261 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3405 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004311  BRA0516  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  82.82 
 
 		 419 aa  728    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.367443  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3153  extracellular solute-binding protein  71.7 
 
 		 417 aa  637    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000182033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2646  extracellular solute-binding protein family 1  79.71 
 
 		 419 aa  706    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0628324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2706  extracellular solute-binding protein  84.39 
 
 		 422 aa  717    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.5087  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0449  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  83.29 
 
 		 419 aa  733    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3405  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 419 aa  861    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3546  extracellular solute-binding protein  82.82 
 
 		 419 aa  731    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000421461  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2906  extracellular solute-binding protein family 1  80.65 
 
 		 419 aa  680    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.194008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2472  extracellular solute-binding protein  76 
 
 		 419 aa  633  1e-180  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.250047 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1356  extracellular solute-binding protein  69.52 
 
 		 418 aa  605  9.999999999999999e-173  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0142784  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1651  extracellular solute-binding protein  63.7 
 
 		 427 aa  570  1e-161  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.660801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4033  extracellular solute-binding protein  62.72 
 
 		 429 aa  516  1.0000000000000001e-145  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2657  extracellular solute-binding protein family 1  59.13 
 
 		 422 aa  499  1e-140  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.0000100934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0208  putative extracellular solute-binding protein  52.68 
 
 		 458 aa  451  1.0000000000000001e-126  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0085185  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0621  extracellular solute-binding protein  28.5 
 
 		 427 aa  145  9e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178997  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1301  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  26.96 
 
 		 441 aa  94  5e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2652  extracellular solute-binding protein family 1  28.74 
 
 		 424 aa  88.2  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.142803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2327  extracellular solute-binding protein family 1  27.71 
 
 		 424 aa  84.7  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.169538  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0238  extracellular solute-binding protein family 1  25.67 
 
 		 423 aa  84  0.000000000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  27.35 
 
 		 417 aa  80.9  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8236  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.44 
 
 		 434 aa  79.7  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.764848 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4984  extracellular solute-binding protein family 1  26.26 
 
 		 428 aa  78.2  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2016  extracellular solute-binding protein  26.05 
 
 		 408 aa  77.8  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13140  extracellular solute-binding protein family 1  25.56 
 
 		 424 aa  77  0.0000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1947  extracellular solute-binding protein  24.94 
 
 		 428 aa  76.3  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.709657  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3041  extracellular solute-binding protein  22.67 
 
 		 429 aa  75.5  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.887996  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 		 435 aa  74.7  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5331  extracellular solute-binding protein family 1  25.51 
 
 		 424 aa  73.9  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1999  extracellular solute-binding protein family 1  23.59 
 
 		 468 aa  73.2  0.000000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5736  ABC transporter, substrate-binding protein  26.85 
 
 		 410 aa  72.4  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.214535  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7218  extracellular solute-binding protein  24.29 
 
 		 412 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2391  extracellular solute-binding protein family 1  26.42 
 
 		 422 aa  72.4  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4936  extracellular solute-binding protein family 1  25.19 
 
 		 463 aa  72  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.105521 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1113  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  23.71 
 
 		 419 aa  72  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0203061  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3860  extracellular solute-binding protein family 1  25.19 
 
 		 463 aa  72  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.952749  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3675  extracellular solute-binding protein family 1  26.41 
 
 		 447 aa  71.2  0.00000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4932  extracellular solute-binding protein  28.45 
 
 		 419 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0434  extracellular solute-binding protein family 1  28.82 
 
 		 444 aa  70.1  0.00000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.205913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1010  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.81 
 
 		 380 aa  69.7  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.283496  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5048  extracellular solute-binding protein family 1  25.2 
 
 		 424 aa  68.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.133709  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  26.97 
 
 		 495 aa  67.8  0.0000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5201  extracellular solute-binding protein  29 
 
 		 420 aa  67  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5658  extracellular solute-binding protein  29 
 
 		 420 aa  67  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0866592  normal  0.356633 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4577  extracellular solute-binding protein  29 
 
 		 419 aa  67.4  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00216886 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5487  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 		 419 aa  67.4  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000866815 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0626  extracellular solute-binding protein  23.92 
 
 		 408 aa  67  0.0000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000892518  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3054  extracellular solute-binding protein family 1  24.57 
 
 		 429 aa  66.6  0.0000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0183103 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2008  ABC transporter extracellular solute-binding protein  26.17 
 
 		 408 aa  66.6  0.0000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.247518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3600  extracellular solute-binding protein family 1  22.86 
 
 		 425 aa  65.9  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4586  extracellular solute-binding protein family 1  26.54 
 
