More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3139 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
BN001303  ANIA_04462  pyruvate carboxylase (Eurofung)  48.58 
 
 		 1196 aa  1058    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.736357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1923  pyruvate carboxylase  48.05 
 
 		 1128 aa  968    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4167  pyruvate carboxylase  86.46 
 
 		 1154 aa  2073    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1716  pyruvate carboxylase  84.45 
 
 		 1158 aa  2014    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0258  pyruvate carboxylase  52.22 
 
 		 1148 aa  1176    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000175777 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2428  pyruvate carboxylase  53.92 
 
 		 1148 aa  1229    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0297637  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4065  pyruvate carboxylase  53.53 
 
 		 1148 aa  1234    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164116  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0704  pyruvate carboxylase  49.74 
 
 		 1147 aa  1155    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2549  pyruvate carboxylase  53.57 
 
 		 1149 aa  1229    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.011252  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3513  pyruvate carboxylase  47.05 
 
 		 1128 aa  938    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3994  pyruvate carboxylase  53.53 
 
 		 1148 aa  1235    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.882525  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5521  pyruvate carboxylase  60.57 
 
 		 1173 aa  1417    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2457  pyruvate carboxylase  46.75 
 
 		 1127 aa  997    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000300234 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4454  pyruvate carboxylase  50.57 
 
 		 1149 aa  1124    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1781  pyruvate carboxylase  84.45 
 
 		 1158 aa  2014    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09250  pyruvate carboxylase  48.09 
 
 		 1127 aa  993    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.582484 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3859  pyruvate carboxylase  53.44 
 
 		 1148 aa  1234    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2995  pyruvate carboxylase  54.47 
 
 		 1149 aa  1220    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3690  pyruvate carboxylase  53.52 
 
 		 1148 aa  1235    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2485  pyruvate carboxylase  65.36 
 
 		 1145 aa  1559    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3707  pyruvate carboxylase  53.53 
 
 		 1148 aa  1235    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.863258  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1298  pyruvate carboxylase  46.94 
 
 		 1132 aa  961    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.936184 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3962  pyruvate carboxylase  53.31 
 
 		 1148 aa  1234    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3839  pyruvate carboxylase  86.73 
 
 		 1154 aa  2075    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1547  pyruvate carboxylase  48.14 
 
 		 1132 aa  967    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.108639 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4375  pyruvate carboxylase  85.55 
 
 		 1153 aa  2022    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4144  pyruvate carboxylase  65.85 
 
 		 1144 aa  1539    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_006691  CNF00650  pyruvate carboxylase, putative  48.77 
 
 		 1103 aa  952    Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.242761  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3215  pyruvate carboxylase  54.07 
 
 		 1148 aa  1218    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0972  pyruvate carboxylase  52.91 
 
 		 1165 aa  1221    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0428493 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4717  pyruvate carboxylase  60.6 
 
 		 1169 aa  1382    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.513127  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0937  pyruvate carboxylase  48.31 
 
 		 1128 aa  969    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.218136  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2165  pyruvate carboxylase  47.15 
 
 		 1145 aa  961    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49339  precursor of carboxylase pyruvate carboxylase  47.07 
 
 		 1264 aa  1019    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6501  pyruvate carboxylase  47.17 
 
 		 1127 aa  914    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.697042 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0273  pyruvate carboxylase  52.22 
 
 		 1148 aa  1176    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.322255  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2090  pyruvate carboxylase  64.76 
 
 		 1154 aa  1517    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3773  pyruvate carboxylase  53.18 
 
 		 1148 aa  1227    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.333  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1957  pyruvate carboxylase  53.91 
 
 		 1148 aa  1230    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7328  pyruvate carboxylase  60.48 
 
 		 1172 aa  1415    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.402433 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5973  pyruvate carboxylase  48.44 
 
 		 1125 aa  997    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0816  pyruvate carboxylase  53.65 
 
 		 1148 aa  1230    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.000000167673  hitchhiker  0.00000000644662 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1152  pyruvate carboxylase  47 
 
 		 1126 aa  958    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1360  pyruvate carboxylase  70.35 
 
 		 1147 aa  1669    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0615601 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0402  pyruvate carboxylase  66.64 
 
 		 1147 aa  1555    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4157  pyruvate carboxylase  53.44 
 
 		 1148 aa  1234    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.820084  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1751  pyruvate carboxylase  48.7 
 
 		 1124 aa  985    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.942344  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1174  pyruvate carboxylase  51.66 
 
 		 1150 aa  1182    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.810456  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1121  pyruvate carboxylase  66.93 
 
 		 1153 aa  1573    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2317  pyruvate carboxylase  66.49 
 
 		 1146 aa  1542    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18300  pyruvate carboxylase  47.93 
 
