More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3381 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03749  DNA polymerase I  41.95 
 
 		 928 aa  717    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000312835  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4123  DNA polymerase I  41.95 
 
 		 928 aa  717    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000018502  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3655  DNA polymerase I  40.7 
 
 		 917 aa  640    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.498636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4382  DNA polymerase I  41.95 
 
 		 928 aa  717    Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000170331  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4103  DNA polymerase I  76.56 
 
 		 999 aa  1547    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1501  DNA polymerase I  55.62 
 
 		 1024 aa  1056    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1391  DNA polymerase I  58.95 
 
 		 1013 aa  1131    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.413806 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1841  DNA polymerase I  40.16 
 
 		 936 aa  654    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.721717  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0299  DNA polymerase I  76.69 
 
 		 992 aa  1583    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0021  DNA polymerase I  41.43 
 
 		 932 aa  698    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00121039  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2230  DNA polymerase I  40.61 
 
 		 946 aa  660    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03698  hypothetical protein  41.95 
 
 		 928 aa  717    Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000500829  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4978  DNA polymerase I  39.34 
 
 		 936 aa  651    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3967  DNA polymerase I  41.01 
 
 		 931 aa  699    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000137661  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0123  DNA polymerase I  74.4 
 
 		 979 aa  1545    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.389931  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5325  DNA polymerase I  41.57 
 
 		 947 aa  671    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2435  DNA polymerase I  41.05 
 
 		 937 aa  674    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.326826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0023  DNA polymerase I  41.43 
 
 		 932 aa  697    Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000103572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4337  DNA polymerase I  41.95 
 
 		 928 aa  717    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000947993  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1711  DNA polymerase I  42.23 
 
 		 943 aa  712    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.338945  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1429  DNA polymerase I  41.97 
 
 		 942 aa  709    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2744  DNA polymerase I  57.42 
 
 		 1043 aa  1106    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.560241 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0390  DNA polymerase I  40.68 
 
 		 923 aa  642    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0448  DNA polymerase I  40.88 
 
 		 923 aa  640    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.106408  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0378  DNA polymerase I  38.73 
 
 		 956 aa  645    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4419  DNA polymerase I  40.24 
 
 		 915 aa  659    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.251272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1853  DNA polymerase I  56.48 
 
 		 940 aa  681    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0210712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4195  DNA polymerase I  41.43 
 
 		 932 aa  697    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00580719  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0873  DNA polymerase I  41.93 
 
 		 941 aa  695    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504211  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2042  DNA polymerase I  41.55 
 
 		 937 aa  683    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.782294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00572  DNA polymerase I  41.17 
 
 		 930 aa  678    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0357  DNA polymerase I  61.23 
 
 		 1010 aa  1192    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.577843 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0280  DNA polymerase I  41.95 
 
 		 916 aa  723    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4152  DNA polymerase I  41.95 
 
 		 928 aa  717    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000213441  hitchhiker  0.000146367 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3094  DNA polymerase I  42.13 
 
 		 899 aa  687    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0105  DNA polymerase I  59.54 
 
 		 979 aa  1181    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1277 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1028  DNA polymerase I  53.84 
 
 		 937 aa  1026    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.447207  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1062  DNA polymerase I  41.11 
 
 		 934 aa  676    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2218  DNA polymerase I  40.9 
 
 		 917 aa  644    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4210  DNA polymerase I  41.75 
 
 		 928 aa  714    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0026674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0119  DNA polymerase I  74.8 
 
 		 978 aa  1547    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4231  DNA polymerase I  41.75 
 
 		 928 aa  714    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000696994  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0450  DNA polymerase I  49.5 
 
 		 941 aa  896    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2048  DNA polymerase I  37.67 
 
 		 1022 aa  639    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0044  DNA polymerase I  41 
 
 		 939 aa  728    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00167336  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3381  DNA polymerase I  100 
 
 		 1004 aa  2049    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.30865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2399  DNA polymerase I  55.46 
 
 		 1047 aa  1050    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.245921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0221  DNA polymerase I  55.9 
 
 		 973 aa  1055    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.978569  normal  0.324106 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2692  DNA polymerase I  42.13 
 
 		 899 aa  687    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.700333  hitchhiker  0.00010677 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0568  DNA polymerase I  40.18 
 
 		 905 aa  650    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2694  DNA polymerase I  55.36 
 
