More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3376 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3376  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 197 aa  383  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.423093  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_3742  transcriptional regulator, TetR family  58.29 
 
 		 192 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007958  RPD_4359  regulatory protein, TetR  53.68 
 
 		 196 aa  161  7e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00193568  normal  1 
 
 
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NC_011004  Rpal_0972  transcriptional regulator, TetR family  56.84 
 
 		 194 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0921311  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_3694  TetR family transcriptional regulator  48.66 
 
 		 201 aa  137  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.735281  normal  1 
 
 
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NC_013739  Cwoe_5693  transcriptional regulator, TetR family  45.29 
 
 		 211 aa  114  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0563608  normal  0.866587 
 
 
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NC_013947  Snas_1955  transcriptional regulator, TetR family  42.2 
 
 		 202 aa  112  4.0000000000000004e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.22623  normal  1 
 
 
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NC_008148  Rxyl_1811  TetR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 209 aa  108  5e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007777  Francci3_0828  TetR family transcriptional regulator  42.78 
 
 		 225 aa  104  1e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008146  Mmcs_5168  TetR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 215 aa  104  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008705  Mkms_5257  TetR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 215 aa  104  1e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009077  Mjls_5549  TetR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 215 aa  104  1e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2925  transcriptional regulator, TetR family  42.21 
 
 		 198 aa  100  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_4543  putative transcriptional regulator, TetR family  37.89 
 
 		 205 aa  99.4  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0569885  normal  0.220748 
 
 
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NC_012669  Bcav_2327  transcriptional regulator, TetR family  38.17 
 
 		 192 aa  98.6  5e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.215572  normal  0.48242 
 
 
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NC_009921  Franean1_5710  TetR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 222 aa  98.6  5e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
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NC_009565  TBFG_10078  transcriptional regulator  36.73 
 
 		 201 aa  96.3  2e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.105796 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0858  regulatory protein TetR  36.73 
 
 		 201 aa  94.7  8e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00117784  n/a   
 
 
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NC_013441  Gbro_2693  regulatory protein TetR  35.83 
 
 		 192 aa  92.4  4e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0770653  n/a   
 
 
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NC_013510  Tcur_1778  transcriptional regulator, TetR family  40.98 
 
 		 211 aa  86.7  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
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NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  37.79 
 
 		 196 aa  84  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 196 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
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NC_011989  Avi_1736  transcriptional regulator TetR family  40 
 
 		 197 aa  82.4  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009719  Plav_2209  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 205 aa  82  0.000000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.539658  normal  1 
 
 
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NC_011366  Rleg2_5717  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 197 aa  80.5  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.985195 
 
 
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NC_011772  BCG9842_B0235  transcriptional regulator, TetR family  29.81 
 
 		 199 aa  79.7  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0309861  normal  1 
 
 
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NC_009620  Smed_3783  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 197 aa  79.7  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.539516 
 
 
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NC_012850  Rleg_0781  transcriptional regulator, TetR family  37.39 
 
 		 197 aa  79  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010322  PputGB1_2508  TetR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 195 aa  78.6  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332011  normal  0.924216 
 
 
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NC_012917  PC1_2482  transcriptional regulator, TetR family  32.75 
 
 		 196 aa  77.4  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009668  Oant_2845  TetR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 197 aa  77.8  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.735257  n/a   
 
 
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NC_009436  Ent638_2692  TetR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 195 aa  77.4  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal  1 
 
 
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NC_013421  Pecwa_2788  transcriptional regulator, TetR family  37.39 
 
 		 201 aa  75.9  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008699  Noca_1287  regulatory protein, TetR  37.5 
 
 		 234 aa  75.5  0.0000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009668  Oant_4165  TetR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 198 aa  74.7  0.0000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.774051  n/a   
 
 
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NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 198 aa  74.3  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
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NC_012848  Rleg_4654  transcriptional regulator, TetR family  35.34 
 
 		 199 aa  73.6  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.416931  normal  1 
 
 
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NC_011071  Smal_0425  transcriptional regulator, TetR family  37.39 
 
 		 195 aa  72.4  0.000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.752712  normal  0.122961 
 
