153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2931 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2931  hypothetical protein  100 
 
 
382 aa  770    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1098  hypothetical protein  56.16 
 
 
410 aa  402  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5526  hypothetical protein  49.35 
 
 
384 aa  356  5e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.768664  normal  0.0253524 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4659  hypothetical protein  51.05 
 
 
385 aa  353  4e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.478904  normal  0.230813 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0343  hypothetical protein  47.91 
 
 
385 aa  340  2e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.261126 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3070  SMC domain-containing protein  37.4 
 
 
365 aa  223  4e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.270072 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0013  RecF/RecN/SMC domain protein  34.42 
 
 
362 aa  218  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2974  hypothetical protein  36.54 
 
 
393 aa  216  7e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00544047  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0820  hypothetical protein  35.28 
 
 
395 aa  207  2e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3578  hypothetical protein  34.19 
 
 
390 aa  205  9e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.916758  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0740  hypothetical protein  34.19 
 
 
390 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3510  hypothetical protein  35.54 
 
 
390 aa  204  3e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.807476 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0592  hypothetical protein  38.11 
 
 
361 aa  202  6e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3792  hypothetical protein  33.97 
 
 
390 aa  202  9e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0849  hypothetical protein  33.61 
 
 
410 aa  202  9e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2525  hypothetical protein  34.82 
 
 
387 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.125523  normal  0.711801 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0843  hypothetical protein  34.45 
 
 
393 aa  199  5e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2161  hypothetical protein  34.73 
 
 
392 aa  199  7e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.587323  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3194  ATPase-like protein  35.08 
 
 
387 aa  199  7e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.794504  normal  0.0937144 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0833  hypothetical protein  34.25 
 
 
390 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3701  hypothetical protein  33.42 
 
 
390 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.576161 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3134  hypothetical protein  33.98 
 
 
390 aa  197  3e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3073  ATPase  35.45 
 
 
388 aa  196  6e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1016  SMC domain-containing protein  35.51 
 
 
386 aa  195  1e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0527217  normal  0.402685 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0229  hypothetical protein  34.46 
 
 
386 aa  194  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.745812  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47820  hypothetical protein  34.2 
 
 
395 aa  194  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.088572  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0805  hypothetical protein  33.7 
 
 
390 aa  193  3e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2434  hypothetical protein  34.65 
 
 
392 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.329765  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2313  hypothetical protein  34.65 
 
 
392 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.969478  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1418  hypothetical protein  34.65 
 
 
436 aa  193  5e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.936146  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1909  hypothetical protein  34.65 
 
 
436 aa  193  5e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3395  hypothetical protein  34.65 
 
 
436 aa  193  5e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2274  hypothetical protein  34.65 
 
 
392 aa  193  5e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.618217  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1182  hypothetical protein  34.65 
 
 
436 aa  193  5e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1171  ATPase, RecF-like protein  35.08 
 
 
390 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2001  SMC domain-containing protein  32.89 
 
 
387 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.433742  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54090  hypothetical protein  34.04 
 
 
387 aa  189  7e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4732  hypothetical protein  33.51 
 
 
387 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1947  ATPase, RecF-like protein  35.57 
 
 
388 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.942384  normal  0.334746 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1230  SMC domain protein  34.2 
 
 
386 aa  186  6e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.086198 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4312  hypothetical protein  36.53 
 
 
388 aa  181  2e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0197  ATPase-like protein  35.86 
 
 
367 aa  177  2e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.875501  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4347  hypothetical protein  33.51 
 
 
385 aa  176  9e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0794792  normal  0.0502044 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1910  ATPase-like protein  35.62 
 
 
391 aa  172  9e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00358131 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1811  hypothetical protein  35.13 
 
 
390 aa  171  2e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.93186  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1858  hypothetical protein  35.13 
 
 
390 aa  171  2e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.111795 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2035  hypothetical protein  35.98 
 
 
388 aa  170  4e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.224754  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6253  ATPase, RecF-like protein  34.17 
 
 
393 aa  169  7e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.131288 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08280  predicted ATPase  33.16 
 
 
392 aa  169  8e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0509 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1796  ATPase-like protein  35.36 
 
 
391 aa  169  9e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1824  ATPase-like protein  35.36 
 
