  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.906544 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1258  putative hydrolase  32.03 
 
 
312 aa  46.2  0.0005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5020  putative alpha/beta hydrolase  27.64 
 
 
334 aa  45.8  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.479747 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3245  alpha/beta hydrolase fold  34.57 
 
 
271 aa  45.8  0.0008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3501  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  33.33 
 
 
374 aa  45.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0571139 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1483  hypothetical protein  27.48 
 
 
237 aa  45.4  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0592  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  27.78 
 
 
368 aa  45.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4079  alpha/beta hydrolase fold  33.73 
 
 
246 aa  45.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.313726 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1289  hypothetical protein  30.09 
 
 
219 aa  45.1  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.506664  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0553  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  27.78 
 
 
368 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0547  putative carboxylesterase  24.51 
 
 
269 aa  44.3  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00312098 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13000  hypothetical protein  31.25 
 
 
210 aa  44.7  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0879  alpha/beta fold family hydrolase  24.9 
 
 
267 aa  44.3  0.002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.889021  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1655  alpha/beta hydrolase fold  23.14 
 
 
273 aa  44.7  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.831884  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1673  alpha/beta hydrolase fold protein  34.23 
 
 
294 aa  44.3  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1093  hypothetical protein  30.09 
 
 
219 aa  44.3  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.408425 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0600  alpha/beta hydrolase fold protein  35.37 
 
 
253 aa  44.3  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000132287  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07460  lysophospholipase  36.84 
 
 
300 aa  44.7  0.002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.0863462 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0598  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  26.98 
 
 
368 aa  43.9  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0447613 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3190  alpha/beta hydrolase family protein  33.02 
 
 
201 aa  43.5  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0929  putative hydrolase  24.58 
 
 
252 aa  43.9  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.119531  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1479  alpha/beta hydrolase fold protein  25.51 
 
 
257 aa  43.9  0.003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5717  alpha/beta hydrolase fold  28.07 
 
 
270 aa  43.9  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2205  hypothetical protein  26.15 
 
 
260 aa  43.9  0.003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00108131  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6081  alpha/beta hydrolase fold  28.07 
 
 
270 aa  43.9  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1433  alpha/beta hydrolase fold  25.51 
 
 
257 aa  43.9  0.003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2061  alpha/beta hydrolase fold  36.71 
 
 
368 aa  43.5  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.112445  normal  0.60255 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1343  alpha/beta hydrolase fold protein  29.51 
 
 
293 aa  43.5  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0161559  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2612  alpha/beta hydrolase fold  39.06 
 
 
250 aa  43.5  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal  0.0292589 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5429  OsmC family protein  24.05 
 
 
397 aa  43.1  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0560  3-oxoadipate enol-lactonase  30.95 
 
 
262 aa  43.1  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.027284  normal  0.123793 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1407  alpha/beta fold family hydrolase-like protein  29.73 
 
 
221 aa  43.1  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.192028 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>