236 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2684 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2576  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  66.45 
 
 		 620 aa  823    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.855226 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2981  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  65.54 
 
 		 625 aa  817    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.54197  normal  0.947222 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0329  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  57.77 
 
 		 615 aa  674    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.559929 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0081  oligoendopeptidase F  71.62 
 
 		 620 aa  906    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2803  pepF/M3 family oligoendopeptidase  65.6 
 
 		 623 aa  791    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.121144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3148  pepF/M3 family oligoendopeptidase  65.25 
 
 		 616 aa  790    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00629046 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3296  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  79.56 
 
 		 617 aa  1004    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3702  oligoendopeptidase F  75 
 
 		 619 aa  966    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0993  peptidase M3B, oligoendopeptidase-related clade 3  66.83 
 
 		 625 aa  817    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2412  oligoendopeptidase F  59.17 
 
 		 606 aa  710    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0632065  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2754  pepF/M3 family oligoendopeptidase  65.76 
 
 		 625 aa  818    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2192  peptidase M3B, oligoendopeptidase-related clade 3  56.48 
 
 		 597 aa  664    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.246068  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3597  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  79.39 
 
 		 617 aa  1000    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.794644  normal  0.398139 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1431  peptidase M3B, oligoendopeptidase-like clade 3  68.03 
 
 		 610 aa  828    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.838587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3392  peptidase M3B, oligoendopeptidase-related clade 3  57.26 
 
 		 607 aa  699    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.935472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3974  peptidase M3B, oligoendopeptidase-like clade 3  66.78 
 
 		 626 aa  818    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.221188  normal  0.896374 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1411  peptidase M3B, oligoendopeptidase-like clade 3  67.01 
 
 		 632 aa  818    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.249086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1225  peptidase M3B, oligoendopeptidase-related clade 3  65.78 
 
 		 626 aa  809    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100343  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2052  pepF/M3 family oligoendopeptidase  65.37 
 
 		 614 aa  788    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.841739  hitchhiker  0.00000309933 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0569  peptidase M3B, oligoendopeptidase-related clade 3  56.77 
 
 		 606 aa  691    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0425519  hitchhiker  0.00000722694 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2730  pepF/M3 family oligoendopeptidase  71.81 
 
 		 616 aa  903    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.797581  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2070  pepF/M3 family oligoendopeptidase  66.89 
 
 		 634 aa  825    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.024965  normal  0.33011 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0370  pepF/M3 family oligoendopeptidase  68.22 
 
 		 622 aa  847    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0213  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  66.5 
 
 		 616 aa  813    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227297  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4665  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  67.52 
 
 		 638 aa  814    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1832  pepF/M3 family oligoendopeptidase  58.43 
 
 		 620 aa  702    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.657708 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1075  pepF/M3 family oligoendopeptidase  59.56 
 
 		 606 aa  711    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.371255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1570  pepF/M3 family oligoendopeptidase  58.9 
 
 		 606 aa  699    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.713222  normal  0.288392 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1482  pepF/M3 family oligoendopeptidase  56.78 
 
 		 615 aa  650    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6862  putative oligoendopeptidase F  67.45 
 
 		 664 aa  828    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.916639  normal  0.20394 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2603  oligoendopeptidase  57.03 
 
 		 611 aa  694    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0093862 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0076  oligoendopeptidase F  71.79 
 
 		 620 aa  909    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2877  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  66 
 
 		 601 aa  803    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0929363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2684  pepF/M3 family oligoendopeptidase  100 
 
 		 627 aa  1281    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.667149 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4260  pepF/M3 family oligoendopeptidase  72.71 
 
 		 620 aa  933    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0882  pepF/M3 family oligoendopeptidase  45.33 
 
 		 608 aa  505  1e-141  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.83984  normal  0.332504 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0533  pepF/M3 family oligoendopeptidase  42.88 
 
 		 589 aa  454  1.0000000000000001e-126  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.18439  normal  0.721981 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1896  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  42.49 
 
 		 601 aa  432  1e-120  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4566  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  43.69 
 
 		 607 aa  427  1e-118  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0554379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2299  peptidase M3A and M3B thimet/oligopeptidase F  41.2 
 
 		 598 aa  422  1e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.39572 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2674  oligoendopeptidase F, putative  41.2 
 
 		 598 aa  422  1e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1636  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  39.08 
 
 		 573 aa  415  1e-114  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2169  peptidase M3A and M3B, thimet/oligopeptidase F  39.27 
 
 		 601 aa  374  1e-102  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.944442 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0719  oligoendopeptidase F, putative  36.47 
 
 		 569 aa  375  1e-102  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.954418  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1242  oligoendopeptidase F  35.94 
 
 		 573 aa  362  1e-98  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.906065  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0623  oligoendopeptidase F  35.34 
 
 		 573 aa  360  4e-98  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1117  oligoendopeptidase F  36.31 
 
 		 572 aa  360  4e-98  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0701  putative oligoendopeptidase F  35.96 
 
 		 571 aa  357  3.9999999999999996e-97  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2055  pepF/M3 family oligoendopeptidase  37.24 
 
 		 591 aa  348  2e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00862679  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1382  pepF/M3 family oligoendopeptidase  36.67 
 
