104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3096 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_3096  chorismate mutase  100 
 
 
111 aa  228  1e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.608239  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4074  chorismate mutase  81.9 
 
 
106 aa  179  9.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3751  chorismate mutase  81.9 
 
 
106 aa  179  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.286554  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4204  chorismate mutase  83.84 
 
 
110 aa  171  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.47894  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1078  chorismate mutase  71.72 
 
 
103 aa  139  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0126644  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0631  chorismate mutase  62.5 
 
 
115 aa  137  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.485034 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0513  chorismate mutase  73.56 
 
 
95 aa  135  1e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.575321 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0060  chorismate mutase  72.83 
 
 
114 aa  135  1e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.352497  hitchhiker  0.00833168 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0663  chorismate mutase  60.95 
 
 
115 aa  134  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0770622 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0652  chorismate mutase  60.95 
 
 
115 aa  134  4e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0670145  normal  0.113986 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2451  chorismate mutase  64.71 
 
 
135 aa  132  9.999999999999999e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000228493 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1352  chorismate mutase  68.54 
 
 
96 aa  131  3.9999999999999996e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.926443  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2720  chorismate mutase  62.39 
 
 
147 aa  129  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.50851  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0026  chorismate mutase  70.45 
 
 
96 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.630084  normal  0.0206275 
 
 
-
 
NC_004310  BR1825  chorismate mutase  77.17 
 
 
104 aa  128  3e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1757  chorismate mutase  77.17 
 
 
104 aa  128  3e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3617  chorismate mutase  64.52 
 
 
110 aa  128  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00766482 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3340  chorismate mutase  69.32 
 
 
108 aa  125  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.113481  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2595  chorismate mutase  66.3 
 
 
107 aa  125  3e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14790  chorismate mutase  64.21 
 
 
129 aa  124  3e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.165725  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1396  chorismate mutase  66.3 
 
 
104 aa  123  7e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3447  chorismate mutase  67.78 
 
 
94 aa  123  7e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734851  normal  0.21213 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09580  chorismate mutase  63 
 
 
120 aa  122  2e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1123  chorismate mutase  58.65 
 
 
114 aa  120  6e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1049  chorismate mutase  67.06 
 
 
99 aa  118  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.456513  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2710  chorismate mutase  67.06 
 
 
99 aa  118  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.719316  normal  0.0295757 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0180  chorismate mutase  68.29 
 
 
98 aa  117  6e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7204  chorismate mutase  60 
 
 
105 aa  117  6e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.341028  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24350  monofunctional chorismate mutase  57.89 
 
 
141 aa  115  9.999999999999999e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.536021  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3880  chorismate mutase  64.71 
 
 
116 aa  115  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.367176  normal  0.891954 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0349  chorismate mutase  67.47 
 
 
98 aa  115  3e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.365009  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0958  chorismate mutase  60.22 
 
 
119 aa  114  3e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.993568 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2606  chorismate mutase  63.86 
 
 
102 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.427343  normal  0.0121912 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0750  chorismate mutase  60 
 
 
98 aa  108  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1199  chorismate mutase  50 
 
 
129 aa  94  7e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0113  chorismate mutase  42.53 
 
 
113 aa  79  0.00000000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4585  chorismate mutase related enzymes  34.12 
 
 
97 aa  59.3  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3953  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 
381 aa  54.7  0.0000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01713  chorismate mutase/prephenate dehydratase  30.68 
 
 
393 aa  53.5  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.342812  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1512  DAHP synthetase I/KDSA  31.43 
 
 
379 aa  52.4  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.659236 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1588  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  41.03 
 
 
375 aa  52  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1590  chorismate mutase  31.46 
 
 
399 aa  52  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0880  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  34.62 
 
 
373 aa  51.6  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.404976  normal  0.139237 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01712  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  34.18 
 
 
384 aa  51.6  0.000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.149825  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3079  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  34.62 
 
 
373 aa  50.8  0.000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.394407  normal  0.0294046 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2884  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 
373 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.28721 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2813  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 
373 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2882  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 
373 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0721758  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2996  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 
373 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0438  prephenate dehydratase / chorismate mutase  32 
 