 		 1134 aa  990    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.154517 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3015  pyruvate carboxylase  53.98 
 
 		 1148 aa  1232    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.240304  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0317  pyruvate carboxylase  46.55 
 
 		 1136 aa  908    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.557231  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1877  pyruvate carboxylase  46.44 
 
 		 1138 aa  917    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0010898  normal  0.0198778 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2669  pyruvate carboxylase  68.11 
 
 		 1164 aa  1602    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0529984  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1816  pyruvate carboxylase  47.93 
 
 		 1129 aa  979    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2649  pyruvate carboxylase  52.75 
 
 		 1148 aa  1223    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00733169  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2781  pyruvate carboxylase  65.48 
 
 		 1146 aa  1539    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.34557 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_90975  Pyruvate carboxylase  47.63 
 
 		 1179 aa  1029    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.301663  normal  0.518395 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3114  pyruvate carboxylase  53.89 
 
 		 1148 aa  1216    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.558705  n/a   
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_30519  precursor of carboxylase pyruvate carboxylase  46.87 
 
 		 1252 aa  1004    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1989  pyruvate carboxylase  47.75 
 
 		 1131 aa  959    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1190  pyruvate carboxylase  53.62 
 
 		 1148 aa  1238    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1638  pyruvate carboxylase  60.29 
 
 		 1167 aa  1367    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1119  pyruvate carboxylase  84.33 
 
 		 1169 aa  2017    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0765  pyruvate carboxylase  64.76 
 
 		 1154 aa  1518    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.531635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2028  pyruvate carboxylase  66.29 
 
 		 1146 aa  1543    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1196  pyruvate carboxylase  51.66 
 
 		 1150 aa  1182    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1943  pyruvate carboxylase  47.75 
 
 		 1131 aa  959    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.845538  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2041  pyruvate carboxylase  48.92 
 
 		 1128 aa  977    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32964  predicted protein  46.61 
 
 		 1132 aa  967    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0171502  normal  0.395627 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0677  pyruvate carboxylase  64.25 
 
 		 1154 aa  1528    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00418471 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3329  pyruvate carboxylase  82.71 
 
 		 1158 aa  1957    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4597  pyruvate carboxylase  85.75 
 
 		 1157 aa  2051    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4198  pyruvate carboxylase  47.46 
 
 		 1148 aa  965    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.721945 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4050  pyruvate carboxylase  53.36 
 
 		 1148 aa  1232    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.898796  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0519  pyruvate carboxylase  49.13 
 
 		 1144 aa  1155    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0980  pyruvate carboxylase  53.48 
 
 		 1147 aa  1266    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.125957  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1142  pyruvate carboxylase  62.96 
 
 		 1146 aa  1507    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0248368  normal  0.044238 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5754  pyruvate carboxylase  60.65 
 
 		 1169 aa  1419    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.345143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12982  pyruvate carboxylase  46.74 
 
 		 1127 aa  926    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1852  pyruvate carboxylase  53.66 
 
 		 1147 aa  1269    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0696  pyruvate carboxylase  50.52 
 
 		 1137 aa  1137    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13810  pyruvate carboxylase  45.98 
 
 		 1172 aa  933    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1546  pyruvate carboxylase  48.74 
 
 		 1131 aa  968    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.623048  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3139  pyruvate carboxylase  100 
 
 		 1184 aa  2434    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10083  pyruvate carboxylase  51.51 
 
 		 1150 aa  1202    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.667166  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2907  pyruvate carboxylase  52.78 
 
 		 1148 aa  1177    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000167641  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1336  pyruvate carboxylase  53.17 
 
 		 1148 aa  1208    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.441133  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6118  pyruvate carboxylase  86.53 
 
 		 1165 aa  2069    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.410789 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2160  pyruvate carboxylase  31.88 
 
 		 1229 aa  466  9.999999999999999e-131  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0873  pyruvate carboxylase  31.72 
 
 		 1230 aa  467  9.999999999999999e-131  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2308  pyruvate carboxylase  30.74 
 
 		 1229 aa  461  9.999999999999999e-129  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0690  pyruvate carboxylase  31.41 
 
 		 1230 aa  452  1e-125  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.775311  normal  0.465507 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2081  pyruvate carboxylase  31.24 
 
 		 1238 aa  435  1e-120  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1065  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  49.45 
 
 		 448 aa  434  1e-120  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000015139  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1511  pyruvate carboxylase subunit A  47.72 
 
 		 472 aa  432  1e-119  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.473143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1379  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  48.25 
 
 		 453 aa  429  1e-118  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.34087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1555  pyruvate carboxylase subunit A  46.79 
 
 		 472 aa  424  1e-117  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0832777 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2426  pyruvate carboxylase subunit A  47.03 
 
 		 498 aa  425  1e-117  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>