 
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NC_009436  Ent638_3520  TetR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 198 aa  71.2  0.000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.140443 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10440  transcriptional regulator  30.64 
 
 		 211 aa  70.9  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0189255  normal  0.0235057 
 
 
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NC_008752  Aave_0390  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 230 aa  66.6  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_002947  PP_3960  TetR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 201 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110455  normal  0.471806 
 
 
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NC_009512  Pput_1866  TetR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 201 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.115406 
 
 
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NC_007908  Rfer_2067  TetR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 216 aa  65.9  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011992  Dtpsy_0319  transcriptional regulator, TetR family  41.76 
 
 		 206 aa  64.3  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010524  Lcho_3715  TetR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 208 aa  63.5  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158333 
 
 
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NC_009634  Mevan_0282  TetR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 201 aa  62.8  0.000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.356366  n/a   
 
 
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NC_003295  RSc0012  putative AcrAB operon repressor transcription regulator protein  41.46 
 
 		 219 aa  62.4  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.0464367 
 
 
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NC_011772  BCG9842_B5392  transcriptional regulator, TetR family protein  30.68 
 
 		 190 aa  62.4  0.000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008781  Pnap_2888  TetR family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 231 aa  62  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.465905  normal  0.0499957 
 
 
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NC_012791  Vapar_4830  transcriptional regulator, TetR family  46.97 
 
 		 226 aa  62  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.456248  n/a   
 
 
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NC_014165  Tbis_3071  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 210 aa  61.2  0.000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1569  putative transcriptional regulator  39.74 
 
 		 212 aa  61.6  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18080  TetR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 212 aa  61.2  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0947  TetR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 205 aa  61.2  0.000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0946183  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1521  TetR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.375612 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3259  transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 		 219 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.147915  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3421  transcriptional regulator, TetR family  46.97 
 
 		 223 aa  60.8  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288907  normal  1 
 
 
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NC_010622  Bphy_0477  TetR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178939  normal  0.0289146 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 259 aa  60.8  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00415  DNA-binding transcriptional repressor  31.34 
 
 		 215 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3146  transcriptional regulator, TetR family  31.34 
 
 		 215 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0376592  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3152  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  31.34 
 
 		 215 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00420  hypothetical protein  31.34 
 
 		 215 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5941  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 213 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1493  TetR family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 200 aa  60.5  0.00000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2034  TetR family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 228 aa  60.1  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.743283  decreased coverage  0.000716409 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0507  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  31.34 
 
 		 215 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.480121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3587  TetR family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 242 aa  60.1  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2048  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 249 aa  60.1  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 234 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5045  TetR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906168  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3744  transcriptional regulator, TetR family  46.97 
 
 		 223 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0396  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  31.34 
 
 		 215 aa  60.1  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0540  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  31.34 
 
 		 215 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0498  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  31.34 
 
 		 215 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 213 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 234 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5815  TetR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0554  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  31.34 
 
 		 215 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4122  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.389931  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0330  transcriptional regulator, TetR family  31.97 
 
 		 233 aa  59.7  0.00000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 228 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4364  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3714  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 208 aa  59.7  0.00000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2337  TetR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 214 aa  59.7  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0181151 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5318  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 197 aa  58.9  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0403  TetR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 204 aa  59.3  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.101074  normal  0.152412 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3524  TetR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 187 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0707  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 219 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013510  Tcur_1086  transcriptional regulator, TetR family  38.6 
 
 		 239 aa  59.3  0.00000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.566372  n/a   
 
 
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NC_013947  Snas_5925  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009436  Ent638_3703  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  42.19 
 
 		 215 aa  58.9  0.00000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83778 
 
 
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NC_010084  Bmul_0687  TetR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 261 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.794796  normal  0.223624 
 
 
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NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 238 aa  58.9  0.00000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
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NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 310 aa  58.5  0.00000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010625  Bphy_6268  TetR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 182 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.700387  normal  0.409486 
 
 
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NC_009921  Franean1_4043  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 228 aa  58.5  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.168546 
 
 
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NC_009921  Franean1_0700  TetR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 178 aa  58.5  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.665559 
 
 
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