 
391 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.248078  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5187  ATPase-like  33.25 
 
 
391 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.633614 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1387  ATPase-like protein  33.25 
 
 
392 aa  166  5e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365214  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6192  ATPase-like  34.83 
 
 
391 aa  166  9e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1887  ATPase-like protein  34.83 
 
 
391 aa  166  9e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2255  ATPase, RecF-like  34.2 
 
 
393 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.225767  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5019  ATPase, RecF-like protein  32.7 
 
 
388 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2281  ATPase  32.32 
 
 
390 aa  163  4.0000000000000004e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1792  hypothetical protein  35.13 
 
 
390 aa  161  2e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.118132  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1691  SMC domain protein  32.88 
 
 
385 aa  154  2e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.253328  hitchhiker  0.000000699352 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2512  hypothetical protein  27.27 
 
 
378 aa  102  8e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.504364  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1577  hypothetical protein  23.58 
 
 
377 aa  94.4  3e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00113684  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3645  SMC domain protein  25 
 
 
386 aa  91.7  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0278  ABC transport protein, ATP-binding subunit  24.43 
 
 
382 aa  90.9  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0275531 
 
 
-
 
NC_002950  PG1025  hypothetical protein  26.47 
 
 
362 aa  90.5  5e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000305528 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0421  hypothetical protein  25.47 
 
 
368 aa  89  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1460  ABC transport protein, ATP-binding subunit  24.71 
 
 
382 aa  85.5  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1486  ATPase-like protein  24.71 
 
 
382 aa  85.5  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.696745 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4237  hypothetical protein  26.89 
 
 
370 aa  84.3  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.120446  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3822  hypothetical protein  26.89 
 
 
370 aa  84  0.000000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0324063 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1775  endonuclease III  24.64 
 
 
357 aa  83.6  0.000000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.17856  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0103  SMC domain protein  26.24 
 
 
395 aa  82  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000482249  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0588  hypothetical protein  26.95 
 
 
397 aa  80.9  0.00000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.84533  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2178  SMC domain-containing protein  27.41 
 
 
398 aa  79  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0507  hypothetical protein  24.71 
 
 
373 aa  79  0.0000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0007  ATPase  25.21 
 
 
411 aa  78.6  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3708  ATPase-like protein  25.07 
 
 
364 aa  77  0.0000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2613  SMC domain protein  23.28 
 
 
369 aa  75.5  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0310  SMC domain protein  21.85 
 
 
412 aa  75.1  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3499  SMC domain protein  24.36 
 
 
363 aa  75.1  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4170  hypothetical protein  26.54 
 
 
399 aa  73.6  0.000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3622  SMC domain protein  24.72 
 
 
363 aa  72  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0765  hypothetical protein  24.71 
 
 
365 aa  72  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.63543  normal  0.572705 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4613  SMC domain protein  23.43 
 
 
378 aa  71.2  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0833889 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0620  SMC domain protein  23.28 
 
 
367 aa  70.5  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0636  SMC domain protein  23.28 
 
 
367 aa  70.5  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.696374  normal  0.340192 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2755  hypothetical protein  22.98 
 
 
370 aa  70.1  0.00000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0135345  normal  0.421403 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2794  SMC domain-containing protein  21.68 
 
 
378 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000199417  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2706  hypothetical protein  21.97 
 
 
395 aa  67.4  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0053  SMC domain protein  25.14 
 
 
397 aa  65.1  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3397  hypothetical protein  21.69 
 
 
395 aa  64.3  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.213945  normal  0.39672 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3220  SMC domain-containing protein  24.1 
 
 
394 aa  64.7  0.000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03536  hypothetical protein  24.23 
 
 
398 aa  64.7  0.000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2311  SMC domain protein  24.43 
 
 
397 aa  63.9  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2181  SMC domain-containing protein  23.1 
 
 
380 aa  62.8  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1966  hypothetical protein  25.65 
 
 
424 aa  62.8  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0204  hypothetical protein  24.86 
 
 
394 aa  62  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3749  hypothetical protein  25.98 
 
 
394 aa  60.5  0.00000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7563  ATPase-like protein  25.56 
 
 
409 aa  60.5  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2968  SMC domain protein  24.3 
 
 
393 aa  59.7  0.00000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>