More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3321 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  100 
 
 
240 aa  484  1e-136  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  44.93 
 
 
243 aa  166  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  44.73 
 
 
262 aa  161  9e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  40.08 
 
 
249 aa  146  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  40.91 
 
 
272 aa  142  6e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  40.91 
 
 
268 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  40.43 
 
 
255 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3584  GntR-like  33.61 
 
 
275 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1469  GntR domain protein  39.45 
 
 
250 aa  138  7.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.934444  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8124  GntR domain protein  36.77 
 
 
250 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  41.74 
 
 
268 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  40.51 
 
 
249 aa  135  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  40.72 
 
 
251 aa  135  5e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  41.88 
 
 
270 aa  135  5e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  39 
 
 
274 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  40.53 
 
 
249 aa  135  8e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  37.18 
 
 
246 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  38.43 
 
 
251 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  37.18 
 
 
248 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  40.44 
 
 
234 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  39.5 
 
 
244 aa  131  9e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  36.68 
 
 
251 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 
247 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  35.29 
 
 
229 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 
248 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  39.08 
 
 
273 aa  128  6e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  39.91 
 
 
237 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  35.75 
 
 
229 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  41.2 
 
 
273 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  39.06 
 
 
237 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1636  GntR domain-containing protein  35.71 
 
 
266 aa  126  4.0000000000000003e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000195276  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  37.14 
 
 
249 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  37 
 
 
247 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  37.83 
 
 
247 aa  125  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  37.45 
 
 
249 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  41.04 
 
 
255 aa  124  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  38.26 
 
 
245 aa  123  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  36.77 
 
 
253 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 
254 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  37.04 
 
 
249 aa  122  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  32.89 
 
 
240 aa  122  5e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  37.92 
 
 
249 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  37.92 
 
 
249 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  37.92 
 
 
249 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  36.36 
 
 
238 aa  121  9e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  36.63 
 
 
253 aa  121  9e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6265  GntR domain protein  37.12 
 
 
254 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.610791 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  38.75 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5446  GntR domain protein  37.44 
 
 
237 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0117781 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6442  GntR domain protein  37.12 
 
 
254 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.143546 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  39.63 
 
 
232 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2069  GntR domain-containing protein  38.36 
 
 
225 aa  119  3.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354488  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  38.26 
 
 
234 aa  118  9e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  35.81 
 
 
248 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  35.8 
 
 
253 aa  116  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  35.8 
 
 
253 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  34.18 
 
 
251 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0447  GntR-like  40.82 
 
 
264 aa  115  5e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5177  regulatory protein GntR HTH  36.07 
 
 
238 aa  115  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.835231  normal  0.258028 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  37.39 
 
 
234 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  38.67 
 
 
264 aa  115  8.999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  40.43 
 
 
272 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  39.19 
 
 
247 aa  113  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  37.1 
 
 
234 aa  112  4.0000000000000004e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  34.62 
 
 
235 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3981  GntR domain-containing protein  36.04 
 
 
233 aa  112  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4644  GntR domain-containing protein  42.22 
 
 
274 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.028465  normal  0.119949 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3405  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
239 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3050  GntR domain-containing protein  34.65 
 
 
239 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0593714 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  39.13 
 
 
299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1116  GntR domain-containing protein  41.56 
 
 
244 aa  108  6e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  37.95 
 
 
250 aa  108  9.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  37.5 
 
 
246 aa  108  9.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  36.15 
 
 
246 aa  108  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  36.15 
 
 
246 aa  108  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1157  GntR-like  34.21 
 
 
252 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00396004  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  36.56 
 
 
236 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3401  GntR domain-containing protein  34.8 
 
 
235 aa  107  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3719  GntR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
237 aa  105  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.589527 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  41.01 
 
 
233 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3664  GntR family transcriptional regulator  37.39 
 
 
249 aa  104  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.514259  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3401  GntR domain-containing protein  38.12 
 
 
233 aa  104  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.334761  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  33.33 
 
 
241 aa  104  1e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  36.56 
 
 
242 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  37.44 
 
 
242 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  32.59 
 
 
241 aa  103  3e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  40.55 
 
 
233 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5903  GntR family transcriptional regulator  37.23 
 
 
288 aa  102  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210517  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  29.78 
 
 
245 aa  102  6e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1023  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 
215 aa  101  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4447  GntR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
252 aa  101  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.614266  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
233 aa  100  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5539  regulatory protein GntR HTH  32.57 
 
 
237 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  38.79 
 
 
240 aa  100  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  40.09 
 
 
259 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000856086  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  36.57 
 
 
253 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4422  GntR domain-containing protein  38.66 
 
 
234 aa  99.8  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99346  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  36.57 
 
 
238 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26860  GntR family regulatory protein  30.43 
 
 
241 aa  98.6  7e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>