 		 589 aa  346  8e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000209164  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1873  oligoendopeptidase F  37.06 
 
 		 596 aa  345  1e-93  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.201769  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1295  peptidase M3B, oligoendopeptidase-related clade 3  38.27 
 
 		 612 aa  345  2e-93  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000104369  hitchhiker  0.000569902 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1993  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  35.03 
 
 		 592 aa  343  8e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.000167694  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0066  rhomboid family protein  35.06 
 
 		 573 aa  343  8e-93  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.411672  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1295  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  34.8 
 
 		 588 aa  342  9e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0778267  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1105  peptidase  33.28 
 
 		 566 aa  342  1e-92  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.567346  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2988  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  35.82 
 
 		 588 aa  341  2.9999999999999998e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.68469e-23 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1054  oligoendopeptidase F  32.48 
 
 		 573 aa  341  2.9999999999999998e-92  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_34179  predicted protein  35.17 
 
 		 577 aa  330  3e-89  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.137613  normal  0.109742 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2068  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  33.79 
 
 		 603 aa  316  7e-85  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.733195 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1177  pepF/M3 family oligoendopeptidase  29.87 
 
 		 590 aa  266  7e-70  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0884  peptidase M3A and M3B thimet/oligopeptidase F  30.09 
 
 		 578 aa  257  4e-67  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000022902  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1694  peptidase M3A and M3B thimet/oligopeptidase F  29.33 
 
 		 584 aa  251  4e-65  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1817  peptidase M3A and M3B thimet/oligopeptidase F  27.87 
 
 		 597 aa  235  2.0000000000000002e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000237555  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1212  pepF/M3 family oligoendopeptidase  26.95 
 
 		 586 aa  217  5.9999999999999996e-55  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0407734  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0099  oligoendopeptidase F  28.55 
 
 		 619 aa  208  2e-52  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.893555  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08170  Oligoendopeptidase F  26.2 
 
 		 598 aa  203  8e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1211  oligoendopeptidase pepF/M3 family  28.43 
 
 		 587 aa  203  9e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000802852  normal  0.797975 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1422  oligoendopeptidase F  27.75 
 
 		 596 aa  202  9.999999999999999e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0811423  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2647  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  28.74 
 
 		 584 aa  202  1.9999999999999998e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00961781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3298  pepF/M3 family oligoendopeptidase  25.68 
 
 		 582 aa  197  5.000000000000001e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0738  oligoendopeptidase F  26.85 
 
 		 609 aa  190  5.999999999999999e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1167  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  28.77 
 
 		 593 aa  188  3e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1439  oligoendopeptidase F  25.87 
 
 		 599 aa  186  8e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1706  oligoendopeptidase F  25.87 
 
 		 599 aa  185  2.0000000000000003e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.615745  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2457  oligoendopeptidase F  27.44 
 
 		 595 aa  186  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0101459  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2002  oligoendopeptidase F  26.67 
 
 		 594 aa  183  7e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000655164  normal  0.321245 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2452  oligopeptidase F  26.9 
 
 		 602 aa  183  8.000000000000001e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003689  oligoendopeptidase F  26.36 
 
 		 598 aa  183  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02130  oligopeptidase  26.07 
 
 		 599 aa  181  2.9999999999999997e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2001  oligoendopeptidase F, putative  26.53 
 
 		 597 aa  179  2e-43  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0875927  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3050  oligoendopeptidase F  25.7 
 
 		 599 aa  178  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1920  oligoendopeptidase F  25.94 
 
 		 600 aa  175  1.9999999999999998e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4682  peptidase M3A and M3B thimet/oligopeptidase F  26.77 
 
 		 606 aa  173  7.999999999999999e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1255  oligoendopeptidase F  26.12 
 
 		 600 aa  172  1e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0012526 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0490  oligoendopeptidase F  27.35 
 
 		 603 aa  172  2e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5551  putative oligoendopeptidase F  26.16 
 
 		 605 aa  171  3e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000923632 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3273  pepF/M3 family oligoendopeptidase  27.65 
 
 		 603 aa  171  4e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.474589 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5310  oligoendopeptidase F  26.16 
 
 		 605 aa  171  4e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5706  oligoendopeptidase F  26.16 
 
 		 605 aa  171  4e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5579  putative oligoendopeptidase F  26.32 
 
 		 605 aa  171  4e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0757693  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2755  oligoendopeptidase F  26.78 
 
 		 606 aa  171  5e-41  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000210431  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5138  oligoendopeptidase F  25.99 
 
 		 605 aa  170  7e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6864  oligoendopeptidase, pepF/M3 family  26.04 
 
 		 612 aa  169  1e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.176327 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1998  pepF/M3 family oligoendopeptidase  25.83 
 
 		 603 aa  169  1e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0556432 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0442  oligopeptidase F  25.99 
 
 		 597 aa  169  2e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0909  oligoendopeptidase F  24.92 
 
 		 608 aa  168  2e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5368  putative oligoendopeptidase F  26.24 
 
 		 605 aa  168  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.288334  hitchhiker  0.00000401253 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5641  oligoendopeptidase F  25.86 
 
 		 605 aa  167  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000270778  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3460  oligoendopeptidase F  25.13 
 
 		 601 aa  166  9e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000449992  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>