More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3016 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_4209  carboxyl-terminal protease  83.26 
 
 		 440 aa  743    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.194144 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3016  carboxyl-terminal protease  100 
 
 		 440 aa  877    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.55561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4300  carboxy-terminal protease  76.99 
 
 		 444 aa  699    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0300488  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3451  carboxyl-terminal protease  70.81 
 
 		 444 aa  638    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.000000117328  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3885  carboxyl-terminal protease  83.49 
 
 		 440 aa  745    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.26921  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1062  carboxyl-terminal protease  70.07 
 
 		 442 aa  622  1e-177  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.937129  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1770  carboxyl-terminal protease  71.81 
 
 		 424 aa  608  1e-173  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1837  carboxyl-terminal protease  71.81 
 
 		 424 aa  607  9.999999999999999e-173  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0324  C-terminal processing peptidase  65.98 
 
 		 434 aa  585  1e-166  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4223  carboxyl-terminal protease  63.38 
 
 		 440 aa  538  1e-151  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.502517  normal  0.0644787 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4733  carboxyl-terminal protease  63.85 
 
 		 440 aa  534  1e-150  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0128345  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0164  carboxyl-terminal protease  60.77 
 
 		 458 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2244  carboxyl-terminal protease  61.5 
 
 		 440 aa  524  1e-147  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0625684  normal  0.355809 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2562  carboxyl-terminal protease  61.74 
 
 		 440 aa  523  1e-147  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0132517 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0098  carboxyl-terminal protease  59.86 
 
 		 446 aa  521  1e-147  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2287  carboxyl-terminal protease  61.74 
 
 		 440 aa  523  1e-147  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.939403  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0449  peptidase S41A  58.89 
 
 		 451 aa  517  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.143572  normal  0.477373 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0566  carboxyl-terminal protease  59.41 
 
 		 456 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2072  carboxyl-terminal protease  62.65 
 
 		 453 aa  517  1.0000000000000001e-145  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.422873  normal  0.323536 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0258  carboxyl-terminal protease  60.14 
 
 		 457 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0643  carboxyl-terminal protease  59.18 
 
 		 447 aa  508  1e-143  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0139485 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0166  carboxyl-terminal protease  58.26 
 
 		 452 aa  510  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.97074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0525  carboxyl-terminal protease  61.84 
 
 		 451 aa  506  9.999999999999999e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.29494  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0414  carboxy-terminal-processing protease precursor (C- terminal-processing protease)  61.98 
 
 		 423 aa  500  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.479747 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2931  carboxyl-terminal protease  56.81 
 
 		 445 aa  492  9.999999999999999e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.870363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4487  carboxy-terminal-processing protease precursor (C- terminal-processing protease)  62.72 
 
 		 444 aa  489  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.372365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1472  carboxyl-terminal protease  59.41 
 
 		 444 aa  478  1e-133  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.732729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2508  carboxyl-terminal protease  54.13 
 
 		 471 aa  440  9.999999999999999e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0381  carboxyl-terminal protease  54.52 
 
 		 441 aa  434  1e-120  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0932  S41 family peptidase  54.61 
 
 		 448 aa  429  1e-119  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0235658  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2591  carboxyl-terminal protease  54.61 
 
 		 448 aa  429  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.837496  normal  0.635906 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2755  carboxyl-terminal protease  53.55 
 
 		 445 aa  425  1e-118  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0444358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1232  C-terminal processing peptidase S41A  53.18 
 
 		 440 aa  423  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00731341  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0091  carboxyl-terminal protease  52.41 
 
 		 445 aa  421  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0132582  normal  0.640744 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2983  carboxyl-terminal protease  52.29 
 
 		 449 aa  415  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal  0.186198 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0574  carboxyl-terminal protease  49.88 
 
 		 462 aa  394  1e-108  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.529282 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0903  carboxyl-terminal protease  50.94 
 
 		 457 aa  375  1e-102  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4724  carboxyl-terminal protease  48.26 
 
 		 463 aa  374  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.458117  normal  0.0374379 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3509  carboxyl-terminal protease  48.55 
 
 		 461 aa  369  1e-101  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3288  carboxyl-terminal protease  48.93 
 
 		 432 aa  365  1e-100  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5109  carboxyl-terminal protease  51.29 
 
 		 438 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2533  carboxyl-terminal protease  46.81 
 
 		 441 aa  363  2e-99  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0407  carboxyl-terminal protease  51.03 
 
 		 437 aa  364  2e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.295473 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5058  carboxyl-terminal protease  50.77 
 
 		 438 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4931  carboxyl-terminal protease  50.77 
 
 		 438 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0030  peptidase S41A  49.04 
 
 		 439 aa  362  6e-99  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4248  carboxyl-terminal protease  50.26 
 
 		 438 aa  360  3e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00499045 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04640  carboxyl-terminal protease S41A  49.1 
 
 		 439 aa  357  2.9999999999999997e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.900151  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3063  carboxyl-terminal protease  47.22 
 
 		 438 aa  356  5.999999999999999e-97  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0122157 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0492  C-terminal processing peptidase  50.77 
 
 		 462 aa  354  2e-96  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2547  carboxyl-terminal protease  48.57 
 
