More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3329 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3329  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 428 aa  872    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.955635  normal  0.757839 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4344  extracellular solute-binding protein family 1  68.46 
 
 		 428 aa  597  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0302279  hitchhiker  0.00000351134 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4015  extracellular solute-binding protein family 1  67.76 
 
 		 428 aa  597  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.946152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5580  ABC transporter/Periplasmic pectin oligomer binding protein  50.47 
 
 		 427 aa  431  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4006  extracellular solute-binding protein family 1  42.82 
 
 		 428 aa  325  7e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4335  extracellular solute-binding protein family 1  42.57 
 
 		 428 aa  324  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000444207 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3578  extracellular solute-binding protein  41.35 
 
 		 428 aa  306  4.0000000000000004e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.608798  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3326  extracellular solute-binding protein  37.03 
 
 		 453 aa  245  9e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00000398294  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3128  extracellular solute-binding protein family 1  36.52 
 
 		 450 aa  239  1e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0477771 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0437  extracellular solute-binding protein family 1  33.41 
 
 		 424 aa  236  6e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000010114  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29730  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  33.71 
 
 		 434 aa  234  2.0000000000000002e-60  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3119  extracellular solute-binding protein family 1  35.84 
 
 		 428 aa  228  1e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0589  extracellular solute-binding protein family 1  32.78 
 
 		 452 aa  218  2e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.289831  normal  0.0417818 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03450  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  30.99 
 
 		 416 aa  216  4e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.355174 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2081  extracellular solute-binding protein family 1  35.06 
 
 		 434 aa  216  5e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.159947  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0806  extracellular solute-binding protein family 1  30.3 
 
 		 437 aa  216  8e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0510551 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0780  extracellular solute-binding protein  32 
 
 		 436 aa  215  9.999999999999999e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0895  extracellular solute-binding protein family 1  31.17 
 
 		 436 aa  213  7e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.441999 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1702  sugar-binding protein  33.33 
 
 		 442 aa  210  3e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.981171  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0919  extracellular solute-binding protein family 1  32.75 
 
 		 441 aa  208  1e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2036  extracellular solute-binding protein family 1  31.75 
 
 		 439 aa  208  1e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.182591  normal  0.899466 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0970  extracellular solute-binding protein family 1  30.48 
 
 		 428 aa  202  7e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2537  extracellular solute-binding protein family 1  30.79 
 
 		 450 aa  202  9e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.272028  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05230  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  31.55 
 
 		 450 aa  200  3.9999999999999996e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.808581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1126  extracellular solute-binding protein  30.61 
 
 		 432 aa  189  5.999999999999999e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.190587  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3124  extracellular solute-binding protein family 1  28.21 
 
 		 429 aa  186  9e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0621948 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1199  extracellular solute-binding protein family 1  30.52 
 
 		 432 aa  183  4.0000000000000006e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000829014 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0499  extracellular solute-binding protein family 1  30.3 
 
 		 434 aa  182  9.000000000000001e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000057577 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1049  extracellular solute-binding protein family 1  30.05 
 
 		 437 aa  181  2e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.340866 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3899  extracellular solute-binding protein family 1  29.79 
 
 		 435 aa  179  1e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3324  extracellular solute-binding protein  27.92 
 
 		 427 aa  177  3e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000420771  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2460  extracellular solute-binding protein family 1  31.08 
 
 		 441 aa  171  2e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.372805  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3329  extracellular solute-binding protein  29.04 
 
 		 431 aa  171  3e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0332045  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3131  extracellular solute-binding protein family 1  28.28 
 
 		 422 aa  166  9e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00803878 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29740  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  31.99 
 
 		 437 aa  165  1.0000000000000001e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0897  extracellular solute-binding protein family 1  26.87 
 
 		 446 aa  158  2e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0316444  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05420  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.46 
 
 		 438 aa  157  4e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0143899  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0793  extracellular solute-binding protein family 1  29.11 
 
 		 442 aa  155  1e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0145438 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4051  extracellular solute-binding protein family 1  28.12 
 
 		 434 aa  153  5e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0697  extracellular solute-binding protein family 1  25.24 
 
 		 433 aa  152  1e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1534  extracellular solute-binding protein family 1  27.68 
 
 		 436 aa  150  5e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.191711  decreased coverage  0.00957964 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3557  extracellular solute-binding protein family 1  27.09 
 
 		 458 aa  147  4.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2228  extracellular solute-binding protein family 1  26.1 
 
 		 460 aa  147  5e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.754729 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4050  extracellular solute-binding protein family 1  24.76 
 
 		 433 aa  144  2e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3292  extracellular solute-binding protein  24.58 
 
