More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3422 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  595  1e-169  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  78.26 
 
 		 297 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  76.59 
 
 		 298 aa  452  1.0000000000000001e-126  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  76.77 
 
 		 298 aa  449  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  75.42 
 
 		 314 aa  432  1e-120  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  74.58 
 
 		 298 aa  425  1e-118  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  67.68 
 
 		 295 aa  391  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  66.55 
 
 		 304 aa  381  1e-105  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  57.24 
 
 		 306 aa  298  1e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  56.69 
 
 		 308 aa  286  4e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0543  LysR family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 309 aa  266  2e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.791494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  48.31 
 
 		 301 aa  264  1e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1717  transcriptional regulator, LysR family  51.07 
 
 		 323 aa  263  2e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1887  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 		 321 aa  260  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.337699  normal  0.210949 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 295 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 301 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 301 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 301 aa  251  9.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0399  LysR family transcriptional regulator  47.84 
 
 		 319 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2321  putative transcriptional regulator  44.08 
 
 		 319 aa  236  4e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3409  LysR family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 325 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155989  normal  0.11434 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 310 aa  228  1e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3916  LysR family transcriptional regulator  45.18 
 
 		 323 aa  227  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.61928 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  46.82 
 
 		 305 aa  225  8e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2085  LysR family transcriptional regulator  46.2 
 
 		 325 aa  223  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0073681  normal  0.210389 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4455  LysR family transcriptional regulator  45.51 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0871  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 302 aa  219  7e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4578  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 301 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.166046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3520  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 319 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.677616 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  41.97 
 
 		 307 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4003  LysR family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 339 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4363  LysR family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 339 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1270  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 307 aa  210  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 353 aa  207  1e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27440  putative transcriptional regulator  41.45 
 
 		 321 aa  206  3e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.016223  normal  0.601013 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2839  LysR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 300 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 313 aa  198  9e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 323 aa  192  4e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 		 317 aa  189  5e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46370  Transcriptional regulator, LysR-family  43.81 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.992428  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4909  transcriptional regulator, LysR family  39.79 
 
 		 313 aa  179  4.999999999999999e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.622222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2499  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 278 aa  177  2e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5091  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 328 aa  169  5e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.518904  normal  0.269776 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4218  transcriptional regulator, LysR family  41.96 
 
 		 300 aa  169  5e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2136  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  40.89 
 
 		 306 aa  159  4e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 315 aa  158  9e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.78 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2067  transcriptional regulator, LysR family  40.99 
 
 		 307 aa  151  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  37.38 
 
 		 323 aa  150  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 323 aa  150  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  32.78 
 
 		 309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 333 aa  147  3e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  30.92 
 
 		 314 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 322 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 329 aa  144  1e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 329 aa  144  2e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 308 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 308 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 316 aa  142  5e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 314 aa  142  6e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 301 aa  142  7e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  31.55 
 
 		 322 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 314 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 307 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 320 aa  139  6e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  31.58 
 
 		 327 aa  139  7e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  33.76 
 
 		 314 aa  138  8.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 327 aa  138  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  34.81 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  33.44 
 
 		 341 aa  137  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  29.35 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 326 aa  137  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  30.65 
 
 		 314 aa  136  4e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 432 aa  136  5e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 298 aa  136  5e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 342 aa  135  7.000000000000001e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  30.9 
 
 		 310 aa  135  8e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 315 aa  135  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 345 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 320 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4964  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 320 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 330 aa  133  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 310 aa  133  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 297 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>