 		 449 aa  353  5e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.524396 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3021  carboxyl-terminal protease  53.61 
 
 		 472 aa  352  5.9999999999999994e-96  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.846777  normal  0.0258031 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1853  peptidase S41A, C-terminal protease  47.41 
 
 		 443 aa  352  7e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000457328  normal  0.829779 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67810  putative carboxyl-terminal protease  49.87 
 
 		 436 aa  352  8.999999999999999e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.859493  normal  0.405059 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5329  carboxyl-terminal protease family protein  49.36 
 
 		 445 aa  352  1e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5869  putative carboxyl-terminal protease  49.87 
 
 		 436 aa  351  1e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.673071  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2353  carboxyl-terminal protease  45.94 
 
 		 446 aa  352  1e-95  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0201351  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0331  peptidase S41A, protease  49.23 
 
 		 439 aa  350  3e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.417137 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2796  carboxyl-terminal protease  48.12 
 
 		 437 aa  349  6e-95  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2020  carboxyl-terminal protease  47.22 
 
 		 428 aa  349  7e-95  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0858479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3168  carboxyl-terminal protease  47.79 
 
 		 468 aa  348  9e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0561  hypothetical protein  49.23 
 
 		 445 aa  348  1e-94  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0537  hypothetical protein  49.23 
 
 		 445 aa  348  1e-94  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1781  carboxyl-terminal protease  46.39 
 
 		 439 aa  348  1e-94  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0608  peptidase S41A, C-terminal protease  49.26 
 
 		 480 aa  345  7e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0055  C-terminal processing peptidase-3  46.3 
 
 		 463 aa  345  7e-94  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1772  carboxy-terminal processing protease  46.4 
 
 		 443 aa  345  1e-93  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.011127  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2409  carboxyl-terminal protease  46.91 
 
 		 452 aa  344  2e-93  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000398409  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1920  carboxyl-terminal protease  47.19 
 
 		 455 aa  343  5e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000216068  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4887  peptidase S41A, C-terminal protease  45.43 
 
 		 445 aa  342  8e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1290  carboxyl-terminal protease  48.51 
 
 		 444 aa  338  1.9999999999999998e-91  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000397536  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2392  peptidase S41A, protease  45.18 
 
 		 468 aa  335  7.999999999999999e-91  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.605927 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1935  carboxyl-terminal protease  46.37 
 
 		 444 aa  335  7.999999999999999e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000744169  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2993  carboxyl-terminal protease  48.51 
 
 		 444 aa  335  1e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.70163e-17 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1119  carboxyl-terminal protease  47.79 
 
 		 481 aa  335  1e-90  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1673  periplasmic protease  48.26 
 
 		 441 aa  331  2e-89  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.248616  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1546  carboxyl-terminal protease  44.88 
 
 		 483 aa  328  8e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0199003  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0383  carboxyl-terminal protease  41.39 
 
 		 476 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000063116  normal  0.361886 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2568  C-terminal processing peptidase-3  50.91 
 
 		 426 aa  328  1.0000000000000001e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.257628  hitchhiker  0.00928405 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0682  carboxyl-terminal protease  44.64 
 
 		 482 aa  322  8e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00713841 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0524  carboxy-terminal peptidase  44.64 
 
 		 482 aa  322  8e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.707834  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0969  carboxy-terminal processing protease  45.87 
 
 		 450 aa  322  9.999999999999999e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0304  carboxyl-terminal protease  47.28 
 
 		 498 aa  322  9.999999999999999e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000604667 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0044  carboxyl-terminal protease  44.95 
 
 		 440 aa  322  9.999999999999999e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2713  peptidase S41A, C-terminal protease  44.44 
 
 		 457 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03547  carboxyl-terminal protease  46.83 
 
 		 507 aa  316  5e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1654  carboxyl-terminal protease  45.57 
 
 		 477 aa  316  7e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.9351 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1949  carboxyl-terminal protease  45.07 
 
 		 477 aa  314  1.9999999999999998e-84  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1500  carboxyl-terminal protease  45.43 
 
 		 444 aa  313  3.9999999999999997e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000070609  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2567  carboxyl-terminal protease  47.41 
 
 		 456 aa  311  2e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000043041 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0593  carboxyl-terminal protease  43.72 
 
 		 446 aa  307  3e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1646  carboxyl-terminal protease  47.27 
 
 		 458 aa  306  4.0000000000000004e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000394964  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0208  carboxyl-terminal protease  43.27 
 
 		 538 aa  306  4.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.582164  normal  0.210036 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2869  carboxyl-terminal protease  44.79 
 
 		 515 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274998 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2244  carboxyl-terminal protease  44.79 
 
 		 515 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.939746  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0131  peptidoglycan associated lipoprotein  40.51 
 
 		 435 aa  306  5.0000000000000004e-82  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00102865  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2858  carboxyl-terminal protease  44.79 
 
 		 515 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0738688  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0352  putative carboxy-terminal processing protease transmembrane protein  44.02 
 
 		 549 aa  306  6e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.77017  normal  0.100187 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0944  carboxyl-terminal protease  42.25 
 
 		 437 aa  305  8.000000000000001e-82  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000279506  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0264  carboxyl-terminal protease  45.05 
 
 		 530 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>