 		 428 aa  135  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.309737 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3784  extracellular solute-binding protein family 1  26.35 
 
 		 430 aa  134  3e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3369  extracellular solute-binding protein family 1  25.93 
 
 		 430 aa  133  5e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2197  extracellular solute-binding protein family 1  24.43 
 
 		 429 aa  132  7.999999999999999e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.700843  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4040  extracellular solute-binding protein family 1  26.37 
 
 		 434 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2648  oligogalacturonide ABC transporter periplasmic oligogalacturonide-binding protein  25.28 
 
 		 430 aa  130  4.0000000000000003e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.316005  normal  0.159215 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1904  extracellular solute-binding protein family 1  24.43 
 
 		 429 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.172949  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1688  oligogalacturonide ABC transporter, periplasmic oligogalacturonide-binding protein  25.28 
 
 		 430 aa  130  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0550228  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1798  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 		 430 aa  130  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.763472  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3402  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 		 451 aa  128  2.0000000000000002e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000236647  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2037  extracellular solute-binding protein family 1  24.16 
 
 		 430 aa  126  7e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0777  extracellular solute-binding protein  26.72 
 
 		 428 aa  125  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2647  extracellular solute-binding protein family 1  25.42 
 
 		 446 aa  124  4e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.890591  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1966  extracellular solute-binding protein family 1  23.6 
 
 		 430 aa  122  8e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.810983  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0825  extracellular solute-binding protein family 1  24.46 
 
 		 429 aa  122  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2102  extracellular solute-binding protein family 1  25.66 
 
 		 439 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2395  extracellular solute-binding protein family 1  25.94 
 
 		 451 aa  119  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2376  extracellular solute-binding protein family 1  27.41 
 
 		 438 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0558  extracellular solute-binding protein family 1  24.08 
 
 		 444 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2144  extracellular solute-binding protein family 1  25.06 
 
 		 432 aa  100  4e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0619  extracellular solute-binding protein  23.88 
 
 		 463 aa  85.1  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000037115  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  23.69 
 
 		 411 aa  84.7  0.000000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3771  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 		 421 aa  83.6  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0476  ABC transporter, substrate-binding protein  26.79 
 
 		 427 aa  81.3  0.00000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  28.65 
 
 		 411 aa  79.3  0.0000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 415 aa  79  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4988  extracellular solute-binding protein  25.84 
 
 		 414 aa  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.601947  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  29.12 
 
 		 504 aa  77.4  0.0000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  24.9 
 
 		 415 aa  77  0.0000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2571  extracellular solute-binding protein  23.15 
 
 		 417 aa  76.6  0.0000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 		 424 aa  76.3  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05090  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.26 
 
 		 430 aa  75.9  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1634  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  23.17 
 
 		 416 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2315  extracellular solute-binding protein family 1  23.33 
 
 		 503 aa  75.5  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.32 
 
 		 407 aa  75.5  0.000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1899  extracellular solute-binding protein, putative  23.17 
 
 		 416 aa  74.7  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.41529  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2603  extracellular solute-binding protein family 1  27.76 
 
 		 445 aa  74.7  0.000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0144502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20630  extracellular solute-binding protein family 1  23.12 
 
 		 414 aa  72.4  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2164  extracellular solute-binding protein family 1  24.91 
 
 		 435 aa  72.8  0.00000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2546  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 		 488 aa  72.4  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.39868  normal  0.139719 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0523  extracellular solute-binding protein  26.29 
 
 		 416 aa  72.4  0.00000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3775  extracellular solute-binding protein family 1  24.76 
 
 		 459 aa  72.8  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.137854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  26.84 
 
 		 423 aa  72.4  0.00000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2818  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 		 488 aa  72  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.179577  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0501  extracellular solute-binding protein family 1  27.27 
 
 		 433 aa  72.4  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.0000488029  hitchhiker  0.0000184856 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2201  extracellular solute-binding protein  29.14 
 
 		 420 aa  71.6  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.455559  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 		 410 aa  71.2  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16660  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  35.21 
 
 		 406 aa  70.9  0.00000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.613471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  27.72 
 
 		 411 aa  70.9  0.00000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0183  extracellular solute-binding protein family 1  31.11 
 
 		 429 aa  69.7  0.00000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0698  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.59 
 
 		 366 aa  69.3  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436581  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2504  extracellular solute-binding protein family 1  28.41 
 
 		 442 aa  69.3  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  26.63 
 
 		 422 aa  69.3  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6090  extracellular solute-binding protein family 1  24.02 
 
 		 425 aa  68.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0381  extracellular solute-binding protein family 1  25.11 
 
 		 421 aa  68.2  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 		 410 aa  68.2  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>