More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3108 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3108  thiamine transporter membrane protein  100 
 
 		 531 aa  1012    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4267  thiamine transporter membrane protein  57.68 
 
 		 542 aa  486  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1758  thiamine transporter membrane protein  53.31 
 
 		 543 aa  448  1.0000000000000001e-124  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.000432752  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1141  thiamine transporter membrane protein  52.13 
 
 		 541 aa  426  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.661169  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3260  thiamine transporter membrane protein  51.63 
 
 		 545 aa  402  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0386  thiamine transporter membrane protein  41.9 
 
 		 534 aa  353  4e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.127364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2118  thiamine transporter membrane protein  42.6 
 
 		 530 aa  330  4e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0350  thiamine transporter membrane protein  41.48 
 
 		 540 aa  328  1.0000000000000001e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00789  thiamine transporter membrane protein  40.8 
 
 		 516 aa  324  2e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3620  thiamine transporter membrane protein  41.89 
 
 		 535 aa  323  5e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.393942  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0059  thiamine transporter membrane protein  42.53 
 
 		 536 aa  323  6e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0071  thiamine transporter membrane protein  42.74 
 
 		 536 aa  322  9.000000000000001e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001685  thiamin ABC transporter transmembrane component  41.2 
 
 		 516 aa  322  9.999999999999999e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3590  thiamine transporter membrane protein  42.74 
 
 		 536 aa  322  9.999999999999999e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.838581  hitchhiker  0.00000463415 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0069  thiamine transporter membrane protein  42.53 
 
 		 536 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3532  thiamine ABC transporter, inner membrane subunit  43.16 
 
 		 536 aa  320  3e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0071  thiamine transporter membrane protein  42.32 
 
 		 536 aa  320  3e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.818645  normal  0.387113 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00069  thiamin ABC transporter membrane protein  43.16 
 
 		 536 aa  319  1e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0072  thiamine transporter membrane protein  42.23 
 
 		 536 aa  318  1e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00068  hypothetical protein  43.16 
 
 		 536 aa  319  1e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0113  thiamine transporter membrane protein  42.31 
 
 		 536 aa  316  7e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.195449 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0114  thiamine transporter membrane protein  42.31 
 
 		 536 aa  316  8e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.576888 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0118  thiamine transporter membrane protein  42.31 
 
 		 536 aa  316  8e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0333218 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0111  thiamine transporter membrane protein  42.31 
 
 		 536 aa  315  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3809  thiamine transporter membrane protein  40.86 
 
 		 535 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0118  thiamine transporter membrane protein  42.31 
 
 		 536 aa  314  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0614  thiamine transporter membrane protein  41.01 
 
 		 536 aa  314  1.9999999999999998e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.012901 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3543  thiamine transporter membrane protein  40.81 
 
 		 535 aa  309  6.999999999999999e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3415  thiamine transporter membrane protein  40.81 
 
 		 535 aa  309  9e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2944  thiamine transporter membrane protein  40.6 
 
 		 535 aa  307  3e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.305825 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0736  thiamine transporter membrane protein  41.83 
 
 		 535 aa  305  2.0000000000000002e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3471  thiamine ABC transporter, inner membrane subunit  40.59 
 
 		 509 aa  293  5e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1012  thiamine transporter membrane protein  35.81 
 
 		 514 aa  278  1e-73  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.775062  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0622  thiamine transporter membrane protein  41.76 
 
 		 536 aa  274  3e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2799  thiamine transporter membrane protein  43.6 
 
 		 504 aa  266  5.999999999999999e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0059  thiamine transporter membrane protein  43.33 
 
 		 504 aa  266  8e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0583  thiamine transporter membrane protein  41.58 
 
 		 537 aa  265  2e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.221441  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2817  thiamine transporter membrane protein  41.36 
 
 		 523 aa  258  2e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.229213  normal  0.678489 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1199  thiamine ABC transporter, inner membrane subunit  40.98 
 
 		 555 aa  246  6.999999999999999e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.60189  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0329  thiamine transporter membrane protein  39.45 
 
 		 521 aa  239  5.999999999999999e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.356206 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1392  thiamine transporter membrane protein  55.72 
 
 		 504 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.2 
 
 		 510 aa  117  5e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.31572  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.82 
 
 		 540 aa  113  1.0000000000000001e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.666018  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0434  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.17 
 
