More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3213 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 
242 aa  490  1e-137  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  73.84 
 
 
245 aa  363  2e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  71.67 
 
 
240 aa  350  8e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  69.07 
 
 
236 aa  336  1.9999999999999998e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  65.37 
 
 
231 aa  315  5e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  64.66 
 
 
234 aa  310  9e-84  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  64.66 
 
 
234 aa  310  9e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  63.75 
 
 
242 aa  286  2e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1278  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.65 
 
 
238 aa  262  4e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.56 
 
 
234 aa  251  1e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1033  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.36 
 
 
238 aa  250  2e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0785928  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3448  DNA polymerase III subunit epsilon  54.82 
 
 
230 aa  244  9.999999999999999e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.5 
 
 
232 aa  241  6e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.59 
 
 
239 aa  239  2e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.98 
 
 
236 aa  239  2.9999999999999997e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2539  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.52 
 
 
235 aa  236  2e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.74 
 
 
239 aa  236  2e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.97 
 
 
231 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2858  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.63 
 
 
243 aa  235  4e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.629828  normal  0.501512 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.81 
 
 
232 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.38 
 
 
231 aa  231  6e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.79 
 
 
231 aa  231  6e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.05 
 
 
241 aa  229  4e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4282  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.05 
 
 
240 aa  228  5e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0555283 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1236  putative DNA polymerase III, epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease  55.56 
 
 
229 aa  227  1e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.63 
 
 
231 aa  227  1e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.63 
 
 
236 aa  226  2e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.312232 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2673  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.51 
 
 
237 aa  226  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.510131 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2897  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.56 
 
 
229 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0541355  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.05 
 
 
236 aa  226  2e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2815  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.62 
 
 
239 aa  225  6e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.75 
 
 
228 aa  224  1e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1831  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.83 
 
 
240 aa  221  7e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0389617 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0113  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.65 
 
 
230 aa  216  2.9999999999999998e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2838  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.79 
 
 
231 aa  214  7e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0462127 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  50 
 
 
244 aa  208  6e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.28 
 
 
230 aa  207  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2978  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.79 
 
 
230 aa  205  5e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2209  DNA polymerase III subunit epsilon  47.98 
 
 
241 aa  205  5e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000456486  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0803  DNA polymerase III subunit epsilon  50 
 
 
244 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1284  DNA polymerase III subunit epsilon  50 
 
 
244 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000499827  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1041  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.88 
 
 
241 aa  202  3e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  48.73 
 
 
240 aa  202  5e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  48.73 
 
 
240 aa  202  5e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  47.18 
 
 
249 aa  202  6e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  48.73 
 
 
253 aa  201  8e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  48.73 
 
 
253 aa  201  8e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  48.73 
 
 
253 aa  201  8e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  48.73 
 
 
253 aa  201  8e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  48.73 
 
 
253 aa  201  8e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.3 
 
 
239 aa  199  3e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2791  DNA polymerase III subunit epsilon  47.68 
 
 
241 aa  199  3e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0063034  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4426  DNA polymerase III subunit epsilon  47.39 
 
 
244 aa  199  5e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000436585  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.78 
 
 
239 aa  198  6e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2874  DNA polymerase III subunit epsilon  46.61 
 
 
244 aa  198  7e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0167654  normal  0.331291 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  49.16 
 
 
240 aa  198  7e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.56 
 
 
226 aa  198  7.999999999999999e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2036  DNA polymerase III subunit epsilon  58.29 
 
 
244 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.31 
 
 
236 aa  197  1.0000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1161  DNA polymerase III subunit epsilon  58.29 
 
 
244 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.383588  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  46.47 
 
 
244 aa  193  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.25 
 
 
225 aa  193  2e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29590  DNA polymerase III subunit epsilon  46.31 
 
 
244 aa  193  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340517  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1250  DNA polymerase III subunit epsilon  46.81 
 
 
244 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687426  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.5 
 
 
235 aa  192  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  56.25 
 
 
242 aa  192  4e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.31 
 
 
237 aa  191  9e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  51.71 
 
 
242 aa  190  1e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0564  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.62 
 
 
248 aa  189  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0400  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.62 
 
 
248 aa  189  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.87 
 
 
243 aa  189  2.9999999999999997e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  55.21 
 
 
242 aa  189  4e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.87 
 
 
237 aa  189  4e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0749  DNA polymerase III subunit epsilon  42.86 
 
 
245 aa  189  4e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.153552  normal  0.249034 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0912  DNA polymerase III subunit epsilon  45.49 
 
 
246 aa  188  5.999999999999999e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5011  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.45 
 
 
238 aa  188  8e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0108  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.37 
 
 
231 aa  188  9e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.223432  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3393  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.8 
 
 
246 aa  186  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.882986  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  47.74 
 
 
238 aa  186  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2814  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.71 
 
 
243 aa  186  2e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2379  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.11 
 
 
237 aa  187  2e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2138  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.45 
 
 
237 aa  187  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00985286 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3480  DNA polymerase III subunit epsilon  45.02 
 
 
246 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2148  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.22 
 
 
235 aa  185  4e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.356082  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41050  DNA polymerase III subunit epsilon  45.02 
 
 
246 aa  185  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0229  DNA polymerase III subunit epsilon  45.38 
 
 
246 aa  186  4e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0164844  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3450  DNA polymerase III subunit epsilon  45.38 
 
 
246 aa  185  5e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.258177  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0211  DNA polymerase III subunit epsilon  45.38 
 
 
243 aa  185  5e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0218  DNA polymerase III subunit epsilon  45.38 
 
 
243 aa  185  5e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00177967  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0221  DNA polymerase III subunit epsilon  45.38 
 
 
243 aa  185  5e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.777271  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00208  DNA polymerase III subunit epsilon  45.38 
 
 
243 aa  185  6e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.58 
 
 
243 aa  185  6e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00213  hypothetical protein  45.38 
 
 
243 aa  185  6e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0227  DNA polymerase III subunit epsilon  44.96 
 
 
243 aa  184  8e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.302916  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.13 
 
 
238 aa  184  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2187  DNA polymerase III subunit epsilon  43.85 
 
 
252 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.800091 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0501  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.49 
 
 
238 aa  182  3e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.872409  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3135  DNA polymerase III subunit epsilon  44.26 
 
 
245 aa  182  3e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.530396  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1144  DNA polymerase III subunit epsilon  44.67 
 
 
245 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03210  DNA polymerase III subunit epsilon  44.3 
 
 
238 aa  181  6e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>