More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2697 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2697  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
293 aa  587  1e-167  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.72 
 
 
281 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03310  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.81 
 
 
288 aa  187  1e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.98 
 
 
316 aa  185  8e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.552575 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.36 
 
 
315 aa  182  5.0000000000000004e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338666  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5740  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.25 
 
 
289 aa  181  9.000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.872391  normal  0.176709 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
283 aa  180  2e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000450076  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
283 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.586722  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4709  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.79 
 
 
278 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2278  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
275 aa  176  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2170  carbohydrate ABC transporter permease  35.29 
 
 
275 aa  176  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0148377  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2084  carbohydrate ABC transporter permease  35.29 
 
 
275 aa  176  4e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.101045 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.04 
 
 
317 aa  175  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.443713  normal  0.627473 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4355  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.36 
 
 
289 aa  175  7e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.023138  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4441  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.36 
 
 
289 aa  175  7e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0617645 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4735  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.36 
 
 
289 aa  175  7e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.820737  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.55 
 
 
317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.568723  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34390  putative binding-protein-dependent maltose/mannitol transport protein  33.21 
 
 
277 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.020452  normal  0.455482 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
276 aa  172  5.999999999999999e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.76 
 
 
274 aa  171  1e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2923  putative binding-protein-dependent maltose/mannitol transport protein  33.21 
 
 
277 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123543  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.53 
 
 
280 aa  170  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.622209  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.65 
 
 
277 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.830254  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0549  ABC-type sugar / sn-glycerol-3-phosphate transport system permease protein ugpE  32.97 
 
 
272 aa  169  5e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5636  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.42 
 
 
317 aa  168  8e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.330167  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.7 
 
 
286 aa  167  1e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0956  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.92 
 
 
278 aa  167  2e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.92 
 
 
278 aa  167  2e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00136246  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.2 
 
 
319 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235146  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3582  hypothetical protein  39.23 
 
 
278 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.928396  normal  0.804079 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2868  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.04 
 
 
284 aa  166  5e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3142  sugar ABC transporter  33.33 
 
 
275 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.367291  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2705  mannitol ABC transporter, permease protein  32.19 
 
 
277 aa  165  9e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00559467  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2142  transmembrane ABC transporter protein  32.64 
 
 
286 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000847847  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2438  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.19 
 
 
277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179424  hitchhiker  0.00104394 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.19 
 
 
274 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.395793  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4987  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.24 
 
 
319 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27380  mannitol ABC transporter permease protein  32.18 
 
 
277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.69 
 
 
277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.296556  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.57 
 
 
297 aa  163  4.0000000000000004e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.135278  normal  0.390253 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
316 aa  163  4.0000000000000004e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.41 
 
 
278 aa  162  4.0000000000000004e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.99 
 
 
305 aa  162  7e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.13 
 
 
277 aa  162  7e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.66 
 
 
275 aa  162  8.000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.350213 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.11 
 
 
274 aa  162  9e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.721908  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.23 
 
 
271 aa  161  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.3 
 
 
277 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.44 
 
 
277 aa  161  1e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.230637  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
274 aa  161  1e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4976  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.9 
 
 
273 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.12262  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1740  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.57 
 
 
266 aa  161  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.139142  normal  0.986821 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41 
 
 
277 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.619722 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4101  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
274 aa  160  2e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.612527  normal  0.65761 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.29 
 
 
296 aa  160  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.780875  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41 
 
 
276 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6390  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.04 
 
 
303 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.96233  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.76 
 
 
285 aa  160  3e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3049  transmembrane ABC transporter protein  41 
 
 
276 aa  159  4e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0698875 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
278 aa  159  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.405999 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0722  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  31.83 
 
 
291 aa  159  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0409325  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3737  ABC transporter, permease protein  33.22 
 
 
266 aa  159  6e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103253  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.11 
 
 
279 aa  159  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.424252  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0256  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.86 
 
 
278 aa  159  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.22 
 
 
287 aa  159  7e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.141396  normal  0.659935 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.63 
 
 
283 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.062126  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.63 
 
 
283 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111156  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2617  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.63 
 
 
283 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.644522  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.58 
 
 
279 aa  158  1e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.305839  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.1 
 
 
286 aa  158  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3244  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.83 
 
 
291 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.05565  normal  0.793563 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4118  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.48 
 
 
276 aa  158  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.402616  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2280  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.24 
 
 
280 aa  158  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.326107  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.51 
 
 
298 aa  158  1e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.82 
 
 
279 aa  157  2e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.675174  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.58 
 
 
288 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0180177  hitchhiker  0.00198196 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6726  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39 
 
 
269 aa  157  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
266 aa  156  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0321729  normal  0.632864 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1365  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.94 
 
 
275 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.374311  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.58 
 
 
283 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.776263  normal  0.468478 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5370  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.5 
 
 
270 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.593461 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2225  putative sugar ABC transport system, permease component  34.26 
 
 
268 aa  155  7e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.279383  normal  0.0771654 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.34 
 
 
270 aa  155  7e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0838291  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.56 
 
 
268 aa  155  7e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1896  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
266 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.141997 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3632  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.5 
 
 
266 aa  155  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.469815 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5924  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  31.93 
 
 
283 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.755029  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4213  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.57 
 
 
268 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.586864 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
266 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000192828 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3475  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
266 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926994  hitchhiker  0.00696056 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1037  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  32.99 
 
 
288 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.5 
 
 
270 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00885853  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
266 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.78404  normal  0.23922 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.57 
 
 
268 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.641778 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.27 
 
 
276 aa  154  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0121396 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0379  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.83 
 
 
270 aa  154  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000739004  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0633  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, permease protein  32.99 
 
 
288 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.416543  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.18 
 
 
285 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.81  normal  0.395958 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2467  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, permease protein  32.99 
 
 
288 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.688343  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0081  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, permease protein  32.99 
 
 
288 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0141244  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>