 
358 aa  48.5  0.00003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000533391  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2863  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 
373 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0273979 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0654  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  30.77 
 
 
377 aa  48.5  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02489  fused chorismate mutase T/prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 
373 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.555514  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2757  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 
373 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000176639  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1083  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 
373 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.676844  hitchhiker  0.000106918 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2752  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 
373 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000708785  normal  0.0483395 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2987  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 
373 aa  47.8  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000572711  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02453  hypothetical protein  33.33 
 
 
373 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.58394  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1074  chorismate mutase  33.33 
 
 
373 aa  47.8  0.00006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.134673  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0287  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  33.77 
 
 
375 aa  47.4  0.00006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1215  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  31.46 
 
 
383 aa  47.4  0.00006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000459834  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1259  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  31.46 
 
 
383 aa  47.4  0.00006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0378227  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2884  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 
373 aa  47.8  0.00006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0271953  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3839  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 
373 aa  47.8  0.00006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00182808  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0671  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  29.87 
 
 
374 aa  47.4  0.00007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.106766  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1173  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  31.46 
 
 
383 aa  47.4  0.00007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00322769  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0808  chorismate mutase  34.21 
 
 
333 aa  47.4  0.00007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0594729  normal  0.450237 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1292  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  31.46 
 
 
383 aa  47.4  0.00007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0548711  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1259  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  32.05 
 
 
379 aa  47.4  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00675448  hitchhiker  0.000301963 
 
 
-
 
NC_002936  DET0461  chorismate mutase/prephenate dehydratase  32 
 
 
358 aa  47  0.00008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.123975  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2321  chorismate mutase  34.62 
 
 
108 aa  47  0.00008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0789941  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2723  chorismate mutase  38.55 
 
 
381 aa  46.6  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0885  phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase/chorismate mutase  34.94 
 
 
366 aa  45.8  0.0002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2833  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  32.05 
 
 
379 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00724041  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2915  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  32.05 
 
 
379 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0333151  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1068  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  30.77 
 
 
384 aa  45.8  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0518794  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0521  chorismate mutase  31.08 
 
 
99 aa  45.8  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3098  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  32.05 
 
 
379 aa  45.4  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000040953  normal  0.11712 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1371  chorismate mutase related enzyme  33.33 
 
 
97 aa  45.8  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_404  chorismate mutase / prephenate dehydratase  30.67 
 
 
358 aa  45.8  0.0002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000273444  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3012  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  32.05 
 
 
379 aa  45.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0411144  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1164  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  30.77 
 
 
379 aa  45.4  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00398091  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1054  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 
384 aa  45.4  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.189276  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0905  Prephenate dehydratase  37.68 
 
 
386 aa  45.4  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000067938  hitchhiker  0.00000000600467 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0793  chorismate mutase  34.85 
 
 
374 aa  44.7  0.0004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  5.66734e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1589  transcription termination factor NusA  36.92 
 
 
359 aa  44.3  0.0005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2267  Chorismate mutase  33.33 
 
 
121 aa  43.9  0.0008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.577678  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1232  prephenate dehydratase  36.14 
 
 
363 aa  43.9  0.0009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.964016 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1362  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  30.77 
 
 
379 aa  43.5  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2453  hypothetical protein  32.39 
 
 
86 aa  43.5  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0691  chorismate mutase  35.53 
 
 
105 aa  43.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.4264  normal  0.337326 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0801  chorismate mutase  36.07 
 
 
359 aa  43.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0546  class I/II aminotransferase  27.16 
 
 
456 aa  42.7  0.002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1904  prephenate dehydratase  40.28 
 
 
372 aa  42.4  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0916421  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1950  prephenate dehydratase  32.94 
 
 
366 aa  41.6  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2274  Chorismate mutase  32.5 
 
 
108 aa  42  0.003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2597  hypothetical protein  33.75 
 
 
86 aa  41.6  0.004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1161  chorismate mutase  42.55 
 
 
86 aa  41.2  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2915  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  29.87 
 
 
383 aa  41.2  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.449795  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1666  P-protein  36.92 
 
 
359 aa  41.2  0.005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>