 		 417 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2696  extracellular solute-binding protein  24.77 
 
 		 420 aa  65.1  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.240659  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.53 
 
 		 458 aa  65.5  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.197851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6933  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  25.37 
 
 		 412 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0038808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  29.44 
 
 		 431 aa  64.7  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0434  extracellular solute-binding protein  24.38 
 
 		 452 aa  64.7  0.000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.396307 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3196  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 		 419 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.461238  normal  0.154514 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1291  extracellular solute-binding protein family 1  23.4 
 
 		 470 aa  63.9  0.000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  31.05 
 
 		 414 aa  63.5  0.000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4978  extracellular solute-binding protein family 1  26.51 
 
 		 437 aa  62.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09490  extracellular solute-binding protein family 1  24.77 
 
 		 424 aa  62  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.48456e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  28.64 
 
 		 434 aa  62  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0923  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  29.8 
 
 		 450 aa  61.6  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.293658  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1094  extracellular solute-binding protein  24.04 
 
 		 434 aa  60.5  0.00000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.161365  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1759  extracellular solute-binding protein family 1  25.45 
 
 		 436 aa  60.5  0.00000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.071409  normal  0.0857732 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.4 
 
 		 428 aa  60.8  0.00000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0159385 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  25.99 
 
 		 427 aa  60.1  0.00000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1355  extracellular solute-binding protein  26.62 
 
 		 422 aa  59.7  0.00000009  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.120515 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3409  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 		 451 aa  59.7  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000553575  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7922  extracellular solute-binding protein family 1  26.7 
 
 		 445 aa  58.9  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3775  extracellular solute-binding protein family 1  22.92 
 
 		 459 aa  58.9  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.137854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27700  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.01 
 
 		 426 aa  58.9  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0598  extracellular solute-binding protein family 1  23.21 
 
 		 446 aa  58.9  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.764573  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0296  hypothetical protein  25.93 
 
 		 439 aa  58.5  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1597  extracellular solute-binding protein family 1  28.63 
 
 		 456 aa  58.9  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2783  extracellular solute-binding protein family 1  24.78 
 
 		 431 aa  57.8  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.185157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2351  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 		 421 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576024  normal  0.167209 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0381  extracellular solute-binding protein family 1  25.83 
 
 		 421 aa  58.2  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1698  extracellular solute-binding protein family 1  24.93 
 
 		 447 aa  58.2  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1133  extracellular solute-binding protein family 1  23.9 
 
 		 451 aa  58.2  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3613  extracellular solute-binding protein family 1  24.31 
 
 		 429 aa  57.8  0.0000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.249837  normal  0.747368 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1306  extracellular solute-binding protein family 1  24.86 
 
 		 445 aa  57.8  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2404  extracellular solute-binding protein family 1  26.47 
 
 		 424 aa  57.8  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000132449  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4751  extracellular solute-binding protein family 1  28.06 
 
 		 417 aa  57.4  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137656  normal  0.378465 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0556  ABC transporter, solute-binding protein  27.3 
 
 		 461 aa  56.6  0.0000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.526712  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1060  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  23.89 
 
 		 408 aa  56.6  0.0000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.065415  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2997  extracellular solute-binding protein family 1  23.84 
 
 		 462 aa  56.6  0.0000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000366828  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1218  extracellular solute-binding protein family 1  26.13 
 
 		 444 aa  55.8  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7341  sugar ABC transporter sugar-binding protein  23.43 
 
 		 426 aa  55.8  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1126  extracellular solute-binding protein family 1  25.89 
 
 		 433 aa  55.8  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.162135  hitchhiker  0.000581091 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0882  extracellular solute-binding protein  27.22 
 
 		 412 aa  55.8  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.297168  normal  0.673205 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0540  ABC transporter, substrate-binding protein  27.04 
 
 		 461 aa  55.1  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2731  extracellular solute-binding protein family 1  22.78 
 
 		 454 aa  55.5  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4621  extracellular solute-binding protein family 1  24.61 
 
 		 413 aa  55.1  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5608  extracellular solute-binding protein family 1  24.4 
 
 		 427 aa  55.1  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.959607  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0825  extracellular solute-binding protein family 1  24.7 
 
 		 429 aa  54.7  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06270  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.2 
 
 		 426 aa  54.7  0.000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1529  extracellular solute-binding protein  25.09 
 
 		 439 aa  54.7  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3472  extracellular solute-binding protein family 1  23.08 
 
 		 413 aa  54.3  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7806  extracellular solute-binding protein family 1  26.83 
 
 		 452 aa  53.9  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0697  extracellular solute-binding protein family 1  28.22 
 
 		 433 aa  53.5  0.000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>