 		 1047 aa  1045    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0200  DNA polymerase I  53.94 
 
 		 937 aa  1031    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.932691 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2377  DNA polymerase I  60.29 
 
 		 1000 aa  1198    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0421438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4388  DNA polymerase I  41.85 
 
 		 928 aa  716    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00514081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0848  DNA polymerase I  60.72 
 
 		 1032 aa  1184    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0278  DNA polymerase I  49.61 
 
 		 945 aa  873    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1683  DNA polymerase I  55.43 
 
 		 929 aa  652    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.569036  normal  0.718828 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1325  DNA polymerase I  40.08 
 
 		 957 aa  664    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4281  DNA polymerase I  41.75 
 
 		 928 aa  714    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.729451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4857  DNA polymerase I  60.55 
 
 		 1021 aa  1189    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.450809 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0358  DNA polymerase I  40.73 
 
 		 910 aa  664    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.681988  normal  0.0403702 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1729  DNA polymerase I  41.73 
 
 		 944 aa  690    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3813  DNA polymerase I  43 
 
 		 939 aa  707    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.273799  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4088  DNA polymerase I  41.95 
 
 		 928 aa  719    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000478192  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0956  DNA polymerase I  60.78 
 
 		 1033 aa  1186    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0548  DNA polymerase I  41.58 
 
 		 928 aa  699    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.965006  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0453  DNA polymerase I  60.97 
 
 		 1014 aa  1175    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0419  DNA polymerase I  38.63 
 
 		 988 aa  644    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2909  DNA polymerase I  53.38 
 
 		 932 aa  1014    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.033314  normal  0.843304 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3769  DNA polymerase I  41 
 
 		 917 aa  643    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.662383  hitchhiker  0.00614094 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0678  DNA polymerase I  54.8 
 
 		 1016 aa  1030    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.80797  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2764  DNA polymerase I  56.87 
 
 		 935 aa  694    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0625  DNA polymerase I  47.92 
 
 		 937 aa  849    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.480617 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4493  DNA polymerase I  40.7 
 
 		 917 aa  640    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0227  DNA polymerase I  41.41 
 
 		 934 aa  687    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.774927  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4327  DNA polymerase I  41.75 
 
 		 928 aa  714    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.44762 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3945  DNA polymerase I  70.95 
 
 		 978 aa  1466    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4423  DNA polymerase I  76.34 
 
 		 1016 aa  1540    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1930  DNA polymerase I  40.66 
 
 		 927 aa  657    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.173956  normal  0.0298694 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0137  DNA polymerase I  74.1 
 
 		 976 aa  1541    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.909529  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0718  DNA polymerase I  40.02 
 
 		 951 aa  714    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3941  DNA polymerase I  41.58 
 
 		 924 aa  694    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5306  DNA polymerase I  41.95 
 
 		 928 aa  717    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000330989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00016  DNA polymerase I  41.21 
 
 		 930 aa  699    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0087  DNA polymerase I  43.3 
 
 		 903 aa  729    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4246  DNA polymerase I  41.95 
 
 		 928 aa  715    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000118244  normal  0.166094 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0016  DNA polymerase I  56.67 
 
 		 928 aa  709    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3243  DNA polymerase I  40.8 
 
 		 917 aa  641    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0154529 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5204  DNA polymerase I  61.4 
 
 		 1025 aa  1189    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1478  DNA polymerase I  41.2 
 
 		 941 aa  677    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.495398 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7357  DNA polymerase I  59.9 
 
 		 1020 aa  1140    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.409782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2689  DNA polymerase I  53.74 
 
 		 937 aa  1026    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.283059  normal  0.26219 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2409  DNA polymerase I  40.87 
 
 		 934 aa  694    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000078353  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0093  DNA-directed DNA polymerase  41.11 
 
 		 923 aa  669    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00183207  normal  0.0262318 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3872  DNA polymerase I  40.7 
 
 		 917 aa  640    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3902  DNA polymerase I  39.7 
 
 		 892 aa  659    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000292646  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3536  DNA polymerase I  55.15 
 
 		 1060 aa  1069    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.139482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2471  DNA polymerase I  55.36 
 
 		 1047 aa  1045    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0002  DNA polymerase I  63.05 
 
 		 968 aa  1294    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1542  DNA polymerase I  41.08 
 
 		 940 aa  664    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>