 		 544 aa  109  1e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.10733  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 		 606 aa  101  3e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.09 
 
 		 565 aa  99.4  1e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0487  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.95 
 
 		 515 aa  99  2e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.56 
 
 		 597 aa  93.6  8e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0144  thiamine ABC transporter, permease protein  25.25 
 
 		 560 aa  92  2e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.997679  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 		 532 aa  86.7  0.000000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.763133  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.41 
 
 		 663 aa  85.5  0.000000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.745838  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3245  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.23 
 
 		 550 aa  85.1  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 		 634 aa  84.3  0.000000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.04 
 
 		 564 aa  82.8  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.957532  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31200  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  26.42 
 
 		 547 aa  82.4  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.393839  normal  0.564354 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0007  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.91 
 
 		 512 aa  81.6  0.00000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.000000649932  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0179  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.44 
 
 		 569 aa  81.3  0.00000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.97 
 
 		 572 aa  78.2  0.0000000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.0000013975  decreased coverage  0.00476885 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2021  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.8 
 
 		 285 aa  75.5  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.1 
 
 		 547 aa  73.9  0.000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0087  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  33.5 
 
 		 226 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1306  molybdate ABC transporter, permease protein  30.73 
 
 		 268 aa  72  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.606425 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  32.49 
 
 		 264 aa  71.6  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04590  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  29.86 
 
 		 551 aa  71.6  0.00000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0394  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.4 
 
 		 227 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0257  NifC-like ABC-type porter  33.72 
 
 		 270 aa  68.2  0.0000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0289  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  30.92 
 
 		 226 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0290  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  30.92 
 
 		 226 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0282  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  30.92 
 
 		 226 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0286  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  30.92 
 
 		 226 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2689  molybdate ABC transporter inner membrane subunit  28.57 
 
 		 269 aa  68.6  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.106468  normal  0.549789 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1979  NifC-like ABC-type porter  29.86 
 
 		 263 aa  67.8  0.0000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.200297 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.65 
 
 		 528 aa  67  0.0000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.402791 
 
 
-
 
NC_004310  BR1329  sulfate ABC transporter, permease protein, putative  28.1 
 
 		 288 aa  66.2  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0287943  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1949  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  30.57 
 
 		 259 aa  66.2  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1289  sulfate ABC transporter, permease protein CysT  28.1 
 
 		 288 aa  66.2  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528905  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.71 
 
 		 509 aa  66.2  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.553789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2546  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  32.35 
 
 		 282 aa  65.9  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.914305 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2558  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.36 
 
 		 293 aa  65.5  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.000169531  normal  0.108126 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1886  NifC-like ABC-type porter  33.12 
 
 		 265 aa  65.5  0.000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0327  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 		 273 aa  65.5  0.000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0249986  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2821  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  30.94 
 
 		 262 aa  65.5  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000164471  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.21 
 
 		 606 aa  65.1  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4447  molybdenum ABC transporter, permease protein  30.92 
 
 		 226 aa  64.7  0.000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4114  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  32.35 
 
 		 226 aa  64.7  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1377  Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  28.52 
 
 		 275 aa  64.3  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4787  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.86 
 
 		 226 aa  63.9  0.000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00784926  hitchhiker  0.000000216421 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4969  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  29.77 
 
 		 271 aa  63.5  0.000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1855  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  27.62 
 
 		 273 aa  63.9  0.000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.174317  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0278  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  30.43 
 
 		 226 aa  63.9  0.000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000123104 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3743  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  30.43 
 
 		 226 aa  63.9  0.000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0584009 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 		 263 aa  63.5  0.000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0898  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, permease protein  30.7 
 
 		 315 aa  63.5  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00123492  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3627  sulfate ABC transporter inner membrane subunit  27.76 
 
 		 279 aa  63.2  0.00000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0857  ABC transporter, permease protein  30.7 
 
 		 315 aa  63.5  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.020364  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1902  PhnU  30.7 
 
 		 315 aa  63.5  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421036  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1003  sulfate/thiosulfate transporter subunit  31.25 
 
 		 277 aa  62.8  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.566052  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0586  ABC-type sulfate transport system, permease component  30.7 
 
 		 315 aa  63.5  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000133683  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0489  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, permease protein  30.7 
 
 		 315 aa  63.5  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.357372  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1760  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, permease protein  30.7 
 
 		 315 aa  63.5  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.10579  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>