More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3309 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 209 aa  436  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7013  transcriptional regulator  55.41 
 
 		 150 aa  186  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  48.04 
 
 		 201 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  43.02 
 
 		 208 aa  172  2.9999999999999996e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 209 aa  172  5e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  43.01 
 
 		 209 aa  171  6.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 210 aa  167  9e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 208 aa  167  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  44.57 
 
 		 208 aa  166  2e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  40.56 
 
 		 207 aa  166  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  40.56 
 
 		 207 aa  166  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 276 aa  165  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2483  DNA-binding protein  42.22 
 
 		 198 aa  164  8e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 203 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  44.61 
 
 		 222 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  40.11 
 
 		 215 aa  163  2.0000000000000002e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4037  DNA-binding protein  43.09 
 
 		 199 aa  162  3e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  44 
 
 		 210 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  39.78 
 
 		 207 aa  161  6e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  41.97 
 
 		 210 aa  159  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 259 aa  145  5e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1466  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 206 aa  144  1e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.609185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  39.27 
 
 		 211 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  37.06 
 
 		 204 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 215 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 211 aa  119  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 251 aa  119  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0168  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 227 aa  112  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2158  XRE family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 239 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.181964 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0477  XRE family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 204 aa  107  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.566181  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  34.24 
 
 		 262 aa  106  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1469  XRE family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 201 aa  102  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.978322 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2007  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 205 aa  101  7e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1227  transcriptional regulator  32.35 
 
 		 220 aa  101  9e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 212 aa  98.6  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 197 aa  94.7  8e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 197 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 197 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  34.36 
 
 		 196 aa  92  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 198 aa  87  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 196 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 180 aa  83.6  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 204 aa  82.4  0.000000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 179 aa  82.4  0.000000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  32.98 
 
 		 197 aa  81.6  0.000000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 187 aa  79.7  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 180 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  32.4 
 
 		 187 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  32.4 
 
 		 187 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  32.4 
 
 		 187 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 192 aa  78.6  0.00000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 180 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 180 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 219 aa  77.4  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 219 aa  77.4  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 219 aa  77.4  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  31.44 
 
 		 199 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  33.52 
 
 		 182 aa  77  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  31.44 
 
 		 199 aa  77  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 		 180 aa  76.6  0.0000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 180 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 180 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  32.96 
 
 		 224 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 180 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  31.84 
 
 		 187 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  31.84 
 
 		 187 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  31.84 
 
 		 187 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  31.84 
 
 		 187 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 187 aa  75.1  0.0000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  28.8 
 
 		 179 aa  74.7  0.0000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  29.29 
 
 		 188 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  28.04 
 
 		 188 aa  73.9  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 187 aa  73.6  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1721  XRE family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 201 aa  72.8  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 192 aa  72.8  0.000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 187 aa  72.4  0.000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  27.51 
 
 		 188 aa  72.8  0.000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 220 aa  72.4  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 176 aa  71.6  0.000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  27.07 
 
 		 188 aa  71.2  0.000000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1398  XRE family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 184 aa  71.6  0.000000000009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.365461  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 192 aa  71.2  0.000000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  30.46 
 
 		 225 aa  70.9  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 187 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  29.03 
 
 		 201 aa  70.5  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 224 aa  70.5  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  27.81 
 
 		 197 aa  70.1  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0316  cupin 2 domain-containing protein  25.41 
 
 		 184 aa  70.5  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2171  transcriptional regulator  28.18 
 
 		 184 aa  69.7  0.00000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.809699 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 191 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  29.03 
 
 		 205 aa  69.7  0.00000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0521  cupin 2 domain-containing protein  25.97 
 
 		 184 aa  69.7  0.00000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 182 aa  69.3  0.00000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0154  XRE family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 182 aa  68.9  0.00000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  29.82 
 
 		 232 aa  68.6  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  27.32 
 
 		 191 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  29.84 
 
 		 201 aa  68.9  0.00000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 181 aa  68.6  0.00000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0587  cupin 2 domain-containing protein  26.35 
 
 		 184 aa  68.6  0.00000000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>